bigimage

Обработка из ядра очень больших изображений

Описание

bigimage информация об объектно-ориентированной памяти о большом файле изображения TIFF и данных изображения это содержит. bigimage представляет изображения как меньшие блоки данных, которые могут независимо загрузиться и обработаны.

Используйте bigimage объект визуализировать и обработать изображения, которые являются слишком большими, чтобы уместиться в памяти, или при обработке изображения, требует большей памяти, чем доступно. Кроме того, объект может:

Считайте, обработайте, и изображения на дисплее в различном несколько уровней разрешения (пирамиды изображений).
Считайте произвольные области изображения.
Считайте, установите, и блоки данных записи.

Для больших изображений с несколькими уровнями разрешения самый низкий или самый грубый уровень разрешения является уровнем, где каждый пиксель покрывает самую большую область. Самый высокий или самый прекрасный уровень разрешения является уровнем, где каждый пиксель покрывает самую маленькую область.

Создание

Синтаксис

bigimg = bigimage(filename)

bigimg = bigimage(dirname)

bigimg = bigimage(varname)

bigimg = bigimage(spatialReferencing,channels,classUnderlying)

bigimg = bigimage(levelSizes,channels,classUnderlying)

bigimg = bigimage(___,'Classes',classes,'PixelLabelIDs',pixelLabelIDs)

bigimg = bigimage(___,Name,Value)

Описание

пример

bigimg = bigimage(filename) создает bigimage объект от большого файла изображения с именем filename.

bigimg = bigimage(dirname) создает bigimage объект из директории с именем dirname содержа файлы с большими данными изображения.

bigimg = bigimage(varname) создает bigimage объект от переменной varname в рабочей области.

bigimg = bigimage(spatialReferencing,channels,classUnderlying) создает writeable bigimage объект и наборы SpatialReferencing, Каналы и свойства ClassUnderlying, не инициализируя данные изображения.

bigimg = bigimage(levelSizes,channels,classUnderlying) создает writeable bigimage объект и наборы LevelSizes, Каналы и свойства ClassUnderlying, не инициализируя данные изображения.

bigimg = bigimage(___,'Classes',classes,'PixelLabelIDs',pixelLabelIDs) создает bigimage объект с категориальными данными. Задайте имена классов с помощью свойства Classes и отображения значений метки пикселя изображения к категориальным именам классов с помощью свойства PixelLabelIDs.

bigimg = bigimage(___,Name,Value) пары "имя-значение" использования, чтобы установить один или несколько BlockSize, SpatialReferencing, UndefinedID, свойств UnloadedValue. Можно задать несколько пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки.

Например, bigimage(bigfile,'BlockSize',[256 256],'UnloadedValue',128) создает большое изображение из файла bigfile это имеет размер блока 256 256 пикселей и пиксельное значение по умолчанию 128.

Входные параметры

развернуть все

`filename` — Имя большого файла изображения
вектор символов | строковый скаляр

Имя большого файла изображения в виде вектора символов или строкового скаляра. Поддерживаемыми форматами файлов является TIFF и BigTIFF. Этот аргумент устанавливает свойство DataSource.

`dirname` — Имя большого каталога образов
символьный вектор

Имя большого каталога образов в виде вектора символов или строкового скаляра. Этот аргумент устанавливает свойство DataSource.

`varname` — Большая переменная изображений
числовой массив

Большая переменная изображений в рабочей области в виде числового массива размера m-by-n для одноканального изображения или m-by-n-by-c для изображения с цветовыми каналами c.

Свойства

развернуть все

Свойства файла изображения

`DataSource` — Местоположение данных
символьный вектор

Местоположение данных, поддерживающих большое изображение в виде вектора символов. Поддерживаемыми форматами файлов является TIFF и BigTIFF.

Если вы создаете bigimage объект, не задавая имя большого файла изображения, затем значение DataSource ''. Если вы создаете bigimage объект от переменной в рабочей области, затем значение DataSource 'variable'.

Типы данных: string

`SourceDetails` — Исходные метаданные
struct ()

Это свойство доступно только для чтения.

Исходные метаданные в виде struct такой, как возвращено imfinfo.

Свойства данных изображения

`BlockSize` — Размер блока
Вектор-строка с 2 элементами

Размер блока в виде вектора-строки с 2 элементами из положительных целых чисел формы [numrows numcols]. Размер блока является самой маленькой единицей информации что bigimage объект может читать или записать.

Типы данных: double

`Channels` — Количество каналов
положительное целое число

Это свойство доступно только для чтения.

Количество цвета или многоспектральных каналов в виде положительного целого числа.

Типы данных: double

`Classes` — Имена классов
массив строк | массив ячеек из символьных векторов

Имена классов категориальных данных в виде массива строк или массива ячеек из символьных векторов. Classes может содержать двойные названия, чтобы сопоставить несколько пиксельная метка IDs с тем же категориальным классом.

Типы данных: char | string

`ClassUnderlying` — Тип данных пикселей изображения
`"double"` | `"single"` | `"uint8"` | `"uint16"` | ...

Это свойство доступно только для чтения.

Тип данных пикселей изображения в виде одной из следующих строк.

`"double"`	`"uint8"`	`"int8"`
`"single"`	`"uint16"`	`"int16"`
`"logical"`	`"uint32"`	`"int32"`
`"categorical"`

Типы данных: char | string

`CoarsestResolutionLevel` — Самый грубый уровень разрешения
положительное целое число

Это свойство доступно только для чтения.

Самый грубый уровень разрешения в виде положительного целого числа. Для изображений одно разрешения, CoarsestResolutionLevel 1.

Типы данных: double

`FinestResolutionLevel` — Самый прекрасный уровень разрешения
положительное целое число

Это свойство доступно только для чтения.

Самый прекрасный уровень разрешения в виде положительного целого числа. Для изображений одно разрешения, FinestResolutionLevel 1.

Типы данных: double

`LevelSizes` — Размеры изображения на каждом уровне разрешения
r-by-2 матрица положительных целых чисел

Размеры изображения на каждом уровне разрешения в виде r-by-2 матрица положительных целых чисел. Каждая строка задает [numrows numcols] размеры изображения на одном из уровней разрешения r.

Типы данных: double

`PixelLabelIDs` — Идентификаторы метки Pixel
c- числовой вектор | c-by-3 числовой массив типа данных `uint8`

Идентификаторы метки Pixel, что значения метки пикселя карты к категориальным именам классов в виде одного из следующих.

c- числовой вектор элемента, где c является количеством классов.
c-by-3 числовой массив типа данных uint8. Каждая строка содержит вектор с 3 элементами, представляющий пиксельное значение RGB, чтобы сопоставить с каждым именем класса. Используйте этот формат, когда данные о пиксельных метках будут храниться как изображение RGB.

Если пиксель имеет значение, которое не существует в PixelLabelIDs, затем bigimage сопоставляет пиксель с классом '<undefined>'.

`SpatialReferencing` — Пиксельные местоположения и размеры
скалярный `imref2d` возразите | r-by-1 вектор `imref2d` объекты

Пиксельные местоположения и размеры в виде скалярного imref2d объект для одно разрешения большое изображение или r-by-1 вектор imref2d объекты для мультиразрешения большое изображение. Каждый элемент задает размер пикселя, размер изображения и мировые пределы на одном из уровней разрешения r.

`UndefinedID` — Значение метки Pixel для `'<undefined>'` категориальный класс
0 (значение по умолчанию) | числовой скаляр | 1 3 числовой вектор

Значение метки Pixel для '<undefined>' категориальный класс в виде числового скаляра или 1 3 числового вектора. Не задавайте это значение как ни одно из значений в PixelLabelIDs.

`UnloadedValue` — Пиксельное значение по умолчанию
логический скаляр | числовой скаляр | 1 1 `Channels` числовой вектор | строковый скаляр

Пиксельное значение по умолчанию раньше заполняло блоки, которые не существуют в DataSource в виде значения в таблице. Если вы не задаете UnloadedValue, затем bigimage использует пиксельное значение 0 для числовых и логических блоков и missing для категориальных блоков.

Тип данных image Формат UnloadedValue

Логическое изображение Логический скаляр.

Числовое изображение

Тип данных image	Формат `UnloadedValue`
Логическое изображение	Логический скаляр.
Числовое изображение	Числовой скаляр для полутоновых изображений или 1 1 каналами числовой вектор для истинного цвета и многоспектральных изображений. Если вы задаете числовой скаляр когда `Channels` больше 1, затем `bigimage` расширяет значение к 1 1 `Channels` числовой вектор. Тип данных `UnloadedValue` должен совпадать с типом данных, заданным ClassUnderlying
Категориальное изображение	Строковый скаляр, указывающий элемент свойства Classes.

Числовой скаляр для полутоновых изображений или 1 1 каналами числовой вектор для истинного цвета и многоспектральных изображений. Если вы задаете числовой скаляр когда Channels больше 1, затем bigimage расширяет значение к 1 1 Channels числовой вектор.

Тип данных UnloadedValue должен совпадать с типом данных, заданным ClassUnderlying

Категориальное изображение Строковый скаляр, указывающий элемент свойства Classes.

Функции объекта

`apply`	Блоки процесса большого изображения
`isequal`	Сравните два `bigimage`s для равенства
`getBlock`	Считайте блок большого изображения
`getFullLevel`	Получите все данные на одном уровне большого изображения
`getRegion`	Считайте произвольную область большого изображения
`setBlock`	Поместите данные в определенный блок большого изображения
`write`	Запишите `bigimage` содержимое к новому файлу

Примеры

свернуть все

Создайте маску Одно Разрешения из мультиразрешения большое изображение

Открыть скрипт

Загрузите bigimage. Это примеры использует модифицированную версию изображения "tumor_091.tif" от набора данных CAMELYON16. Оригинальное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, и самый прекрасный уровень имеет разрешение 53760 61440. Модифицированное изображение имеет только три крупных уровня разрешения. Пространственная ссылка модифицированного изображения была настроена, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.

bim = bigimage('tumor_091R.tif');

Отобразите целый bigimage на самом прекрасном уровне разрешения. Отобразите сетку контуров блока.

bshow = bigimageshow(bim,'GridVisible','on','GridLevel',1);

Определите самый грубый уровень разрешения и пространственную ссылку bigimage на том уровне.

clevel = bim.CoarsestResolutionLevel;
clevelLims = bim.SpatialReferencing(clevel);

Создайте маску самого грубого уровня разрешения путем выполнения этих шагов:

Получите изображение одно разрешения самого грубого уровня разрешения.
Преобразуйте изображение в шкалу полутонов.
Binarize изображение. В двоичном изображении предмет интереса является черным, и фон является белым.
Возьмите дополнение двоичного изображения. Получившаяся маска следует соглашению, в котором предмет интереса является белым, и фон является черным.

imcoarse = getFullLevel(bim,clevel);
graycoarse = rgb2gray(imcoarse);
bwcoarse = imbinarize(graycoarse);
mask = imcomplement(bwcoarse);

Создайте bigimage содержа маску. Используйте ту же пространственную ссылку в качестве исходного большого изображения.

bmask = bigimage(mask,'SpatialReferencing',clevelLims);

Отобразите маску.

figure
bigimageshow(bmask);

Наложите маску на исходном bigimage. Чтобы подсветить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);

Советы

Можно записать в bigimages, которые создаются с помощью синтаксисов SpatialReferencing или LevelSizes. Запишите в них bigimages при помощи setBlock функция. Вы не можете записать в bigimages, которые создаются с помощью filename, dirname, или varname синтаксисы.
bigimage использует свойство UnloadedValue в двух ситуациях. Одна ситуация состоит в том, когда вы создаете writeable bigimage. Блоки writeable bigimage установлены в UnloadedValue пока вы не пишете данные о блоке при помощи setBlock. Вторая ситуация состоит в том когда apply функции прекращают обрабатывать блоки bigimage прежде чем все блоки обрабатываются.

Смотрите также

bigimageDatastore | bigimageshow

Документация

bigimage

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные параметры

`filename` — Имя большого файла изображения
вектор символов | строковый скаляр

`dirname` — Имя большого каталога образов
символьный вектор

`varname` — Большая переменная изображений
числовой массив

Свойства

Свойства файла изображения

`DataSource` — Местоположение данных
символьный вектор

`SourceDetails` — Исходные метаданные
struct ()

Свойства данных изображения

`BlockSize` — Размер блока
Вектор-строка с 2 элементами

`Channels` — Количество каналов
положительное целое число

`Classes` — Имена классов
массив строк | массив ячеек из символьных векторов

`ClassUnderlying` — Тип данных пикселей изображения
`"double"` | `"single"` | `"uint8"` | `"uint16"` | ...

`CoarsestResolutionLevel` — Самый грубый уровень разрешения
положительное целое число

`FinestResolutionLevel` — Самый прекрасный уровень разрешения
положительное целое число

`LevelSizes` — Размеры изображения на каждом уровне разрешения
r-by-2 матрица положительных целых чисел

`PixelLabelIDs` — Идентификаторы метки Pixel
c- числовой вектор | c-by-3 числовой массив типа данных `uint8`

`SpatialReferencing` — Пиксельные местоположения и размеры
скалярный `imref2d` возразите | r-by-1 вектор `imref2d` объекты

`UndefinedID` — Значение метки Pixel для `'<undefined>'` категориальный класс
0 (значение по умолчанию) | числовой скаляр | 1 3 числовой вектор

`UnloadedValue` — Пиксельное значение по умолчанию
логический скаляр | числовой скаляр | 1 1 `Channels` числовой вектор | строковый скаляр

Функции объекта

Примеры

Создайте маску Одно Разрешения из мультиразрешения большое изображение

Советы

Смотрите также

Темы

Введенный в R2019b

Документация Image Processing Toolbox

Поддержка

Документация

bigimage

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные параметры

filename — Имя большого файла изображения вектор символов | строковый скаляр

dirname — Имя большого каталога образов символьный вектор

varname — Большая переменная изображений числовой массив

Свойства

Свойства файла изображения

DataSource — Местоположение данных символьный вектор

SourceDetails — Исходные метаданные struct ()

Свойства данных изображения

BlockSize — Размер блока Вектор-строка с 2 элементами

Channels — Количество каналов положительное целое число

Classes — Имена классов массив строк | массив ячеек из символьных векторов

ClassUnderlying — Тип данных пикселей изображения "double" | "single" | "uint8" | "uint16" | ...

CoarsestResolutionLevel — Самый грубый уровень разрешения положительное целое число

FinestResolutionLevel — Самый прекрасный уровень разрешения положительное целое число

LevelSizes — Размеры изображения на каждом уровне разрешения r-by-2 матрица положительных целых чисел

PixelLabelIDs — Идентификаторы метки Pixel c- числовой вектор | c-by-3 числовой массив типа данных uint8

SpatialReferencing — Пиксельные местоположения и размеры скалярный imref2d возразите | r-by-1 вектор imref2d объекты

UndefinedID — Значение метки Pixel для '<undefined>' категориальный класс0 (значение по умолчанию) | числовой скаляр | 1 3 числовой вектор

UnloadedValue — Пиксельное значение по умолчанию логический скаляр | числовой скаляр | 1 1 Channels числовой вектор | строковый скаляр

Функции объекта

Примеры

Создайте маску Одно Разрешения из мультиразрешения большое изображение

Советы

Смотрите также

Темы

Введенный в R2019b

Документация Image Processing Toolbox

Поддержка

`filename` — Имя большого файла изображения
вектор символов | строковый скаляр

`dirname` — Имя большого каталога образов
символьный вектор

`varname` — Большая переменная изображений
числовой массив

`DataSource` — Местоположение данных
символьный вектор

`SourceDetails` — Исходные метаданные
struct ()

`BlockSize` — Размер блока
Вектор-строка с 2 элементами

`Channels` — Количество каналов
положительное целое число

`Classes` — Имена классов
массив строк | массив ячеек из символьных векторов

`ClassUnderlying` — Тип данных пикселей изображения
`"double"` | `"single"` | `"uint8"` | `"uint16"` | ...

`CoarsestResolutionLevel` — Самый грубый уровень разрешения
положительное целое число

`FinestResolutionLevel` — Самый прекрасный уровень разрешения
положительное целое число

`LevelSizes` — Размеры изображения на каждом уровне разрешения
r-by-2 матрица положительных целых чисел

`PixelLabelIDs` — Идентификаторы метки Pixel
c- числовой вектор | c-by-3 числовой массив типа данных `uint8`

`SpatialReferencing` — Пиксельные местоположения и размеры
скалярный `imref2d` возразите | r-by-1 вектор `imref2d` объекты

`UndefinedID` — Значение метки Pixel для `'<undefined>'` категориальный класс
0 (значение по умолчанию) | числовой скаляр | 1 3 числовой вектор

`UnloadedValue` — Пиксельное значение по умолчанию
логический скаляр | числовой скаляр | 1 1 `Channels` числовой вектор | строковый скаляр