Язык разметки системной биологии (SBML) является стандартным форматом для совместного использования моделей системной биологии среди различных программных инструментов моделирования и симуляции. Текущая спецификация доступна в http://sbml.org/documents/
.
Импортируйте модель SBML из использования URL или файла sbmlimport
.
SimBiology® поддерживает подмножество спецификации версии 1 уровня 3 SBML. Следующие функции SBML не импортируются в модель SimBiology:
Кусочная кинетика — Модели с кусочной кинетикой загружаются, но определения для кусочной кинетики проигнорированы.
MATLAB® несовместимые имена переменных в UnitDefinition
— Модели, которые имеют имена переменных, несовместимые с MATLAB в UnitDefinition
не загружаются и сообщение об ошибке отображено.
hasOnlySubstanceUnits
атрибут не имеет соответствующего свойства в объекте разновидностей SimBiology. Вместо этого если разновидность не имеет никаких модулей, SimBiology использует DefaultSpeciesDimension
свойство определить, интерпретировать ли имена разновидностей в выражениях как вещество, составляет или концентрации. Когда вы устанавливаете DefaultSpeciesDimension
к substance
и не задавайте модули, SimBiology интерпретирует имена разновидностей, когда вещество составляет и не масштабируется никакой способностью отсека (объем). Когда свойство установлено в concentration
, имена разновидностей интерпретированы как концентрации и масштабируются соответствующей способностью отсека. SimBiology не позволяет вам установить начальное значение разновидности, когда концентрация или вещество составляют независимо от того, как вы обращаетесь к нему в выражениях. Чтобы предоставить лучшей совместимости с моделями SBML, имеющими этот атрибут, SimBiology добавляет первоначальное правило присвоения или соответствующие модули во время процесса импорта. Для получения дополнительной информации смотрите раздел Compatibility sbmlimport
.
Модели, содержащие другие модели как подмодели, загружаются, но подмодели проигнорированы.
fast
атрибут любого объекта реакции проигнорирован.
delay
, priority
, initialValue
, и persistent
атрибуты объектов-событий проигнорированы.
XOR
, OR
, и AND
логические операторы, имеющие три или больше аргумента, не поддерживаются. Они поддерживаются для бинарных операций только.
Можно импортировать модели SBML с функциональными определениями. SimBiology заменяет функциональные определения на соответствующие математические выражения.
Можно также загрузить модели SBML, которые используют идентификаторы реакции для ссылочных скоростей реакции в математических выражениях. SimBiology заменяет ссылки на соответствующие скорости реакции.
Следующая информация о модели SimBiology включена в файл формата SBML:
Отсеки, разновидности, параметры, реакции, правила и события, которые заданы в модели и имеют их Active
набор свойств к true
.
Все модульные определения в SBML-совместимом формате.
Свойства компонента модели с эквивалентами SBML, такими как примечания и стоимости единицы для разновидностей и параметров.
Уравнение скорости реакции, но не кинетическое определение закона.
Следующие функции SimBiology не поддерживаются SBML и не включены в сохраненный файл формата SBML. Можно хранить эту информацию в файле проекта SimBiology, который имеет .sbproj
расширение.
Projects — Модели, аналитические задачи и данные.
Модели Kinetic law information — SimBiology хранят кинетическую информацию закона, такую как кинетическое имя закона и кинетическое определение закона.
Variant information — Наборы количеств (отсеки, разновидности и/или параметры), что можно использовать, чтобы изменить начальную или основную настройку модели.
Dosing information — Внешний шаг к сумме (или концентрация) разновидности в модели.
Пользовательские файлы функции MATLAB — Пользовательские функции, которые вы использовали в своей модели SimBiology.
Функции и свойства, характерные для программного обеспечения SimBiology, такие как Name (Rule
только объекты), Tag и Active.
Совет
Поскольку предыдущая информация не поддерживается SBML, мы рекомендуем сохранить файлы проекта SimBiology, чтобы получить эту информацию.