showmask

Покажите наложение маски на bigimageshow

свернуть все на странице

Синтаксис

showmask(b,mask)
showmask(b,mask,level)
showmask(___,Name,Value)

Описание

showmask(b,mask) накладывает маску на bigimageshow объект, b, на самом прекрасном уровне разрешения больших данных изображения.

  • Блоки маски, которые превышают минимальный процент ненулевых пикселей (по умолчанию, 50%) отображены с зеленым оттенком. Эти блоки рассматриваются ROI и были бы выбраны для обработки apply функция bigimage.

  • Блоки маски ниже минимального процента ненулевых пикселей отображены с красным оттенком. Эти блоки рассматриваются фоном и не были бы обработаны apply функция.

пример

showmask(b,mask,level) накладывает маску на bigimageshow объект, b, на заданном уровне разрешения больших данных изображения.

showmask(___,Name,Value) изменяет внешний вид блоков маски при помощи аргументов пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

Создайте bigimage использование модифицированной версии изображения "tumor_091.tif" от набора данных CAMELYON16. Оригинальное изображение является учебным изображением лимфатического узла, содержащего ткань опухоли. Оригинальное изображение имеет восемь уровней разрешения, и самый прекрасный уровень имеет разрешение 53760 61440. Модифицированное изображение имеет только три крупных уровня разрешения. Пространственная ссылка модифицированного изображения была настроена, чтобы осуществить сопоставимое соотношение сторон и указать функции на каждом уровне.

bim = bigimage('tumor_091R.tif');

Отобразите целый bigimage на самом прекрасном уровне разрешения. Отобразите сетку контуров блока.

bshow = bigimageshow(bim,'GridVisible','on','GridLevel',1);

Определите самый грубый уровень разрешения и пространственную ссылку bigimage на том уровне.

clevel = bim.CoarsestResolutionLevel;
clevelLims = bim.SpatialReferencing(clevel);

Создайте маску самого грубого уровня разрешения путем выполнения этих шагов:

  1. Получите изображение одно разрешения самого грубого уровня разрешения.

  2. Преобразуйте изображение в шкалу полутонов.

  3. Binarize изображение. В двоичном изображении предмет интереса является черным, и фон является белым.

  4. Возьмите дополнение двоичного изображения. Получившаяся маска следует соглашению, в котором предмет интереса является белым, и фон является черным.

imcoarse = getFullLevel(bim,clevel);
graycoarse = rgb2gray(imcoarse);
bwcoarse = imbinarize(graycoarse);
mask = imcomplement(bwcoarse);

Создайте bigimage содержа маску. Используйте ту же пространственную ссылку в качестве исходного большого изображения.

bmask = bigimage(mask,'SpatialReferencing',clevelLims);

Отобразите маску.

figure
bigimageshow(bmask);

Наложите маску на исходном bigimage. Чтобы подсветить все блоки, которые содержат по крайней мере один ненулевой пиксель маски, задайте порог включения 0.

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);

Входные параметры

свернуть все

Отображенные большие данные изображения в виде a bigimageshow объект. Свойство CData задает большие данные изображения.

Маска в виде одно разрешения bigimage объект с ClassUnderlying значение свойства logical. Пространственные степени маски должны совпасть с большими данными изображения на уровне отображаемого разрешения.

Уровень разрешения, на котором можно отобразить большие данные изображения в виде положительного целого числа.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: showmask(b,mask,'InclusionThreshold',0.4)

Размер блока данных изображения в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'BlockSize' и вектор 1 на 2 положительных целых чисел формы [numrows numcols]. Значение по умолчанию равно BlockSize свойство bigimageобъект в b.

Порог включения в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'InclusionThreshold' и номер в области значений [0, 1]. Порог включения указывает на минимальную часть ненулевых пикселей в блоке маски, требуемом рассматривать блок маски как ROI.

  • Когда порогом включения является 0, showmask функционируйте отображает блок маски как ROI, когда по крайней мере один пиксель в блоке маски является ненулевым.

  • Когда порогом включения является 1, showmask функционируйте отображает блок маски как ROI только, когда все пиксели в блоке маски являются ненулевыми.

Прозрачность маски в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Alpha' и номер в области значений [0, 1]. Значение 1 означает, что маска абсолютно непрозрачна и значение 0 означает, что маска абсолютно прозрачна.

Советы

  • Когда вы вызываете showmask впервые, функция вычисляет отношение ненулевых, чтобы обнулить пиксели маски для каждого блока на самом прекрасном уровне отображенного bigimage. Это вычисление занимает время, чтобы завершиться, таким образом, может быть некоторая задержка, отображающая маску. Когда вы выполняете последующие вызовы к showmask, функциональные повторные использования вычисленные значения включения и обновления отображенная маска более быстро.

Смотрите также

| |

Темы

Введенный в R2019b

Документация Image Processing Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте