Класс: BioIndexedFile
Получите записи из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile с помощью алфавитно-цифрового ключа
Entries
= getEntryByKey(BioIFobj
, Key
)
записи извлечений от исходного файла сопоставлены с Entries
= getEntryByKey(BioIFobj
, Key
)BioIFobj
, объект BioIndexedFile. Это извлекает и конкатенирует записи, заданные Key
, вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Это возвращает Entries
, вектор символов конкатенированных записей. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все записи, которые совпадают с заданным ключом, всеми в положении ключа в Key
cellArray. Если ключи в исходном файле уникальны, существует непосредственное отношение между номером и порядком элементов в Key
и выход Entries
.
|
Объект |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько ключей в исходном файле, сопоставлены с |
|
Вектор символов конкатенированных записей, извлеченных из исходного файла, сопоставлен с |
Создайте объект BioIndexedFile получить доступ к таблице, содержащей перекрестные ссылки между условиями генной онтологии (GO) и названиями генов:
% Create variable containing full absolute path of source file sourcefile = which('yeastgenes.sgd'); % Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate % the source file is a tab-delimited file where contiguous rows % with the same key are considered a single entry. Store the % index file in the Current Folder. Indicate that keys are % located in column 3 and that header lines are prefaced with ! gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ... 'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')
Возвратите записи в исходный файл, которые заданы ключами AAC1 и AAD10:
% Access entries that have the keys AAC1 and AAD10 subset_entries = getEntryByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'});
Используйте этот метод, чтобы визуализировать и исследовать подмножество записей в исходном файле в целях валидации.