getembl

Получите информацию о последовательности из базы данных EMBL

Синтаксис

EMBLData = getembl(AccessionNumber)
EMBLData = getembl(..., 'ToFile', ToFileValue, ...)
EMBLSeq = getembl(..., 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)
EMBLSeq = getembl(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...)

Входные параметры

AccessionNumber Уникальный идентификатор для записи последовательности. Введите уникальную комбинацию букв и чисел.
ToFileValue Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, к которому можно сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл хранится в текущей папке.
SequenceOnlyValueУправляет получением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

EMBLData Структура MATLAB® с полями, соответствующими данным EMBL.
EMBLSeqВектор символов MATLAB, представляющий последовательность.

Описание

getembl получает информацию из базы данных European Molecular Biology Laboratory (EMBL) для последовательностей нуклеотида. Эта база данных обеспечена Европейским институтом биоинформатики (EBI). Для получения дополнительной информации о базе данных EMBL, смотрите

EMBLData = getembl(AccessionNumber) поиски инвентарного номера в базе данных EMBL (https://www.ebi.ac.uk/) и возвращает EMBLData, структура MATLAB с полями, соответствующими 2D символьной линии EMBL, вводит код. Каждый код типа линии хранится как отдельный элемент в структуре.

EMBLData содержит следующие поля.

Поле
Identification
Accession
SequenceVersion
DateCreated
DateUpdated
Description
Keyword
OrganismSpecies
OrganismClassification
Organelle
Reference
DatabaseCrossReference
Comments
Assembly
Feature
BaseCount
Sequence

EMBLData = getembl (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы getembl с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

EMBLData = getembl(..., 'ToFile', ToFileValue, ...) сохраняет информацию к EMBL-отформатированному файлу. ToFileValue вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, к которому можно сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл хранится в текущей папке.

Совет

Считайте EMBL-отформатированный файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью emblread функция.

EMBLSeq = getembl(..., 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...) управляет получением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

EMBLSeq = getembl(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных EMBL.

Примеры

Получите данные для аполипопротеина печени крысы A-I.

emblout = getembl('X00558')

Получите данные для аполипопротеина печени крысы A-I и сохраните его в файл rat_protein. Если вы задаете имя файла без пути, файл хранится в текущей папке.

emblout = getembl('X00558','ToFile','c:\project\rat_protein.txt')

Получите только последовательность для аполипопротеина печени крысы A-I.

Seq = getembl('X00558','SequenceOnly',true)

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте