Нормируйте уровни экспрессии расшифровки стенограммы
cuffnorm(
нормирует выражение расшифровки стенограммы к FPKM для выборок в transcriptsAnnot
,alignmentFiles
)alignmentFiles
и корректирует для различий в размере библиотеки [1].
cuffnorm
требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
cuffnorm
поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
cuffnorm(
дополнительные опции использования заданы transcriptsAnnot
,alignmentFiles
,opt
)opt
.
cuffnorm(
дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, transcriptsAnnot
,alignmentFiles
,Name,Value
)cuffnorm('gyrAB.gtf',["Myco_1_1.sam", "Myco_2_1.sam"],'NumThreads',5)
задает, чтобы использовать пять параллельных потоков.
Создайте CufflinksOptions
объект задать опции запонок, такие как количество параллельных потоков и выходной директории, чтобы сохранить результаты.
cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";
Файлы SAM предусмотрели этот пример, содержат выровненные чтения для Микоплазмы pneumoniae от двух выборок с три, реплицирует каждого. Чтения симулированы 100bp-чтения для двух генов (gyrA
и gyrB
) расположенный друг рядом с другом на геноме. Все чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется по cufflinks
.
sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",... "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];
Соберите транскриптом от выровненных чтений.
[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);
gtfs
список файлов GTF, которые содержат собранные изоформы.
Сравните собранное использование изоформ cuffcompare
.
stats = cuffcompare(gtfs);
Объедините собранное использование расшифровок стенограммы cuffmerge
.
mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');
mergedGTF
отчеты только одна расшифровка стенограммы. Это вызвано тем, что два гена интереса расположены друг рядом с другом, и cuffmerge
не может отличить два отличных гена. Вести cuffmerge
, используйте ссылочный GTF (gyrAB.gtf
) содержа информацию об этих двух генах. Если файл не расположен в той же директории, которую вы запускаете cuffmerge
от, необходимо также задать путь к файлу.
gyrAB = which('gyrAB.gtf'); mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',... 'ReferenceGTF',gyrAB);
Вычислите распространенности (уровни экспрессии) от выровненных чтений для каждой выборки.
abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput1'); abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');
Оцените значение изменений в выражении для генов и расшифровок стенограммы между условиями путем выполнения использования тестирования дифференциала cuffdiff
. cuffdiff
функция действует на двух отличных шагах: функция сначала оценивает распространенности от выровненных чтений, и затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределяя вычисляющий загрузку через несколько рабочих), выполнение двух шагов отдельно желательно. После выполнения первого шага с cuffquant
, можно затем использовать бинарный выходной файл CXB в качестве входа к cuffdiff
выполнять статистический анализ. Поскольку cuffdiff
возвращает несколько файлов, укажите, что выходная директория рекомендуется.
isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],... 'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');
Отобразите таблицу, содержащую дифференциальные результаты испытаний выражения для этих двух генов gyrB
и gyrA
.
readtable(isoformDiff,'FileType','text')
ans = 2×14 table test_id gene_id gene locus sample_1 sample_2 status value_1 value_2 log2_fold_change_ test_stat p_value q_value significant ________________ _____________ ______ _______________________ ________ ________ ______ __________ __________ _________________ _________ _______ _______ ___________ 'TCONS_00000001' 'XLOC_000001' 'gyrB' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 1.0913e+05 4.2228e+05 1.9522 7.8886 5e-05 5e-05 'yes' 'TCONS_00000002' 'XLOC_000001' 'gyrA' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 3.5158e+05 1.1546e+05 -1.6064 -7.3811 5e-05 5e-05 'yes'
Можно использовать cuffnorm
сгенерировать нормированные таблицы выражения для последующих анализов. cuffnorm
результаты полезны, когда у вас есть много выборок, и вы хотите кластеризировать их или уровни экспрессии графика для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание на то, что вы не можете выполнить дифференциальное аналитическое использование выражения cuffnorm
.
Задайте массив ячеек, где каждым элементом является вектор строки, содержащий имена файлов для одной выборки с, реплицирует.
alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],... ["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]} isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,... 'OutputDirectory', './cuffnormOutput');
Отобразите таблицу, содержащую нормированные уровни экспрессии для каждой расшифровки стенограммы.
readtable(isoformNorm,'FileType','text')
ans = 2×7 table tracking_id q1_0 q1_2 q1_1 q2_1 q2_0 q2_2 ________________ __________ __________ __________ __________ __________ __________ 'TCONS_00000001' 1.0913e+05 78628 1.2132e+05 4.3639e+05 4.2228e+05 4.2814e+05 'TCONS_00000002' 3.5158e+05 3.7458e+05 3.4238e+05 1.0483e+05 1.1546e+05 1.1105e+05
Имена столбцов начиная с q имеют формат: conditionX_N, указывая, что столбец содержит значения для, реплицируют N conditionX.
transcriptsAnnot
— Имя файла аннотации расшифровки стенограммыИмя файла аннотации расшифровки стенограммы в виде строки или вектора символов. Файл может быть GTF или файлом GFF, произведенным cufflinks
, cuffcompare
, или другой источник аннотаций GTF.
Пример: "gyrAB.gtf"
Типы данных: char |
string
alignmentFiles
— Имена СЭМА, BAM или файлов CXBИмена СЭМА, BAM или файлов CXB, содержащих выравнивание, записывают для каждой выборки в виде векторного массива строки или массива ячеек. Если вы используете массив ячеек, каждым элементом должен быть вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, задающий файлы выравнивания для каждого реплицируют той же выборки.
Пример: ["Myco_1_1.sam", "Myco_2_1.sam"]
Типы данных: char |
string
| cell
opt
— cuffnorm
опцииCuffNormOptions
возразите | строка | вектор символовcuffnorm
опции в виде CuffNormOptions
объект, строка или вектор символов. Строка или вектор символов должны быть в оригинале cuffnorm
синтаксис опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
cuffnorm('gyrAB.gtf',["Myco_1_1.sam", "Myco_2_1.sam"],'NumThreads',5)
'ExtraCommand'
— Дополнительные команды""
(значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовКоманды должны быть в нативном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB®.
Пример: 'ExtraCommand','--library-type fr-secondstrand'
Типы данных: char |
string
'IncludeAll'
— Отметьте, чтобы применить все доступные параметрыfalse
(значение по умолчанию) | true
Исходный (нативный) синтаксис снабжается префиксом одним или двумя тире. По умолчанию функция преобразует только заданные опции. Если значением является true
, программное обеспечение преобразует все доступные параметры, со значениями по умолчанию для незаданных опций, к исходному синтаксису.
Примечание
Если вы устанавливаете IncludeAll
к true
, программное обеспечение переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств. Единственное исключение - это, когда значением по умолчанию свойства является NaN
Inf
, []
, ''
, или ""
, затем программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.
Пример: 'IncludeAll',true
Типы данных: логический
'Labels'
— Метки для выборок[]
(значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов | вектор строки | массив ячеек из символьных векторовМетки для выборок в виде строки, вектора символов, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов. Если вы обеспечиваете метки, необходимо задать то же количество меток как входные выборки.
Пример:
'Labels',["mutant1","mutant2"]
Типы данных: char |
string
| cell
'LibraryNormalizationMethod'
— Метод, чтобы нормировать размер библиотеки"geometric"
(значение по умолчанию) | "classic-fpkm"
| "quartile"
Метод, чтобы нормировать размер библиотеки в виде одной из следующих опций:
"geometric"
— Функция масштабирует значения FPKM средним геометрическим средним значением количеств фрагмента через все библиотеки как описано в [2].
"classic-fpkm"
— Функция не применяет масштабирования к значениям FPKM или количествам фрагмента.
"quartile"
— Функция масштабирует значения FPKM отношением верхних квартилей между количествами фрагмента и средним значением через все библиотеки.
Пример:
'LibraryNormalizationMethod',"classic-fpkm"
Типы данных: char |
string
'NormalizeCompatibleHits'
— Отметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKMtrue
(значение по умолчанию) | false
Отметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKM в виде true
или false
.
Пример: 'NormalizeCompatibleHits',false
Типы данных: логический
'NormalizeTotalHits'
— Отметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKMfalse
(значение по умолчанию) | true
Отметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKM в виде true
или false
. Если значением является true
, функция включает все фрагменты, включая фрагменты без совместимой ссылки.
Пример: 'NormalizeTotalHits',true
Типы данных: логический
'NumThreads'
— Количество параллельных потоков, чтобы использовать
(значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество параллельных потоков, чтобы использовать в виде положительного целого числа. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обычно значительно улучшает время выполнения, но увеличивает объем потребляемой памяти.
Пример: 'NumThreads',4
Типы данных: double
'OutputDirectory'
— Директория, чтобы сохранить результаты анализаcurrentDirectory
) (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовДиректория, чтобы сохранить результаты анализа в виде строки или вектора символов.
Пример: 'OutputDirectory',"./AnalysisResults/"
Типы данных: char |
string
'OutputFormat'
— Формат для файлов результата"simple-table"
(значение по умолчанию) | "cuffdiff"
Формат для файлов результата в виде "simple-table"
или "cuffdiff"
.
"simple-table"
— Выход находится в разграниченном вкладкой формате таблицы.
"cuffdiff"
— Выход находится в той же форме, используемой cuffdiff
.
Пример:
'OutputFormat',"cuffdiff"
Типы данных: char |
string
'Seed'
— Отберите для генератора случайных чисел
(значение по умолчанию) | неотрицательное целое числоОтберите для генератора случайных чисел в виде неотрицательного целого числа. Устанавливание значения seed гарантирует воспроизводимость результатов анализа.
Пример: 'Seed',10
Типы данных: double
isoform
— Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для изоформы"./isoforms.fpkm_table"
Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для каждой изоформы, возвращенной как строка.
Выводимая строка также включает информацию о директории, заданную OutputDirectory
. Значением по умолчанию является текущий каталог. Если вы устанавливаете OutputDirectory
к "/local/tmp/"
, выход становится "/local/tmp/isoforms.fpkm_table"
.
gene
— Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для гена"./genes.fpkm_table"
Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для каждого гена, возвращенного как строка.
Выводимая строка также включает информацию о директории, заданную OutputDirectory
. Значением по умолчанию является текущий каталог. Если вы устанавливаете OutputDirectory
к "/local/tmp/"
, выход становится "/local/tmp/genes.fpkm_table"
.
tss
— Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для расшифровки стенограммы, создает сайт"./tss_groups.fpkm_table"
Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для каждой расшифровки стенограммы создает сайт (TSS), возвращенной как строка.
Выводимая строка также включает информацию о директории, заданную OutputDirectory
. Значением по умолчанию является текущий каталог. Если вы устанавливаете OutputDirectory
к "/local/tmp/"
, выход становится "/local/tmp/tss_groups.fpkm_table"
.
cds
— Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для кодирования последовательности"./cds.fpkm_table"
Имя файла, содержащего нормированный уровень экспрессии для каждой последовательности кодирования, возвращенной как строка.
Выводимая строка также включает информацию о директории, заданную OutputDirectory
. Значением по умолчанию является текущий каталог. Если вы устанавливаете OutputDirectory
к "/local/tmp/"
, выход становится "/local/tmp/cds.fpkm_table"
.
[1] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.