Получите отчет BLAST из веб-сайта NCBI
дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение".blastdata
= getblast(RID
,Name,Value
)
Выполните поиск BLAST на последовательности белка и сохраните результаты в XML-файл.
Получите последовательность от Банка данных Белка и создайте структуру MATLAB.
S = getpdb('1CIV');
Используйте структуру в качестве входа для поиска BLAST с порогом значения 1e-10
. Первый выход является ID запроса, и второй выход является предполагаемым временем (в минутах), пока поиск не завершается.
[RID1,ROTE] = blastncbi(S,'blastp','expect',1e-10);
Получите результаты поиска из отчета. Можно сохранить XML-отформатированный отчет в файл для оффлайнового доступа. Используйте ROTE в качестве времени ожидания, чтобы получить результаты.
report1 = getblast(RID1,'WaitTime',ROTE,'ToFile','1CIV_report.xml')
Blast results are not available yet. Please wait ... report1 = struct with fields: RID: 'R49TJMCF014' Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+' Database: 'nr' QueryID: 'Query_224139' QueryDefinition: 'unnamed protein product' Hits: [1×100 struct] Parameters: [1×1 struct] Statistics: [1×1 struct]
Используйте blastread
чтобы считать Показатель взрываемости из XML-отформатированного BLAST сообщают о файле.
blastdata = blastread('1CIV_report.xml')
blastdata = struct with fields: RID: '' Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+' Database: 'nr' QueryID: 'Query_224139' QueryDefinition: 'unnamed protein product' Hits: [1×100 struct] Parameters: [1×1 struct] Statistics: [1×1 struct]
В качестве альтернативы запустите поиск BLAST с инвентарным номером NCBI.
RID2 = blastncbi('AAA59174','blastp','expect',1e-10)
RID2 = 'R49WAPMH014'
Получите результаты поиска из отчета.
report2 = getblast(RID2)
Blast results are not available yet. Please wait ... report2 = struct with fields: RID: 'R49WAPMH014' Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+' Database: 'nr' QueryID: 'AAA59174.1' QueryDefinition: 'insulin receptor precursor [Homo sapiens]' Hits: [1×100 struct] Parameters: [1×1 struct] Statistics: [1×1 struct]
RID
— Запросите ID для поиска BLAST NCBIЗапросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI в виде вектора символов или строки.
Пример: 'GTF033EZ015'
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
'ToFile','report.xml'
сохраняет результаты в файл с именем report.xml
.'ToFile'
— Имя файла, чтобы сохранить данные об отчете кИмя файла, чтобы сохранить данные об отчете к в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'ToFile'
и вектор символов или строка. Файл XML-отформатирован по умолчанию.
Пример: 'ToFile','Report.xml'
'WaitTime'
— Время, чтобы ожидать отчетаВремя (в минутах), чтобы ожидать отчета от NCBI, чтобы быть готов в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'WaitTime'
и неотрицательное целое число. Если отчет все еще не готов после того, как требуемое время, ошибка будет сгенерирована.
Значение по умолчанию 0, то есть, нет никакой задержки получения отчета.
Совет
Используйте RTOE
, запросите время выполнения, возвращенного blastncbi
функционируйте как время ожидания здесь.
Пример: 'WaitTime',2
'TimeOut'
— Тайм-аут связиТайм-аут связи (в секундах) для каждого запроса в виде положительной скалярной величины. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.
Пример: 'TimeOut',10
blastdata
— Данные об отчете BLASTДанные об отчете BLAST, возвращенные как структура, которая содержит следующие поля:
Поле | Описание |
---|---|
RID | Запросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI |
Algorithm | Алгоритм NCBI раньше выполнял поиск BLAST |
Database | Все базы данных ищутся |
QueryID | Идентификатор последовательности запроса |
QueryDefinition | Определение последовательности запроса |
Hits | Структура, содержащая информацию о последовательностях хита, таких как идентификаторы, инвентарные номера, длины и HSPs (высоко выигрывающие пары сегмента) |
Parameters | Структура, содержащая информацию о входных параметрах раньше, выполняла поиск |
Statistics | Сводные данные статистических деталей о выполняемом поиске, таких как lambda, каппа и энтропийные значения |
Эта таблица приводит каждое поле blastdata.Hits
.
Поле | Описание |
---|---|
ID | ID подчиненной последовательности, которая совпадала с последовательностью запроса |
Definition | Описание подчиненной последовательности |
Accession | Доступ подчиненной последовательности |
Length | Длина подчиненной последовательности |
Hsps | Структура, содержащая информацию о высоко выигрывающих парах сегмента (HSPs) |
Эта таблица суммирует поля Hits.Hsps
.
Поле | Описание |
---|---|
Score | Попарный счет выравнивания к высоко выигрывающей паре сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
BitScore | Битный счет к высоко выигрывающей паре сегмента. |
Expect | Значение ожидания для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Identities | Количество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. |
Positives | Количество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью аминокислот. Это поле применяется только к переведенному нуклеотиду или последовательностям запроса аминокислоты и базам данных. |
Gaps | Неприсоединившиеся остатки для высоко выигрывающей пары сегмента. |
AlignmentLength | Продолжительность выравнивания для высоко выигрывающей пары сегмента. |
QueryIndices | Индексы положений остатка последовательности запроса для высоко выигрывающей пары сегмента. |
SubjectIndices | Индексы подчиненных положений остатка последовательности для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Frame | Рамка считывания переведенной последовательности нуклеотида для высоко выигрывающей пары сегмента. |
Alignment | 3 N символьным массивом, показывающим выравнивание для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. Первая строка является последовательностью запроса, вторая строка является выравниванием, и третья строка является подчиненной последовательностью. |
'Alignments'
опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'Alignments'
пара "имя-значение" была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выходе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.
'Descriptions'
опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'Descriptions'
пара "имя-значение" была удалена. Количеством хитов, возвращенных в выходе, управляет количество хитов в отчете входа BLAST.
'FileFormat'
опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'FileFormat'
пара "имя-значение" была удалена. Файл XML-отформатирован автоматически.
У вас есть модифицированная версия этого примера. Вы хотите открыть этот пример со своими редактированиями?
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.