Exponenta Banner
exponenta event banner

Определение матрицы стехиометрии для модели

Что такое матрица стехиометрии?

stoichiometry matrix позволяет вам легко определить:

  • Реагенты и продукты в определенной реакции в модели, включая стехиометрическое значение реагентов и продуктов

  • Реакции, что определенная разновидность является частью, и является ли разновидность реагентом или продуктом в той реакции

Матрицей стехиометрии является M-by-R матрица, где M равняется общему количеству разновидностей в модели, и R равняется общему количеству реакций в модели. Каждая строка соответствует разновидности, и каждый столбец соответствует реакции.

Матрица указывает, какие разновидности и реакции включены как реагенты и продукты:

  • Реагенты представлены в матрице с их стехиометрическим значением в соответствующем местоположении (строка разновидностей, столбец реакции). Реагенты появляются как отрицательные величины.

  • Продукты представлены в матрице с их стехиометрическим значением в соответствующем местоположении (строка разновидностей, столбец реакции). Продукты появляются как положительные значения.

  • Все другие местоположения в матрице содержат 0.

Например, рассмотрите model object содержа две реакции. Одна реакция (названный R1) равно 2 A + B -> 3 C, и другая реакция (названный R2) равно B + 3 D -> 4 A. Матрица стехиометрии:

      R1   R2
A     -2    4
B     -1   -1
C      3    0
D      0   -3

Получение матрицы стехиометрии для модели

Получите матрицу стехиометрии для модели путем передачи model object как входной параметр к getstoichmatrix метод.

  1. Читайте в m1, объект модели, с помощью sbmlimport:

    m1 = sbmlimport('lotka.xml');

  2. Получите матрицу стехиометрии для m1:

    [M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)

M =

   (2,1)        1
   (2,2)       -1
   (3,2)        1
   (3,3)       -1
   (4,3)        1


objSpecies = 

    'x'
    'y1'
    'y2'
    'z'


objReactions = 

    'Reaction1'
    'Reaction2'
    'Reaction3'

  3. Преобразуйте матрицу стехиометрии от разреженной матрицы до a full матрица, чтобы более легко видеть отношения между разновидностями и реакциями:

    M_full = full(M)
    M_full =

     0     0     0
     1    -1     0
     0     1    -1
     0     0     1

Документация SimBiology

Поддержка