BWAIndexOptions

Опция установлена для bwaindex

расширьте все на странице

Описание

BWAIndexOptions объект содержит опции для bwaindex функция, которая создает индексы из ссылочной последовательности [1][2].

Создание

Синтаксис

bwaindexOpt = BWAIndexOptions
bwaindexOpt = BWAIndexOptions(Name,Value)
bwaindexOpt = BWAIndexOptions(S)

Описание

пример

bwaindexOpt = BWAIndexOptions создает BWAIndexOptions объект со значениями свойств по умолчанию.

BWAIndexOptions требует Пакета Поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

BWAIndexOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

bwaindexOpt = BWAIndexOptions(Name,Value) устанавливает свойства объектов с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, bwaindexOpt = BWAIndexOptions('Prefix','dmel_chr4') задает префикс для индексных файлов.

bwaindexOpt = BWAIndexOptions(S) задает дополнительные параметры с помощью строки или вектора символов S.

Входные параметры

развернуть все

bwa index опции в виде вектора символов или строки. S должен быть в bwa index нативный синтаксис (снабженный префиксом тире).

Пример: '-a bwtsw -b 5000000'

Свойства

развернуть все

Алгоритм, чтобы создать BWT (Норы-Wheeler преобразовывают), индекс в виде вектора символов или строки. Опции:

  • 'is' — Линейно-разовый алгоритм. Требования к памяти для использования этой опции являются 5.37 раз размером базы данных. Вы не можете использовать эту опцию, если ваша база данных больше, чем 2 Гбайт.

  • 'bwtsw' — Алгоритм BWT-SW.

Алгоритм по умолчанию выбран автоматически на основе размера ссылочного генома.

Типы данных: char | string

Количество базисов обрабатывается на пакет в bwtsw алгоритм в виде положительной скалярной величины.

Типы данных: double

Дополнительные команды в виде вектора символов или строки.

Команды должны быть в нативном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB®.

Когда программное обеспечение преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, оно хранит любые нераспознанные флаги в этом свойстве.

Пример 6

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы включать все доступные параметры с соответствующими значениями по умолчанию во время преобразования в исходный синтаксис опций в виде true или false.

Исходный (нативный) синтаксис снабжается префиксом одним или двумя тире. По умолчанию функция преобразует только заданные опции. Если значением является true, программное обеспечение преобразует все доступные параметры, со значениями по умолчанию для незаданных опций, к исходному синтаксису.

Примечание

Если вы устанавливаете IncludeAll к true, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaNInf, [], '', или "", затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Типы данных: логический

Префикс для выходных индексных файлов в виде вектора символов или строки. Можно задать только префикс или путь к файлу и префикс. Значение по умолчанию совпадает с именем файла входа FASTA.

Пример: 'D:/ngs/GRCh38_p12'

Типы данных: char | string

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия исходного bwa программное обеспечение, возвращенное как строка.

Пример: "0.7.17"

Типы данных: string

Функции объекта

getCommandПереведите свойства объектов в исходный синтаксис опций
getOptionsTableВозвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Этот пример требует Пакета Поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, программное обеспечение обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Этот пример использует ссылочную последовательность Dmel_chr4.fa, предоставленный тулбокс. 'Prefix' аргумент позволяет вам задать префикс выходных индексных файлов. Можно также включать информацию о пути к файлу. В данном примере задайте префикс как Dmel_chr4 и сохраните индексные файлы в текущем каталоге.

bwaindex('Dmel_chr4.fa','Prefix','./Dmel_chr4');

Как альтернатива определению аргументов пары "имя-значение", можно использовать BWAIndexOptions объект задать опции индексации.

indexOpt = BWAIndexOptions;
indexOpt.Prefix = './Dmel_chr4';
indexOpt.Algorithm = 'bwtsw';
bwaindex('Dmel_chr4.fa',indexOpt);

Если индексные файлы готовы, сопоставляют последовательности чтения со ссылкой с помощью bwamem. Два парных конца читали, входным файлам уже предоставляют тулбокс. Используя аргументы пары "имя-значение", можно задать различные опции выравнивания, такие как количество параллельных потоков, чтобы использовать.

bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam','NumThreads',4);

В качестве альтернативы можно использовать BWAMEMoptions задавать опции выравнивания.

alignOpt = BWAMEMOptions;
alignOpt.NumThreads = 4;
bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam',alignOpt)

Ссылки

[1] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Короткое Выравнивание Чтения с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754–60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.

[2] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Долго считанное Выравнивание с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589–95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.

Смотрите также

Темы

Введенный в R2020b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте