Чтобы симулировать модель, программное обеспечение SimBiology® преобразует модель в систему дифференциальных уравнений. Это затем использует функцию решателя, чтобы вычислить решения для этих уравнений в различных временных интервалах, давая состояния модели и выходные параметры по промежутку времени.
Доступные решатели:
Решатели ОДУ — Они включают Нежесткие Детерминированные Решатели и Жесткие Детерминированные Решатели. Функции решателя реализуют методы численного интегрирования для решения задач с начальными значениями для обыкновенных дифференциальных уравнений (ОДУ). Начиная в начальное время с начальных условий, они продвигаются через временной интервал, вычисляя решение на каждом временном шаге. Если решение какое-то время продвигается, удовлетворяет ошибочным критериям допуска решателя, это - успешный шаг. В противном случае это - неудачная попытка; решатель уменьшает размер шага и попробовал еще раз. Для получения дополнительной информации смотрите Решатели ОДУ.
Решатели СОЛНЕЧНЫХ ЧАСОВ — На основном уровне основные алгоритмы для решателей SUNDIALS похожи на тех для некоторых решателей в пакете ODE MATLAB® и работают аналогичные описанному выше в Решателях ОДУ. SimBiology всегда использует решатель SUNDIALS, чтобы выполнить анализ чувствительности модели, независимо от того, что вы выбрали как SolverType. Для получения дополнительной информации смотрите Решатели SUNDIALS.
Стохастические Решатели — Использование с моделями, содержащими небольшое количество молекул. Стохастические решатели включают стохастический алгоритм симуляции, явный tau-прыгающий алгоритм и неявный tau-прыгающий алгоритм. Для получения дополнительной информации смотрите Стохастические Решатели.