Выберите древовидные ветви и листы в объекте phytree
S = select(Tree, N)
[S, Selleaves, Selbranches]
= select(...)
select(..., 'Reference', ReferenceValue,
...)
select(..., 'Criteria', CriteriaValue,
...)
select(..., 'Threshold', ThresholdValue,
...)
select(..., 'Exclude', ExcludeValue,
...)
select(..., 'Propagate', PropagateValue,
...)
Tree | Филогенетическое дерево ( |
N | Количество самых близких узлов к корневому узлу. |
ReferenceValue | Свойство выбрать контрольную точку для измерения расстояния. |
CriteriaValue | Свойство выбрать критерии измерения расстояния. |
ThresholdValue | Свойство выбрать значение расстояния. Узлы с расстояниями ниже этого значения выбраны. |
ExcludeValue | Свойство удалить (исключает) ветвь или вершины от выхода. Введите 'none', 'branches', или 'leaves'. Значением по умолчанию является 'none'. |
PropagateValue | Свойство выбрать узлы распространения к листам или корню. |
S | Логический вектор для всех выбранных узлов. |
Selleaves | Логический вектор для выбранных листов. |
Selbranches | Логический вектор для выбранных ветвей. |
S = select(Tree, N)S) из размера [NumNodes x 1] указание на N самые близкие узлы к корневому узлу phytree объект (Tree) где NumNodes = NumLeaves + NumBranches. Первый используемый критерий является уровнями ветви, затем принадлежащее отцам церкви расстояние (также известный как древовидное расстояние). По умолчанию, select использование Inf как значение N, и выберите ( возвращает вектор со значениями Tree)true.
[ возвращает два дополнительных логических вектора, один для выбранных листов и один для выбранных ветвей.S, Selleaves, Selbranches]
= select(...)
выберите (..., ' дополнительные опции использования, заданные как один или несколько аргументов пары "имя-значение". Каждый PropertyName', PropertyValue, ...)PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Эти пары "имя-значение" следующие:
select(..., 'Reference', изменяет контрольную точку (точки), чтобы измерить близость. ReferenceValue,
...)ReferenceValue может быть 'root' (значение по умолчанию) или 'leaves' или индекс, который указывает на любой узел дерева. При использовании 'leaves', узел может иметь несколько расстояний до своих порожденных листов (nonultrametric дерево). Если так, select рассматривает минимальное расстояние до любого порожденного листа.
select(..., 'Criteria', изменяется критерии раньше измеряли близость. Если CriteriaValue,
...)CriteriaValue = 'уровни'CriteriaValue = 'расстояние'
select(..., 'Threshold', выбирает все узлы, где близость меньше чем или равна пороговому значению ThresholdValue,
...)(. Можно использовать любой ThresholdValue)'Criteria' или 'Reference' в сочетании с этой парой "имя-значение". Если N не задан, затем N = Inf. В противном случае можно ограничить количество выбранных узлов N.
select(..., 'Exclude', устанавливает постфильтр, который исключает все узлы ветви из ExcludeValue,
...)S когда ExcludeValue = 'ветви'ExcludeValue = 'листы''none'.
select(..., 'Propagate', активирует постфункциональность, которая распространяет выбранные узлы к листам когда PropagateValue,
...)PropagateValue установлен в 'toleaves' или к корню, находящему общего предка, когда PropagateValue установлен в 'toroot'. Значением по умолчанию является 'none'. PropagateValue май также be 'both'. 'Propagate' действия свойства после 'Exclude' пара "имя-значение".
% Load a phylogenetic tree created from a protein family:
tr = phytreeread('pf00002.tree');
% To find close products for a given protein (e.g. vipr2_human):
ind = getbyname(tr,'vipr2_human');
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',0.6,'reference',ind);
view(tr,sel_leaves)
% To find potential outliers in the tree, use
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',.3,...
'reference','leaves',...
'exclude','leaves',...
'propagate','toleaves');
view(tr,~sel_leaves)