Считайте данные из файла BAM
BAMStruct = bamread(File,RefSeq,Range)
[BAMStruct,HeaderStruct]
= bamread(File,RefSeq,Range)
... = bamread(File,RefSeq,Range,Name,Value)
читает записи выравнивания в BAMStruct
= bamread(File
,RefSeq
,Range
)File
, отформатированный BAM файл, которые выравниваются к RefSeq
, ссылочная последовательность, в области значений задана Range
. Это возвращает данные о выравнивании в BAMStruct
, массив MATLAB® структур.
[
также возвращает информацию о заголовке в BAMStruct
,HeaderStruct
]
= bamread(File
,RefSeq
,Range
)HeaderStruct
, структура MATLAB.
читает записи выравнивания с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими ...
= bamread(File
,RefSeq
,Range
,Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла отформатированного BAM файла. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке. Примечание Функция требует, чтобы файл BAM был упорядочен, кроме тех случаев, когда возврат читает, которые не сопоставлены ни с какой ссылкой. |
|
Любое из следующего:
|
|
Двухэлементный вектор, задающий начинание и позиции области значений конца по ссылочной последовательности, |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Управляет возвратом только записей выравнивания, которые полностью содержатся в диапазоне По умолчанию: false |
|
Управляет чтением дополнительных тегов в дополнение к первым 11 полям для каждого выравнивания в отформатированном BAM файле. Выбором является Значение по умолчанию: |
|
Вектор символов или строка, задающая несуществующее имя файла или путь и имя файла для сохранения выравнивания, записывают в заданной области определенной ссылочной последовательности. SAM-отформатированный файл всегда на основе один, даже если вы устанавливаете |
|
Логическое определение, ли Этот аргумент пары "имя-значение" влияет Внимание Если вы планируете использовать По умолчанию: false |
|
N-by-1 массив структур, содержащих выравнивание последовательности и сопоставляющих информацию из отформатированного BAM файла, где N является количеством записей выравнивания, сохраненных в заданной области. Каждая структура содержит следующие поля.
| ||||||||||||||||||||||||||
|
Структура MATLAB, содержащая информацию о заголовке для отформатированного BAM файла в следующих полях.
* Эти структуры и их поля появляются в структуре output, только если они присутствуют в файле BAM. Информация в этих структурах зависит от информации, существующей в файле BAM. |
bamread
функция требует файла BAM.
Используйте baminfo
функция, чтобы исследовать размер и содержимое, включая ссылочные имена последовательности, отформатированного BAM файла перед использованием bamread
функционируйте, чтобы считать содержимое файла в массив MATLAB структур.
Если ваш отформатированный BAM файл является слишком большим, чтобы считать использующую доступную память, попробуйте любое из следующего:
Используйте меньшую область значений.
Использование bamread
не задавая выходные параметры, но с помощью ToFile
Name,Value
парные аргументы, чтобы создать SAM-отформатированный файл. Можно затем использовать samread
с BlockRead
Name,Value
парные аргументы, чтобы считать SAM-отформатированный файл. Или можно передать SAM-отформатированный файл BioIndexedFile
функция конструктора, чтобы создать BioIndexedFile
объект, который можно использовать, чтобы создать BioMap
объект.
Используйте BAMStruct
выходной аргумент это bamread
возвращается, чтобы создать BioMap
объект, который позволяет вам исследовать, получает доступ, фильтрует и управляет всеми или подмножеством данных, прежде, чем сделать последующие исследования или просмотреть данные.
[1] Литий, H., Handsaker, B., Wysoker, A., Fennell, T., Жуань, J., Гомер, N., Marth, G., Goncalo, A. и Durbin, R. (2009). Sequence Alignment / формат Карты и SAMtools. Биоинформатика 25, 16, 2078–2079.
bamindexread
| baminfo
| BioIndexedFile
| BioMap
| fastainfo
| fastaread
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| saminfo
| samread
| sffinfo
| sffread
| soapread