Возвратите информацию о файле BAM
InfoStruct = baminfo(File)
InfoStruct = baminfo(File,Name,Value)
возвращает структуру MATLAB®, содержащую итоговую информацию об отформатированном BAM файле.InfoStruct
= baminfo(File
)
возвращает структуру MATLAB с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими InfoStruct
= baminfo(File
,Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла отформатированного BAM файла. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке. |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Логический, который управляет сканированием отформатированного BAM файла, чтобы определить ссылочные имена и количество чтений, выровненных к каждой ссылке. Если По умолчанию: false |
|
Логический, который управляет сканированием отформатированного BAM файла, чтобы определить количество записей выравнивания в файле. Если По умолчанию: false |
|
Структура MATLAB, содержащая итоговую информацию об отформатированном BAM файле. Структура содержит эти поля.
* — ** — Эти структуры и их поля появляются в структуре output, только если они находятся в файле BAM. Информация в этих структурах зависит от информации в файле BAM. |
Использование baminfo исследовать размер и содержимое отформатированного BAM файла, включая ссылочные имена последовательности, перед использованием bamread функционируйте, чтобы считать содержимое файла в структуру MATLAB. |