BioMap class

Суперклассы: BioRead

Конструкция

BioMapobj = BioMap построения BioMapobj, который является пустым BioMap объект.

BioMapobj = BioMap(File) построения BioMapobjA BioMap объект, от File, SAM-или отформатированный BAM файл, чтения которого упорядочены положением запуска в ссылочной последовательности. Данные остаются в исходном файле, и BioMap доступы к объекту это с помощью одного или двух вспомогательных индексных файлов. Для SAM-отформатированного файла MATLAB^® использует или создает один индексный файл, который должен иметь то же имя как исходный файл, но с .idx расширение. Для отформатированного BAM файла MATLAB использует или создает два индексных файла, которые должны иметь то же имя как исходный файл, но с *.bai и *.linearindex расширения. Если индексные файлы не найдены в той же папке как исходный файл, BioMap функция конструктора создает индексные файлы в той папке.

Когда вы передаете в неупорядоченном отформатированном BAM файле, конструктор автоматически заказывает файл и пишет данные в упорядоченный файл с помощью того же базового имени и расширения с добавленным вектором символов “.ordered” перед расширением. Новый файл индексируется и используется, чтобы инстанцировать нового BioMap объект.

BioMapobj = BioMap(Struct) построения BioMapobjA BioMap объект, от Struct, структура MATLAB, содержащая последовательность и информацию о выравнивании, такой, как возвращено samread или bamread функция. Данные из Struct остается в памяти, которая позволяет вам изменить BioMapobj свойства.

BioMapobj = BioMap(___,'Name',Value) создает BioMap объект с помощью любого из предыдущих входных параметров и дополнительных опций в виде аргументов пары "имя-значение" можно следующим образом.

BioMapobj = BioMap(___,'SelectReference',SelectRefValue) выбирает одну или несколько ссылок, когда исходные данные содержат последовательности, сопоставленные больше чем с одной ссылкой. По умолчанию конструктор включает все ссылки в словаре заголовка исходного файла. Когда словарь заголовка не доступен, значения по умолчанию конструктора к включению всех ссылочных имен, найденных в исходных данных. SelectRefValue вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. При помощи этой опции можно предотвратить BioMap конструктор от создания вспомогательных индексных файлов для ссылок, которые вы не будете использовать в своем анализе. Если какие-либо чтения, сопоставленные с выбранными ссылками, соединяются и BioMapobj записан в файл, ссылочные последовательности помощников также включены в заголовок файла.

BioMapobj = BioMap(File,'InMemory',InMemoryValue) задает, поместить ли данные в память или оставить данные в исходном файле. Отъезд данных в исходном файле и доступ через индексный файл используют память более эффективно, но не позволяют вам изменить свойства BioMapobj. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Если первый входной параметр не является именем файла, то этот аргумент пары "имя-значение" проигнорирован, и данные автоматически помещаются в память.

BioMapobj = BioMap(___,'IndexDir',IndexDirValue) задает путь к папке где индексные файлы (*.idx, *.bai, или *.linearindex) или существуйте, или будет создан.

BioMapobj = BioMap(___,'Sequence',SequenceValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от SequenceValue это содержит, он обозначает буквами представления последовательностей нуклеотида. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'Header',HeaderValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от HeaderValue это содержит текст заголовка для последовательностей нуклеотида. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'Quality',QualityValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от QualityValue это содержит представление ASCII качественной музыки на основу к последовательностям нуклеотида. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'Reference',ReferenceValue) построения BioMapobjA BioMap объект и наборы Reference свойство к ReferenceValue это содержит имена ссылочных последовательностей. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'Signature',SignatureValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от SignatureValue это содержит информацию, описывающую выравнивание каждой последовательности чтения со ссылочной последовательностью. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'Start',StartValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от StartValue, вектор из положительных целых чисел, задающих положение в ссылочной последовательности, где выравнивание каждой последовательности чтения запускается. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'Flag',FlagValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от FlagValue, вектор из положительных целых чисел, указывающих на поразрядную информацию для состояния 11 флагов, задан спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты секвенирования и выравнивания последовательностей чтения. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'MappingQuality',MappingQualityValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от MappingQualityValue, вектор из положительных целых чисел, задающих качество отображения для каждой последовательности чтения. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BioMapobj = BioMap(___,'MatePosition',MatePositionValue) построения BioMapobjA BioMap объект, от MatePositionValue, вектор из неотрицательных целых чисел, задающих положение помощника для каждой последовательности чтения. Эта пара "имя-значение" работает, только если данные считаны в память.

BMObj1 = BioMap('ex1.sam', 'Name', 'MyObject')

BMObj1 = 
  BioMap with properties:

    SequenceDictionary: 'seq1'
             Reference: [1501x1 File indexed property]
             Signature: [1501x1 File indexed property]
                 Start: [1501x1 File indexed property]
        MappingQuality: [1501x1 File indexed property]
                  Flag: [1501x1 File indexed property]
          MatePosition: [1501x1 File indexed property]
               Quality: [1501x1 File indexed property]
              Sequence: [1501x1 File indexed property]
                Header: [1501x1 File indexed property]
                 NSeqs: 1501
                  Name: 'MyObject'

SAMStruct = samread('ex1.sam');

BMObj2 = BioMap(SAMStruct)

BMObj2 = 
  BioMap with properties:

    SequenceDictionary: {'seq1'}
             Reference: {1501x1 cell}
             Signature: {1501x1 cell}
                 Start: [1501x1 uint32]
        MappingQuality: [1501x1 uint8]
                  Flag: [1501x1 uint16]
          MatePosition: [1501x1 uint32]
               Quality: {1501x1 cell}
              Sequence: {1501x1 cell}
                Header: {1501x1 cell}
                 NSeqs: 1501
                  Name: ''