getIndex

Возвратите массив индекса аннотаций от GFFAnnotation объект

Синтаксис

Idx = getIndex(AnnotObj) Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) Idx = getIndex(___,Name,Value)

Описание

Idx = getIndex(AnnotObj) возвращает массив индекса Idx, массив целых чисел, содержащих индекс каждой аннотации в AnnotObj.

Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает массив индекса Idx для подмножества элементов, которое находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.

Idx = getIndex(___,Name,Value) возвращает массив индекса Idx, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

`AnnotObj`	Объект `GFFAnnotation` класс.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `StartPos` должно быть меньше чем или равно `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `EndPos` должен быть больше или быть равен `StartPos`.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

'Reference'

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в AnnotObj. Только индексы аннотаций, поле ссылки которых совпадает с одной из заданных ссылок, включены в Idx.

'Feature'

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в AnnotObj. Только индексы аннотаций, поле функции которых совпадает с одной из заданных функций, включены в Idx.

'Overlap'

Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы включать ее индекс в Idx. Это значение может быть любым следующим:

Положительное целое число
'full' — Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена.
'start' — Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена.

Значение по умолчанию: 1

Выходные аргументы

Idx

Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в AnnotObj.

Примеры

Пример 30. Получите индексы аннотаций от объекта GFFAnnotation

Создайте a GFFAnnotation объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Извлеките индексы аннотаций или функций положений 10 000 - 20 000 от ссылочной последовательности.

Idx = getIndex(GFFAnnotObj,10000,20000)

Idx =

    61
    62
    63
    64
    65
    66
    67
    68
    69

Темы

Сохраните и управляйте аннотациями функции в объектах

Внешние веб-сайты

GFF (Общий Формат Функции) технические требования

Документация