Вставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, Positions)
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq)
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq, Relationship)
Seq | Любое из следующего:
|
Positions | Вектор целых чисел, чтобы задать положения в Seq перед которым можно вставить разрыв. |
GappedSeq | Любое из следующего:
|
Relationship | Целое число, задающее отношение между Seq и GappedSeq. Выбор:
|
NewSeq | Последовательность с разрывами, вставленными, представленными вектором символов, задающим нуклеотид или последовательность аминокислот. |
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, Positions)Seq прежде чем положения заданы целыми числами в векторном Positions.
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq)GappedSeq, затем вставляет разрывы в соответствующие положения в последовательности Seq.
NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq, Relationship)Seq и GappedSeq. Введите 1 для Relationship когда обе последовательности используют тот же алфавит, который является, оба последовательности нуклеотида, или оба - последовательности аминокислот. Введите 3 для Relationship когда Seq содержит нуклеотиды, представляющие кодоны и GappedSeq содержит аминокислоты. Значением по умолчанию является 3.
Получите две последовательности нуклеотида из базы данных GenBank® для нейраминидазы (NA) белок двух деформаций Гриппа вирус (H5N1).
hk01 = getgenbank('AF509094');
vt04 = getgenbank('DQ094287');
Извлеките область кодирования из двух последовательностей нуклеотида.
hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true); vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
Выровняйте последовательности аминокислот, преобразованные от последовательностей нуклеотида.
[sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
Используйте seqinsertgaps функционируйте, чтобы скопировать разрывы от выровненных последовательностей аминокислот до их соответствующих последовательностей нуклеотида, таким образом выравнивание кодона их.
hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:)) vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
Если у вас есть код, выровнял эти две последовательности, можно использовать их в качестве входа к другим функциям, таким как dnds, который вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замен выровненных кодоном последовательностей нуклеотида. Установкой Verbose к true, можно также отобразить кодоны, рассмотренные в расчетах и их переводах аминокислоты.
[dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
dnds | dndsml | featureparse | int2aa | int2nt