filterByFlag

Класс: BioMap

Отфильтруйте чтения последовательности флагом SAM

Синтаксис

Indices = filterByFlag(BioObj, FlagName, FlagValue)
Indices = filterByFlag(BioObj, Subset, FlagName, FlagValue)
Indices = filterByFlag(..., FlagName1, FlagValue1, FlagName2, FlagValue2, ...)

Описание

Indices = filterByFlag(BioObj, FlagName, FlagValue) возвращает Indices, вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения в BioObjA BioMap объект, с FlagName установите на FlagValue.

Indices = filterByFlag(BioObj, Subset, FlagName, FlagValue) возвращает Indices, вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения, которые соответствуют заданным критериям от подмножества записей в a BioMap объект.

Indices = filterByFlag(..., FlagName1, FlagValue1, FlagName2, FlagValue2, ...) применяется несколько отмечают, просачивается отдельный оператор.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Любое из следующих, чтобы задать подмножество элементов в BioObj:

  • Вектор из положительных целых чисел

  • Логический вектор

FlagName

Вектор символов или строка, задающая один из следующих флагов, чтобы отфильтровать:

  • 'pairedInSeq' — Чтение соединяется в секвенировании, независимо если это сопоставлено как пара.

  • 'pairedInMap' — Чтение сопоставлено в соответствующей паре.

  • 'unmappedQuery' — Чтение не сопоставлено.

  • 'unmappedMate' — Помощник не сопоставлен.

  • 'strandQuery' — Скрутите направление чтения (0 = вперед, 1 = реверс).

  • 'strandMate' — Скрутите направление помощника (0 = вперед, 1 = реверс).

  • 'readIsFirst' — Чтение является первым в паре.

  • 'readIsSecond' — Чтение является вторым в паре.

  • 'alnNotPrimary' — Выравнивание чтения не первично.

  • 'failedQualCheck' — Чтение приводит к сбою проверки качества поставщика или платформа.

  • 'duplicate' — Чтение является PCR или оптической копией.

FlagValue

Логическое значение, указывающее на состояние флага. 0 указывает на false или передайте, и 1 указывает на true или реверс.

Выходные аргументы

Indices

Вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения в BioObj с FlagName установите на FlagValue.

Примеры

Создайте a BioMap объект, и затем определяет последовательности чтения, которые и сопоставлены в соответствующей паре и сначала в паре:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Filter the elements using 'pairedInMap' and 'readIsFirst' flags 
Indices = filterByFlag(BMObj1, 'pairedInMap', true,...
                       'readIsFirst', true);
% Return the headers of the filtered elements
filtered_Headers = BMObj1.Header(Indices);
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте