geneont

Класс: geneont

Создайте geneont и term обьекты

Синтаксис

GeneontObj = geneont GeneontObj = geneont('File', FileValue) GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue)

Описание

GeneontObj = geneont создает GeneontObj, объект geneont, от gene_ontology.obo файл в текущем каталоге MATLAB^®. Это также создает несколько объектов термина, один для каждого термина в объекте geneont.

GeneontObj = geneont('File', FileValue) создает GeneontObj, объект geneont, от FileValue, вектор символов, задающий имя файла Открытой биомедицинской онтологии (OBO) - отформатированный файл, который находится на пути поиска файлов MATLAB.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) управляет созданием GeneontObj, объект geneont, от текущей версии базы данных Gene Ontology.

Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примечание

Полная база данных Gene Ontology может занять несколько минут, чтобы загрузить, когда вы запускаете эту функцию с помощью 'Live' свойство.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue), когда LiveValue true, создает GeneontObj, объект geneont, от новой версии базы данных Gene Ontology и сохраняет содержимое этого файла к ToFileValue, вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла.

Входные параметры

`FileValue`	Вектор символов, задающий имя файла OBO-отформатированного файла, который находится на пути поиска файлов MATLAB.
`LiveValue`	Управляет созданием самого актуального объекта geneont. Введите `true` создать `GeneontObj`, объект geneont, от новой версии базы данных Gene Ontology. Значением по умолчанию является `false`.
`ToFileValue`	Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, в которое можно сохранить содержимое текущей версии базы данных Gene Ontology.

Выходные аргументы

GeneontObj Объект MATLAB, содержащий генную информацию об онтологии.

Примеры

развернуть все

Создайте генный объект онтологии и исследуйте, ИДУТ условия

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont.

GeneontObj = geneont('LIVE', true)

Количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont, отображено.

Gene Ontology object with 47386 Terms.

Отобразите информацию об объекте geneont.

get(GeneontObj)

default_namespace: 'gene_ontology'
                    format_version: '1.2'
                      data_version: 'releases/2019-04-17'
                           version: ''
                              date: ''
                          saved_by: ''
                 auto_generated_by: ''
                         subsetdef: {15×1 cell}
                            import: ''
                    synonymtypedef: 'systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT'
                           idspace: ''
    default_relationship_id_prefix: ''
                        id_mapping: ''
                            remark: 'Includes Ontology(OntologyID(OntologyIRI(<http://purl.obolibrary.org/obo/go/never_in_taxon.owl>))) [Axioms: 18 Logical Axioms: 0]'
                           typeref: ''
                  unrecognized_tag: {'ontology'  'go'}
                             Terms: [47386×1 geneont.term]

Ищите все ИДУТ условия в объекте geneont, которые содержат вектор символов ribosome в поле name, и используйте geneont.terms свойство создать массив структур MATLAB объектов термина, содержащих те условия.

comparison = regexpi(get(GeneontObj.terms,'name'),'ribosome');
indices = find(~cellfun('isempty',comparison));
terms_with_ribosmome = GeneontObj.terms(indices)

  33×1 struct array with fields:

    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

Примечание

Несмотря на то, что terms свойство является вектор-столбцом с указателями, чтобы назвать объекты в командном окне MATLAB, оно отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.

Документация