Составьте таблицу результатов четырехразрядного байта зонда SNP для набора зонда Affymetrix
SNPQStruct
=
affysnpquartets(CELStruct
, CDFStruct
, PS
)
CELStruct | Структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix® CEL, который содержит информацию о значениях интенсивности отдельных зондов. |
CDFStruct | Структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. Файл библиотеки CDF содержит информацию, о которой принадлежат зонды, на который зонд установил. |
PS | Тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора. |
SNPQStruct | Структура, содержащая тестовый четырехразрядный байт, происходит для определенного набора зонда SNP от данных в файле CEL и сопоставленном файле библиотеки CDF. |
создает SNPQStruct
=
affysnpquartets(CELStruct
, CDFStruct
, PS
)SNPQStruct
, структура, содержащая тестовый четырехразрядный байт, заканчивается для определенного набора зонда SNP, заданного PS
, из данных тестового уровня в файле CEL и сопоставленном файле библиотеки CDF. CELStruct
структура, созданная affyread
функция из файла Affymetrix CEL. PS
тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора от CDFStruct
, структура, созданная affyread
функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. SNPQStruct
структура, содержащая следующие поля.
Поле | Описание |
---|---|
'ProbeSet' | Идентификатор для тестового набора. |
'AlleleA' | Вектор символов, задающий основу, которая является аллелью для тестового набора. |
'AlleleB' | Вектор символов, задающий основу, которая является аллелью B для тестового набора. |
'Quartet' | Массив структур, содержащий значения интенсивности для PM (идеальная пара) и MM (несоответствие), зондирует пары, включая смысл и зонды антисмысла для аллелей A и B. Каждая структура в массиве соответствует тестовой паре в тестовом наборе. |
Следующий пример использует NA06985_Hind_B5_3005533.CEL
файл. Можно загрузить это и другие демонстрационные файлы CEL от:
NA06985_Hind_B5_3005533.CEL
файл включен в 100K_trios.hind.1.zip
файл.
Следующий пример использует файл библиотеки CDF для Отображения 50K Задние 240 массивов, с которых можно загрузить:
Следующий пример принимает что NA06985_Hind_B5_3005533.CEL
файл хранится на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. Это также принимает что связанный файл библиотеки CDF, Mapping50K_Hind240.cdf
, хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\
.
Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('NA06985_Hind_B5_3005533.CEL');
Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Mapping50K_Hind240.cdf');
Создайте структуру, содержащую результаты четырехразрядного байта зонда SNP для SNP_A-1684395
тестовый набор.
SNPQStruct = affysnpquartets(celStruct,cdfStruct,'SNP_A-1684395') SNPQStruct = ProbeSet: 'SNP_A-1684395' AlleleA: 'A' AlleleB: 'G' Quartet: [1x5 struct]
Просмотрите значения интенсивности первой тестовой пары в тестовом наборе.
SNPQStruct.Quartet(1) ans = A_Sense_PM: 5013 B_Sense_PM: 1290 A_Sense_MM: 1485 B_Sense_MM: 686 A_Antisense_PM: 3746 B_Antisense_PM: 1406 A_Antisense_MM: 1527 B_Antisense_MM: 958