Предварительная обработка
Подготовьте необработанные данные микромассивов к анализу с помощью фоновой корректировки, нормализации и фильтрации выражения; обширная предварительная обработка Affymetrix® и данных Illumina®. Получите тестовые аннотации из файлов библиотеки
Функции
affyrma | Выполните процедуру Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA) на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов |
affygcrma | Выполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) процедура на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов |
affyinvarsetnorm | Выполните нормализацию набора инварианта ранга на тестовой интенсивности от нескольких Affymetrix CEL или Dat-файлы |
affyprobeaffinities | Вычислите сродство зонда Affymetrix из их последовательностей и интенсивности зонда MM |
affysnpintensitysplit | Разделите информацию об интенсивности зонда SNP Affymetrix для аллелей A и B |
affysnpquartets | Составьте таблицу результатов четырехразрядного байта зонда SNP для набора зонда Affymetrix |
probesetvalues | Составьте таблицу зонда Affymetrix установленные значения интенсивности |
probesetlookup | Ищите информацию для набора зонда Affymetrix |
probesetplot | Постройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности |
probesetlink | Отобразите тестовую информацию о наборе на веб-сайте NetAffx |
probelibraryinfo | Составьте таблицу тестовой информации о библиотеке набора |
rmabackadj | Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA) |
rmasummary | Вычислите значения экспрессии гена из данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA) |
gcrma | Выполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка, нормализация квантиля и резюмирование средней полировки на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов |
gcrmabackadj | Выполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью информации о последовательности |
zonebackadj | Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью зонального метода |
manorm | Нормируйте микроданные массива |
quantilenorm | Нормализация квантиля по нескольким массивам |
mainvarsetnorm | Выполните нормализацию набора инварианта ранга на значениях экспрессии гена от двух экспериментальных условий или фенотипов |
malowess | Сглаженное использование микроданных массива метод Lowess |
exprprofrange | Вычислите область значений профилей экспрессии гена |
exprprofvar | Вычислите отклонение профилей экспрессии гена |
geneentropyfilter | Удалите гены с низкими энтропийными значениями выражения |
genelowvalfilter | Удалите генные профили с низкими абсолютными значениями |
generangefilter | Удалите генные профили с маленькими областями значений профиля |
genevarfilter | Отфильтруйте гены с небольшим отклонением профиля |
maimage | Пространственное изображение для микроданных массива |
microplateplot | Отобразите визуализацию пластины микротитра |
ilmnbslookup | Ищите цель Illumina BeadStudio (тестовая) последовательность и информация об аннотации |
magetfield | Извлеките данные из микроструктуры массива |
