Нормируйте микроданные массива
XNorm = manorm(X)
XNorm = manorm(MAStruct, FieldName)
[XNorm, ColVal]
= manorm(...)
manorm(..., 'Method', MethodValue,
...)
manorm(..., 'Extra_Args', Extra_ArgsValue,
...)
manorm(..., 'LogData', LogDataValue,
...)
manorm(..., 'Percentile', PercentileValue,
...)
manorm(..., 'Global', GlobalValue,
...)
manorm(..., 'StructureOutput', StructureOutputValue,
...)
manorm(..., 'NewColumnName', NewColumnNameValue,
...)
X | Числовой массив или объект DataMatrix микроданных массива. |
MAStruct | Структура микромассивов. |
FieldName | Поле . |
XNorm = manorm(X)X, числовой массив или объект DataMatrix микроданных массива, путем деления на среднюю интенсивность столбца. XNorm вектор, матрица или объект DataMatrix нормированных микроданных массива.
XNorm = manorm(MAStruct, FieldName)MAStruct, микроструктура массива, для поля задана FieldName, для каждого блока или совета печати путем деления каждого блока на среднюю интенсивность столбца. Выход является матрицей с каждым столбцом, соответствующим нормированным данным для каждого блока.
[ возвращает значения, используемые, чтобы нормировать данные.XNorm, ColVal]
= manorm(...)
manorm (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)manorm с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
manorm(..., 'Method', позволяет вам выбирать метод для масштабирования или центрирования данных. MethodValue,
...)MethodValue может быть 'Mean'(значение по умолчанию), 'Median'станд (стандартное отклонение), 'MAD' (среднее абсолютное отклонение), или указатель на функцию. Если вы передаете указатель на функцию, то функция должна проигнорировать NaNs и должна возвратить одно значение для каждого столбца входных данных.
manorm(..., 'Extra_Args', позволяет вам передавать дополнительные аргументы функциональному Extra_ArgsValue,
...)MethodValue. Extra_ArgsValue должен быть массив ячеек.
manorm(..., 'LogData', , когда LogDataValue,
...)LogDataValue true, работает с, регистрируют данные об отношении, в этом случае среднее значение (или MethodValue) из каждого столбца вычтен из значений в столбцах, вместо того, чтобы делить столбец на значение нормализации.
manorm(..., 'Percentile', только использует процентиль (PercentileValue,
...)PercentileValue) из данных, препятствующих тому, чтобы большие выбросы скосили нормализацию. Если PercentileValue вектор, содержащий два значения, затем диапазон от PercentileValue(1) процентиль к PercentileValue(2) процентиль используется. Значением по умолчанию является 100, это должно использовать все данные в наборе данных.
manorm(..., 'Global', когда GlobalValue,
...)GlobalValue true, нормирует значения в наборе данных глобальным средним значением (или MethodValue) из данных, в противоположность нормализации каждого столбца или блока информационно-независимо.
manorm(..., 'StructureOutput', , когда StructureOutputValue,
...)StructureOutputValue true, входные данные являются структурой, возвращает входную структуру с дополнительным полем данных для нормированных данных.
manorm(..., 'NewColumnName', , при использовании NewColumnNameValue,
...)StructureOutput, позволяет вам задавать имя столбца, который добавлен к списку ColumnNames в структуре. Поведение по умолчанию должно снабдить префиксом 'Block Normalized' к FieldName.
maStruct = gprread('mouse_a1wt.gpr');
% Extract some data of interest.
Red = magetfield(maStruct,'F635 Median');
Green = magetfield(maStruct,'F532 Median');
% Create a log-log plot.
maloglog(Red,Green,'factorlines',true)
% Center the data.
normRed = manorm(Red);
normGreen = manorm(Green);
% Create a log-log plot of the centered data.
figure
maloglog(normRed,normGreen,'title','Normalized','factorlines',true)
% Alternatively, you can work directly with the structure
normRedBs = manorm(maStruct,'F635 Median - B635');
normGreenBs = manorm(maStruct,'F532 Median - B532');
% Create a log-log plot of the centered data. This includes some
% zero values so turn off the warning.
figure
w = warning('off','Bioinfo:maloglog:ZeroValues');
warning('off','Bioinfo:maloglog:NegativeValues');
maloglog(normRedBs,normGreenBs,'title',...
'Normalized Background-Subtracted Median Values',...
'factorlines',true)
warning(w);affyinvarsetnorm | maboxplot | magetfield | mainvarsetnorm | mairplot | maloglog | malowess | quantilenorm | rmasummary