Статистический анализ

Считайте резюмирование и статистические анализы данных ЧИПА-seq и RNA-seq

Считайте количество чтений сопоставленным с геномными функциями интереса. Выполните статистические анализы количеств чтения, таких как идентификация дифференцированно описанных генов из данных RNA-seq и выполнения анализа всего генома транскрипционных факторов из данных ЧИПА-seq.

Функции

`cufflinks`	Соберите транскриптом от выровненных чтений
`cuffcompare`	Сравните собранные расшифровки стенограммы через несколько экспериментов
`cuffdiff`	Идентифицируйте существенные изменения в выражении расшифровки стенограммы
`cuffmerge`	Объедините блоки RNA-seq в основной транскриптом
`cuffnorm`	Нормируйте уровни экспрессии расшифровки стенограммы
`cuffquant`	Определите количество гена и профилей выражения расшифровки стенограммы
`cuffgffread`	Отфильтруйте и преобразуйте файлы GTF и GFF
`cuffgtf2sam`	Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM
`mattest`	Выполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов
`mafdr`	Оцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы
`nbintest`	Непарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки
`featurecount`	Вычислите количество чтений, сопоставленных с геномными функциями
`metafeatures`	Метагенный алгоритм аттрактора для разработки функции использование взаимного информационно-основанного изучения
`rankfeatures`	Оцените ключевые возможности по критериям отделимости класса
`randfeatures`	Сгенерируйте рандомизированное подмножество функций
`knnimpute`	Припишите недостающие данные с помощью метода ближайшего соседа
`crossvalind`	Сгенерируйте индексы для наборов обучающих данных и наборов тестов
`classperf`	Оцените эффективность классификатора

Классы

`NegativeBinomialTest`	Непарный результат испытаний гипотезы
`CuffCompareOptions`	`Набор опций для cuffcompare`
`CuffDiffOptions`	Опция установлена для `cuffdiff`
`CuffGFFReadOptions`	Опция установлена для `cuffgffread`
`CufflinksOptions`	Опция установлена для `cufflinks`
`CuffMergeOptions`	Опция установлена для `cuffmerge`
`CuffNormOptions`	Опция установлена для `cuffnorm`
`CuffQuantOptions`	Опция установлена для `cuffquant`

Темы

Пакеты программной поддержки Bioinformatics Toolbox

Загрузите и установите пакеты поддержки Биоинформатики для рабочих процессов NGS.

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.