Поддержка SBML

Что такое SBML?

Язык разметки системной биологии (SBML) является стандартным форматом для совместного использования моделей системной биологии среди различных программных инструментов моделирования и симуляции. Текущая спецификация доступна в http://sbml.org/documents/.

Импорт из файлов SBML

Импортируйте модель SBML из использования URL или файла sbmlimport.

SimBiology® поддерживает подмножество спецификации версии 1 уровня 3 SBML. Следующие функции SBML не импортируются в модель SimBiology:

  • Кусочная кинетика — Модели с кусочной кинетикой загружаются, но определения для кусочной кинетики проигнорированы.

  • MATLAB® несовместимые имена переменных в UnitDefinition — Модели, которые имеют имена переменных, несовместимые с MATLAB в UnitDefinition не загружаются и сообщение об ошибке отображено.

  • hasOnlySubstanceUnits атрибут не имеет соответствующего свойства в объекте разновидностей SimBiology. Вместо этого если разновидность не имеет никаких модулей, SimBiology использует DefaultSpeciesDimension свойство определить, интерпретировать ли имена разновидностей в выражениях как вещество, составляет или концентрации. Когда вы устанавливаете DefaultSpeciesDimension к substance и не задавайте модули, SimBiology интерпретирует имена разновидностей, когда вещество составляет и не масштабируется никакой способностью отсека (объем). Когда свойство установлено в concentration, имена разновидностей интерпретированы как концентрации и масштабируются соответствующей способностью отсека. SimBiology не позволяет вам установить начальное значение разновидности, когда концентрация или вещество составляют независимо от того, как вы обращаетесь к нему в выражениях. Чтобы предоставить лучшей совместимости с моделями SBML, имеющими этот атрибут, SimBiology добавляет первоначальное правило присвоения или соответствующие модули во время процесса импорта. Для получения дополнительной информации смотрите раздел Compatibility sbmlimport.

  • Модели, содержащие другие модели как подмодели, загружаются, но подмодели проигнорированы.

  • fast атрибут любого объекта реакции проигнорирован.

  • delay, priority, initialValue, и persistent атрибуты объектов-событий проигнорированы.

  • XOR, OR, и AND логические операторы, имеющие три или больше аргумента, не поддерживаются. Они поддерживаются для бинарных операций только.

Поддержка только для чтения функциональных определений

Можно импортировать модели SBML с функциональными определениями. SimBiology заменяет функциональные определения на соответствующие математические выражения.

Поддержка идентификаторов реакции

Можно также загрузить модели SBML, которые используют идентификаторы реакции для ссылочных скоростей реакции в математических выражениях. SimBiology заменяет ссылки на соответствующие скорости реакции.

Экспорт модели SimBiology к формату SBML

Функции SimBiology, поддерживавшие SBML

Следующая информация о модели SimBiology включена в файл формата SBML:

  • Отсеки, разновидности, параметры, реакции, правила и события, которые заданы в модели и имеют их Active набор свойств к true.

  • Все модульные определения в SBML-совместимом формате.

  • Свойства компонента модели с эквивалентами SBML, такими как примечания и стоимости единицы для разновидностей и параметров.

  • Уравнение скорости реакции, но не кинетическое определение закона.

     Пример

Функции SimBiology, не поддерживавшие SBML

Следующие функции SimBiology не поддерживаются SBML и не включены в сохраненный файл формата SBML. Можно хранить эту информацию в файле проекта SimBiology, который имеет .sbproj расширение.

  • Projects — Модели, аналитические задачи и данные.

  • Модели Kinetic law information — SimBiology хранят кинетическую информацию закона, такую как кинетическое имя закона и кинетическое определение закона.

  • Variant information — Наборы количеств (отсеки, разновидности и/или параметры), что можно использовать, чтобы изменить начальную или основную настройку модели.

  • Dosing information — Внешний шаг к сумме (или концентрация) разновидности в модели.

  • Пользовательские файлы функции MATLAB — Пользовательские функции, которые вы использовали в своей модели SimBiology.

  • Функции и свойства, характерные для программного обеспечения SimBiology, такие как Name (Rule только объекты), Tag и Active.

Совет

Поскольку предыдущая информация не поддерживается SBML, мы рекомендуем сохранить файлы проекта SimBiology, чтобы получить эту информацию.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте