probelibraryinfo

Составьте таблицу тестовой информации о библиотеке набора

свернуть все на странице

Синтаксис

ProbeInfo = probelibraryinfo(CELStruct, CDFStruct)

Входные параметры

CELStruct Структура создается affyread функция из файла Affymetrix® CEL.
CDFStructСтруктура создается affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL.

Выходные аргументы

ProbeInfoМатрица с тремя столбцами с одинаковым числом строк как Probes поле CELStruct.

  • Столбец 1 — Тестовый ID/имя набора, которому принадлежит зонд. (Зонды, которые не принадлежат набору зонда в файле библиотеки CDF, имеют тестовый ID/имя набора, равный 0.)

  • Столбец 2 — Содержит тестовый парный номер.

  • Столбец 3 — Указывает, является ли зонд идеальной парой (1) или несоответствие (-1) зонд.

Описание

ProbeInfo = probelibraryinfo(CELStruct, CDFStruct) составляет таблицу информации, соединяющей тестовые данные из CELStruct, структура создается из файла Affymetrix CEL с тестовой информацией о наборе от CDFStruct, структура создается из CDF-файла Affymetrix.

Примечание

Зондом Affymetrix парная индексация является 0- основанный, в то время как индексацией MATLAB является 1- основанный. Выход от probelibraryinfo 1- основанный.

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

В этом примере показано, как извлечь тестовую информацию о библиотеке набора из микроданных массива Affymetrix® GeneChip®.

Этот пример использует выборочные данные от E. coli Массив Генома Антисмысла. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT использование Инструмента Передачи данных.

Также необходимо загрузить Ecoli_ASv2. Файл библиотеки CDF для E. coli Массив Генома Антисмысла. У вас могут уже быть эти файлы, если у вас есть какое-либо программное обеспечение Affymetrix GeneChip, установленное на вашей машине. В противном случае получите файлы библиотеки путем загрузки и разархивации E. coli zip-файл Генома Антисмысла Массивов.

Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.

celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');

Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.

cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');

Извлеките тестовую информацию о библиотеке набора.

probeInfo = probelibraryinfo(celStruct, cdfStruct);

Определите тестовый набор, которому принадлежит 1104-й зонд.

cdfStruct.ProbeSets(probeInfo(1104,1)).Name

ans =

    'thrA_b0002_at'

Смотрите также

| | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте