Создайте 4-D объем из набора изображений DICOM
V = dicomreadVolume(source)V, от набора Цифровой Обработки изображений и Коммуникаций в Медицине (DICOM) регистрируют, задан source. dicomreadVolume функция идентифицирует правильный порядок изображений и создает 4-D объем.
Если вход является объемом DICOM, функция возвращает данные об объеме после проверки порядка фрагментов изображения во входном объеме. Если фрагменты изображения не находятся в соответствующем порядке, функция корректирует порядок прежде, чем возвратить выходной параметр.
V = dicomreadVolume(sourcetable)sourcetable. Таблица должна содержать только одну строку, которая задает метаданные для объема DICOM.
V = dicomreadVolume(sourcetable,rowname)rowname из многострочной таблицы. Используйте этот синтаксис когда sourcetable содержит несколько строк.
V = dicomreadVolume(___,'MakeIsotropic', создает изотропный 4-D DICOM объем от данных изображения входа DICOM с помощью входных параметров в предыдущих синтаксисах. Используйте этот синтаксис, чтобы создать изотропный объем DICOM из набора неизотропных данных изображения DICOM. TF)
Загрузите данные об объеме из папки, содержащей файлы изображений DICOM. Используйте squeeze функция, чтобы удалить любые одноэлементные размерности.
[V,spatial,dim] = dicomreadVolume(fullfile(matlabroot,'toolbox/images/imdata/dog'));
V = squeeze(V);Отобразите 4-D DICOM объем. Сгенерируйте карту цветов и альфу (прозрачность) карта для изображений магнитного резонанса (MR).
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/ 255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); alphamap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; colormap = interp1(intensity,color,queryPoints);
Настройте панель.
ViewPnl = uipanel(figure,'Title','4-D Dicom Volume');
Просмотрите объем с картой пользовательского цвета и альфа-картой.
volshow(V,'Colormap',colormap,'Alphamap',alphamap,'Parent',ViewPnl);
Отобразите возвращенную пространственную структуру от dicomreadVolume. Структура содержит пространственную информацию о файлах изображений входа DICOM.
spatial
spatial = struct with fields:
PatientPositions: [22×3 double]
PixelSpacings: [22×2 double]
PatientOrientations: [2×3×22 double]
Отобразите информацию о размерности от dicomreadVolume. Значение указывает, что смещение среза является самым большим вдоль z- размерность.
dim
dim = 3
Соберите детали вокруг файлов DICOM, содержавшихся в папке при помощи dicomCollection функция. Функция возвращает детали доступных метаданных DICOM в форме таблицы.
sourcetable = dicomCollection(fullfile(matlabroot,'toolbox/images/imdata'));Отобразите таблицу. Таблица имеет несколько строк с каждой строкой, содержащей метаданные для наборов DICOM изображений, существующих в заданной папке.
sourcetable
sourcetable=5×14 table
StudyDateTime SeriesDateTime PatientName PatientSex Modality Rows Columns Channels Frames StudyDescription SeriesDescription StudyInstanceUID SeriesInstanceUID Filenames
____________________ ________________________ _______________ __________ ________ ____ _______ ________ ______ ________________ _________________ __________________________________________________________________ __________________________________________________________________ ___________________________________________________________________________________________________________________
s1 30-Apr-1993 11:27:24 {[30-Apr-1993 11:27:24]} "Anonymized" "" "CT" 512 512 1 1 "RT ANKLE" "" "1.2.840.113619.2.1.1.322987881.621.736170080.681" "1.2.840.113619.2.1.2411.1031152382.365.736169244" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\CT-MONO2-16-ankle.dcm"]}
s2 14-Dec-2013 15:47:31 {[14-Dec-2013 15:54:33]} "GORBERG MITZI" "F" "MR" 512 512 1 22 "CSP" "AX T2" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.214" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.217" {22×1 string }
s3 03-Oct-2011 19:18:11 {[03-Oct-2011 18:59:02]} "" "M" "MR" 512 512 1 1 "RIGHT KNEE" "" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.320418845013189618318250681693358291211" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.287740981712351622214874344032214809569" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\knee1.dcm" ]}
s4 03-Oct-2011 19:18:11 {[03-Oct-2011 19:05:04]} "" "M" "MR" 512 512 1 1 "RIGHT KNEE" "" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.320498134711034521212730362051554545799" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.316302984111738034326701385064023497963" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\knee2.dcm" ]}
s5 30-Jan-1994 11:25:01 {0×0 double } "Anonymized" "" "US" 430 600 1 10 "Echocardiogram" "PS LAX MR & AI" "999.999.3859744" "999.999.94827453" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\US-PAL-8-10x-echo.dcm"]}
Создайте 4-D DICOM объем от набора DICOM изображений в таблице. Задайте имя строки, которое содержит желаемый набор DICOM изображений. Установите параметр 'MakeIsotropic' к true для того, чтобы создать изотропный объем. Используйте squeeze функция, чтобы удалить любые одноэлементные размерности.
V = dicomreadVolume(sourcetable,'s2','MakeIsotropic',true); V = squeeze(V);
Отобразите изотропный 4-D DICOM объем при помощи volshow функция. Сгенерируйте карту цветов и альфу (прозрачность) карта для изображений MR.
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); alphamap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; colormap = interp1(intensity,color,queryPoints);
Настройте панель.
ViewPnl = uipanel(figure,'Position',[0 0 1 1],'Title','Isotropic 4-D Dicom Volume');
Просмотрите объем с картой пользовательского цвета и альфа-картой.
volshow(V,'Colormap',colormap,'Alphamap',alphamap,'CameraPosition',[3 3 4],'Parent',ViewPnl);
V — 4-D DICOM объем4-D DICOM объем, возвращенный как числовой массив.
Размерности V [rows, columns, samples, slices], где samples является количеством цветовых каналов на воксель. Например, полутоновые объемы имеют одну выборку, и объемы RGB имеют три выборки. Используйте squeeze функция, чтобы удалить любые одноэлементные размерности, такой как тогда, когда выборка равняется 1.
spatial — Местоположение, разрешение и ориентация изображений входа DICOMМестоположение, разрешение, и ориентация срезов, собранных из метаданных изображений входа DICOM, возвратилось как структура со следующими полями.
Пространственная структура
| Поля | Описание |
|---|---|
PatientPositions | (x, y, z) триплет первого пикселя в каждом срезе, измеренном в миллиметрах от источника системы координат сканера |
PixelSpacings
| Расстояние между соседними строками и столбцами в каждом срезе, в миллиметрах |
PatientOrientations
| Пара триплетов направляющего косинуса, которые определяют направление строк и столбцов в каждом срезе относительно терпеливого положения |
Для получения дополнительной информации об атрибутах DICOM, смотрите часть 3 стандарта DICOM, раздела C.7.6.2.
dim — Размерность с самым большим смещением Размерность с самым большим смещением, возвращенным как 1, 2, или 3. Значение обозначает размерность в 3-D системе координат, которая имеет самый большой объем перемещения между смежными срезами в данных о входе DICOM.
dim 1, если самое большое смещение приезжает x размерность.
dim 2, если самое большое смещение приезжает y размерность.
dim 3, если самое большое смещение приезжает z размерность.