Expression (AbstractKineticLaw, KineticLaw)

Выражение, чтобы определить уравнение скорости реакции

Описание

Expression свойство указывает на математическое выражение, которое используется, чтобы определить ReactionRate свойство объекта реакции. Expression выражение скорости реакции, присвоенное кинетическим определением закона, используемым реакцией. Кинетический используемый закон обозначается свойством KineticLawName. Можно сконфигурировать Expression для пользовательских кинетических законов, но не для встроенных кинетических законов. Expression только для чтения для кинетических объектов закона.

Примечание

Если вы устанавливаете Expression свойство к выражению скорости реакции, которое не непрерывно и дифференцируемо, смотрите Используя События, чтобы Обратиться к Разрывам в Выражениях Правила и Скорости реакции прежде, чем симулировать вашу модель.

Кинетическое определение закона

Кинетическое определение закона обеспечивает механизм для применения определенного закона об уровне к нескольким реакциям. Это действует как шаблон отображения для скорости реакции. Кинетический закон задан математическим выражением, (заданный в свойстве Expression), и включает разновидности и переменные параметра, используемые в выражении. Переменные разновидностей заданы в SpeciesVariables свойство и переменные параметра заданы в ParameterVariables свойство кинетического объекта закона.

Если реакция использует кинетическое определение закона, ReactionRate свойство объекта реакции показывает результат отображения из кинетического определения закона. Определить ReactionRate, переменные разновидностей и переменные параметра, которые участвуют в скорости реакции, должны быть сопоставлены в кинетическом законе для реакции. В этом случае программное обеспечение SimBiology^® определяет ReactionRate при помощи Expression свойство абстрактного кинетического объекта закона, и путем отображения SpeciesVariableNames к SpeciesVariables и ParameterVariableNames к ParameterVariables.

Например, кинетическое определение закона Henri-Michaelis-Menten имеет Expression Vm*S / (Km+S), где Vm и Km заданы как параметры в ParameterVariables свойство абстрактного кинетического объекта закона и S задан как разновидность в SpeciesVariable свойство абстрактного кинетического объекта закона.

Путем применения Henri-Michaelis-Menten кинетический закон к реакции A -> B с Va отображение с VmA отображение с S, и Ka отображение с Km, уравнение скорости для реакции становится Va*A / (Ka+A).

Точное выражение реакции с помощью MassAction кинетический закон варьируется в зависимости от количества реагентов. Таким образом, для кинетики действующих масс Expression свойство установлено в MassAction потому что в целом для кинетики действующих масс скорость реакции задана как

$r = k \prod_{i = 1}^{n r} {[S i]}^{m_{i}}$

где [Si] концентрация ith реагент, _mi стехиометрический коэффициент [Si], _nr количество реагентов и k постоянная скорость реакции массовой акции.

Программное обеспечение SimBiology содержит некоторые встроенные кинетические законы. Можно также задать собственные кинетические законы. Чтобы найти список доступных кинетических законов, используйте sbiowhos -kineticlaw команда (sbiowhos). Можно создать кинетическое определение закона с функциональным sbioabstractkineticlaw и добавьте его в библиотеку с помощью sbioaddtolibrary.

Характеристики

Применяется	Объекты: абстрактный кинетический закон, кинетический закон
Тип данных	Символьный вектор
Значения данных	Заданный кинетическим определением закона
Доступ	Только для чтения в кинетическом объекте закона. Чтение-запись в пользовательском кинетическом законе.

Примеры

Пример 1

Пример с Henri-Michaelis-Menten кинетика

Создайте объект модели и добавьте объект реакции в модель.
```
modelObj = sbiomodel ('my_model');
reactionObj = addreaction (modelObj, 'a + b -> c + d');
```
Задайте кинетический закон для объекта реакции.
```
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
```
Проверьте что Expression свойством для кинетического объекта закона является Henri-Michaelis-Menten.
```
get (kineticlawObj, 'Expression')
```
MATLAB^® возвращается:
```
ans =

Vm*S/(Km + S) 
```
'Henri-Michaelis-Menten' кинетический закон имеет две переменные параметра (Vm и Km) и одна переменная разновидностей (S) то, что необходимо установить. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Vm_d, Km_d, и присвойте Parent объектов значение свойства к kineticlawObj. Разновидности возражают с Name a создается когда reactionObjсоздается и не должен быть переопределен.
```
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d');
parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
```
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
```
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
```
Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate реакции свойство.
```
get (reactionObj, 'ReactionRate')
```
MATLAB возвращается:
```
ans =

Vm_d*a/(Km_d+a)
```

Пример 2

Пример с Mass Action кинетика.

Создайте объект модели, и затем добавьте объект реакции.
```
modelObj = sbiomodel ('my_model');
reactionObj = addreaction (modelObj, 'a + b -> c + d');
```
Задайте кинетический закон для объекта реакции.
```
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'MassAction');
get(kineticlawObj, 'Expression')
```
MATLAB возвращается:
```
ans =

MassAction 
```
Присвойте константу скорости для реакции.
```
set (kineticlawObj, 'ParameterVariablenames', 'k');
```
```
get (reactionObj, 'ReactionRate')
```
MATLAB возвращается:
```
ans =

k*a*b
```

Документация