Класс: GTFAnnotation
Получите область значений аннотаций от GTFAnnotation объект
Range = getRange(AnnotObj)
Range = getRange(AnnotObj)Range, 1 2 числовой массив, задающий минимальные и максимальные положения в ссылочной последовательности, охвачен аннотациями в AnnotObj.
|
Объект |
|
1 2 числовой массив, задающий минимальные и максимальные положения в ссылочной последовательности, охвачен аннотациями в |
Создайте a GTFAnnotation объект из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™, и затем возвращает область значений аннотаций функции:
% Construct a GTFAnnotation object from a GTF file
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
% Return first and last positions of reference associated with feature annotations
range = getRange(GTFAnnotObj)
range =
41609 1371382Используйте getSubset метод с Reference пара "имя-значение", чтобы возвратить a GFFAnnotation объект, содержащий только одну ссылочную последовательность. Затем используйте этот объект из подмножества, как введено для getRange метод.
getData (GTFAnnotation) | getFeatureNames (GTFAnnotation) | getGeneNames (GTFAnnotation) | getGenes (GTFAnnotation) | getIndex (GTFAnnotation) | getRange (GTFAnnotation) | getReferenceNames (GTFAnnotation) | getSegments (GTFAnnotation) | getSubset (GTFAnnotation) | getTranscripts (GTFAnnotation) | GFFAnnotation | GTFAnnotation