getgeodata

Получите данные о формате Gene Expression Omnibus (GEO)

Синтаксис

GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
getgeodata(AccessionNumber, 'ToFile', ToFileValue)
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)

Входные параметры

AccessionNumber

Вектор символов, задающий уникальный идентификатор для ГЕО Выборки (GSM), Набор данных (GDS), Платформа (GPL) или Ряд (GSE), записывает в базе данных GEO. Данные о Секвенировании следующего поколения не могут быть получены с помощью этой функции.

Совет

  • Если вы не можете получить данные для инвентарного номера, увеличить ваше пространство "кучи" Java®:

  • Недавно представленные наборы данных не могут быть доступны для мгновенной загрузки. Может быть один - к 2D дневной задержке между экспериментом, представляемым базе данных GEO и ее доступностью на FTP-сайте.

ToFileValue Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в Текущей папке MATLAB.
TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

GEODataСтруктура MATLAB, содержащая информацию для ГЕО записи, получена из базы данных GEO.

Описание

GEOData = getgeodata(AccessionNumber) ищет базу данных Gene Expression Omnibus заданный инвентарный номер Выборки (GSM), Набор данных (GDS), Платформа (GPL), или Ряды (GSE) записывают, и возвращает структуру MATLAB, содержащую следующие поля:

Поле Описание
ScopeТип полученных данных (ВЫБОРКА, НАБОР ДАННЫХ, PLATFORM или РЯД)
AccessionИнвентарный номер для записи в базе данных GEO.
HeaderИнформация об эксперименте микромассивов.
ColumnDescriptionsМассив ячеек, содержащий описания столбцов в данных.
ColumnNamesМассив ячеек, содержащий имена столбцов в данных.
DataМассив, содержащий микроданные массива.
Identifier (Только файлы GDS)Массив ячеек, содержащий тестовые идентификаторы.
IDRef (Только файлы GDS)Массив ячеек, содержащий индексы к зондам.

Примечание

В настоящее время, getgeodata функционируйте Выборка поддержек (GSM), Набор данных (GDS), Платформа (GPL) и Ряд (GSE) записи.

getgeodata(AccessionNumber, 'ToFile', ToFileValue) сохраняет данные, возвращенные от базы данных до файла.

Примечание

Можно считать ГЕО МЯГКО ОТФОРМАТИРОВАННЫЙ файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью geosoftread функция. Можно считать ГЕО отформатированный РЯДОМ файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью geoseriesread функция.

Для получения дополнительной информации смотрите

GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных Gene Expression Omnibus.

Примеры

geoStruct = getgeodata('GSM1768')

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте