Суперклассы:
Структура данных, содержащая информацию о Генной онтологии (GO)
Объект geneont является структурой данных, содержащей Генную информацию об Онтологии. Можно исследовать и пересечь Генные условия Онтологии с помощью “is_a” и “part_of” отношения.
geneont | Создайте geneont и term обьекты |
getancestors | Найдите условия, которые являются предками заданного понятия Генной онтологии (GO) |
getdescendants | Найдите условия, которые являются потомками заданного понятия Генной онтологии (GO) |
getmatrix | Преобразуйте объект geneont в матрицу отношения |
getrelatives | Найдите условия, которые являются родственниками заданного понятия Генной онтологии (GO) |
дата | Вектор символов только для чтения, содержащий дату и время файл OBO, обновился |
default_namespace | Вектор символов только для чтения, содержащий пространство имен, в которое ПЕРЕХОДЯТ условия, присвоен |
format_version | Вектор символов только для чтения, содержащий версию кодирования файла OBO |
условия | Вектор-столбец только для чтения с указателями, чтобы назвать объекты объекта geneont |
Объект geneont содержит объекты термина.
Указатель. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов в документации MATLAB® Programming Fundamentals.
Можно использовать круглую скобку () индексирующий или с ПОЙТИ, идентификаторы (числа) или ИДУТ условия (объекты термина), чтобы создать подонтологию. Смотрите Примеры ниже.
Можно создать подонтологию путем индексации в объект geneont при помощи ПОЙТИ идентификатора.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Создайте подонтологию путем возврата условий с, ИДУТ идентификаторы GO:000005
через GO:000010
.
subontology1 = GeneontObj(5:10) Gene Ontology object with 6 Terms.
Создайте подонтологию путем возврата термина с ПОЙТИ идентификатором GO:000100
.
subontology2 = GeneontObj(100) Gene Ontology object with 1 Terms.
Можно создать подонтологию путем индексации в объект geneont при помощи ПОЙТИ термина.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Создайте массив объектов термина, содержащих пятое через десятые сроки объекта geneont.
termObject = GeneontObj.terms(5:10) 6x1 struct array with fields: id name ontology definition comment synonym is_a part_of obsolete
Примечание
ПОЙТИ термин 5
положение термина объект в объекте geneont и не обязательно то же самое как термин объект с ПОЙТИ идентификатором GO:000005
используемый в первом примере. Это вызвано тем, что существует много условий, которые являются устаревшими и не включены как объекты термина в объекте geneont.
Создайте подонтологию путем возврата пятого через десятые сроки объекта geneont.
subontology3 = GeneontObj(termObject) Gene Ontology object with 6 Terms.
goannotread
| num2goid
| term