setReference

Класс: BioMap

Определите имя ссылочной последовательности для BioMap объект

расширьте все на странице

Синтаксис

newObj = setReference(Obj,RefSeqName)
newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices)

Описание

newObj = setReference(Obj,RefSeqName) возвращает новый BioMap объект newObj, созданный из существующего объекта Obj, с Reference набор свойств к RefSeqName, вектор символов или строка, задающая имя ссылочной последовательности.

newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices) устанавливает Reference свойство элементов индексируется Indices к RefSeqName.

Входные параметры

развернуть все

Объект Биокласса сопоставления в виде BioMap объект.

Имя ссылочной последовательности в виде вектора символов, строки, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов.

Индексы к элементам входного объекта в виде положительного целого числа, вектора из положительных целых чисел, логического массива, вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов. Для векторов символов или строк, они должны соответствовать допустимому Header значения входного объекта Obj.

Выходные аргументы

развернуть все

Объект Биокласса сопоставления, возвращенного как BioMap объект.

Примеры

развернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте объект BioMap из файла SAM. Установите 'InMemory' к истине, чтобы позволить изменять свойства объектов.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверяйте ссылочную последовательность 5-й последовательности чтения.

bm.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq1'}

Измените ссылочную последовательность в другой в словаре последовательности.

bm2 = setReference(bm,{'seq2'},5);
bm2.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq2'}

Смотрите также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте