geneont class

Суперклассы:

Структура данных, содержащая информацию о Генной онтологии (GO)

Описание

Объект geneont является структурой данных, содержащей Генную информацию об Онтологии. Можно исследовать и пересечь Генные условия Онтологии с помощью “is_a” и “part_of” отношения.

Конструкция

geneontСоздайте geneont и term обьекты

Методы

getancestorsНайдите условия, которые являются предками заданного понятия Генной онтологии (GO)
getdescendantsНайдите условия, которые являются потомками заданного понятия Генной онтологии (GO)
getmatrixПреобразуйте объект geneont в матрицу отношения
getrelativesНайдите условия, которые являются родственниками заданного понятия Генной онтологии (GO)

Свойства

датаВектор символов только для чтения, содержащий дату и время файл OBO, обновился
default_namespaceВектор символов только для чтения, содержащий пространство имен, в которое ПЕРЕХОДЯТ условия, присвоен
format_versionВектор символов только для чтения, содержащий версию кодирования файла OBO
условияВектор-столбец только для чтения с указателями, чтобы назвать объекты объекта geneont

Иерархия экземпляра

Объект geneont содержит объекты термина.

Копировать семантику

Указатель. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов в документации MATLAB® Programming Fundamentals.

Индексация

Можно использовать круглую скобку () индексирующий или с ПОЙТИ, идентификаторы (числа) или ИДУТ условия (объекты термина), чтобы создать подонтологию. Смотрите Примеры ниже.

Примеры

Пример 17. Индексация в Объект geneont Используя ПОЙТИ Идентификатор

Можно создать подонтологию путем индексации в объект geneont при помощи ПОЙТИ идентификатора.

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.
  2. Создайте подонтологию путем возврата условий с, ИДУТ идентификаторы GO:000005 через GO:000010.

    subontology1 = GeneontObj(5:10)
    
    Gene Ontology object with 6 Terms.
  3. Создайте подонтологию путем возврата термина с ПОЙТИ идентификатором GO:000100.

    subontology2 = GeneontObj(100)
    
    Gene Ontology object with 1 Terms.
Пример 18. Индексация в Объект geneont Используя ПОЙТИ Термин

Можно создать подонтологию путем индексации в объект geneont при помощи ПОЙТИ термина.

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.
  2. Создайте массив объектов термина, содержащих пятое через десятые сроки объекта geneont.

    termObject = GeneontObj.terms(5:10)
    
    6x1 struct array with fields:
        id
        name
        ontology
        definition
        comment
        synonym
        is_a
        part_of
        obsolete

    Примечание

    ПОЙТИ термин 5 положение термина объект в объекте geneont и не обязательно то же самое как термин объект с ПОЙТИ идентификатором GO:000005 используемый в первом примере. Это вызвано тем, что существует много условий, которые являются устаревшими и не включены как объекты термина в объекте geneont.

  3. Создайте подонтологию путем возврата пятого через десятые сроки объекта geneont.

    subontology3 = GeneontObj(termObject)
    
    Gene Ontology object with 6 Terms.

Смотрите также

| |

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте