Класс: BioMap
Отфильтруйте чтения последовательности флагом SAM
Indices
= filterByFlag(BioObj
, FlagName
, FlagValue
)
Indices
= filterByFlag(BioObj
, Subset
, FlagName
, FlagValue
)
Indices
= filterByFlag(..., FlagName1
, FlagValue1
, FlagName2
, FlagValue2
,
...)
возвращает Indices
= filterByFlag(BioObj
, FlagName
, FlagValue
)Indices
, вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения в BioObj
A BioMap
объект, с FlagName
установите на FlagValue
.
возвращает Indices
= filterByFlag(BioObj
, Subset
, FlagName
, FlagValue
)Indices
, вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения, которые соответствуют заданным критериям от подмножества записей в a BioMap
объект.
применяется несколько отмечают, просачивается отдельный оператор. Indices
= filterByFlag(..., FlagName1
, FlagValue1
, FlagName2
, FlagValue2
,
...)
|
Объект |
|
Любое из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
|
|
Вектор символов или строка, задающая один из следующих флагов, чтобы отфильтровать:
|
|
Логическое значение, указывающее на состояние флага. |
|
Вектор из логических индексов, указывая на последовательности чтения в |
Создайте a BioMap
объект, и затем определяет последовательности чтения, которые и сопоставлены в соответствующей паре и сначала в паре:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Filter the elements using 'pairedInMap' and 'readIsFirst' flags Indices = filterByFlag(BMObj1, 'pairedInMap', true,... 'readIsFirst', true); % Return the headers of the filtered elements filtered_Headers = BMObj1.Header(Indices);