simbiology | Открытый SimBiology Model Builder |
sbiomodel | Создайте объект модели |
sbioroot | Возвратите корневой объект SimBiology |
sbioreset | Удалите все объекты модели |
sbioselect | Ищите объекты с заданными ограничениями |
sbiolastwarning | SimBiology последнее предупреждающее сообщение |
sbiolasterror | SimBiology последнее сообщение об ошибке |
verify | Подтвердите и проверьте модель SimBiology |
addcompartment | Создайте объект отсека |
addobservable | Добавьте заметный объект в модель SimBiology |
addspecies | Создайте разновидности, возражают и добавляют к объекту отсека в объекте модели |
addparameter | Создайте объект параметра и добавьте к или кинетическому объекту закона модели |
addreaction | Создайте реакцию, возражают и добавляют к объекту модели |
addrule | Создайте правило, возражают и добавляют к объекту модели |
addevent | Добавьте объект-событие в объект модели |
findUnusedComponents | Найдите неиспользованные разновидности, параметры и отсеки в модели |
findUsages(species,parameter,compartment) | Узнайте, как разновидность, параметр или отсек используются в модели |
findUsages | Узнайте, как заметный объект используется в модели SimBiology |
findUsages(unit,unitprefix) | Узнайте, как модульный или модульный префикс используется |
findUsages(AbstractKineticLaw) | Узнайте, как используется объект AbstractKineticLaw |
updateInitialAssignments | Обновите первоначальные правила присвоения удалить зависимости от порядка |
Model | Информация компонента и модели |
Observable | Объект, содержащий выражение для вычислений постсимуляции |
Compartment | Объект, содержащий информацию об отсеке |
Species | Объект, содержащий информацию о разновидностях |
Parameter | Параметр и информация об осциллографе |
Reaction | Объект, содержащий информацию о реакции модели |
KineticLaw | Кинетическая информация о законе для реакции |
Rule | Содержите правило для разновидностей и параметров |
Event | Сохраните информацию о событии |
Root | Содержите модели, модульные библиотеки и абстрактные кинетические юридические библиотеки |
PKModelDesign object | Объект Helper создать фармакокинетическую модель |
PKCompartment object | Используемый PKModelDesign создать модель SimBiology |
PKModelMap object | Задайте роли компонентов модели SimBiology |
construct | Создайте модель SimBiology из PKModelDesign объект |
addCompartment | Добавьте отсек в PKModelDesign объект |
| SimBiology Model Builder | Создайте QSP, PK/PD и механистические модели системной биологии в интерактивном режиме |
| SimBiology Model Analyzer | Анализируйте QSP, PK/PD и механистические модели системной биологии |
Создайте модель кинетики лиганда приемника
В этом примере показано, как создать и симулировать простую модель кинетики лиганда приемника с помощью приложений SimBiology Model Analyzer и SimBiology Model Builder.
Включите котранспортер глюкозы натрия 2 ингибирования приемника (SGLT2) гипотетическим составным объектом в существующую модель инсулина глюкозы.
В этом примере показано, как создать простую модель программно.
Смоделируйте трассу регуляции генов
В этом примере показано, как создать простую модель регуляции генов и симулировать ее.
Создайте и симулируйте модель с пользовательской функцией
В этом примере показано, как создать пользовательскую функцию и включить ее в симуляцию модели.
Модель SimBiology® является динамической системой, описанной набором количеств и математических выражений.
Можно просмотреть систему уравнений, которую создает SimBiology, когда вы создаете модель с помощью реакций, правил, событий, вариантов и доз.
A species object представляет разновидность, которая является количеством химиката или сущности, которая участвует в реакциях.
Определения и оценки правил в моделях SimBiology
Правила являются математическими выражениями, которые позволяют вам задавать или изменять количества модели, а именно, способность отсека, сумма разновидностей или значение параметров.
Определения и оценки реакций в моделях SimBiology
Реакция является математическим выражением, которые описывают преобразование, транспорт или процесс привязки, который изменяет одну или несколько разновидностей.
Задайте скорости реакции с кинетикой действующих масс
Используйте кинетику действующих масс, чтобы задать нулевой порядок, первый порядок, и обратимые реакции второго порядка.
Задайте скорости реакции с кинетикой фермента
Используйте дифференциальные уравнения, кинетику действующих масс или кинетику Михаэлиса-Ментен, для определения ферментативных реакций.
В SimBiology событие является дискретным переходом в значении количества или выражения в модели.
Используйте дозы, чтобы смоделировать различные режимы дозирования.
Создайте фармакокинетические модели
SimBiology позволяет вам создать один - 2D, или мультиотсек фармакокинетические модели для оценки параметра и симуляции модели.
SimBiology позволяет вам найти разновидности, параметры, отсеки и observables, которые не используются в модели и узнают, как они используются.
Оценка имен компонента модели в выражениях
SimBiology следует некоторым правилам приоритета при оценке имен в выражениях.