Считайте Ряд Gene Expression Omnibus (GEO) (GSE) данные о формате
GEOData
= geoseriesread(File
)
GEOData
= geoseriesread(File
,'TimeOut',TimeOutValue
)
File | Любое из следующего:
Совет Можно использовать |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
GEOData | Структура MATLAB, содержащая следующие поля:
|
читает Ряд Gene Expression Omnibus (GEO) (GSE) файл формата, и затем создает структуру MATLAB, GEOData
= geoseriesread(File
)GEOData
, со следующими полями.
Поля | Описание |
---|---|
Header | Текст заголовка от ГЕО Ряда (GSE) файл формата, обычно содержащий описание данных или информации об эксперименте. |
Data | Объект DataMatrix, содержащий данные из ГЕО Ряда (GSE) файл формата. Столбцы и строки объекта DataMatrix соответствуют демонстрационным идентификаторам и Касательно идентификаторов, соответственно, от ГЕО Ряда (GSE) файл формата. |
устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.GEOData
= geoseriesread(File
,'TimeOut',TimeOutValue
)
Получите Ряд (GSE) данные из ГЕО веб-сайта и сохраните его в файл.
geodata = getgeodata('GSE11287','ToFile','GSE11287.txt');
В последующем сеансе работы с MATLAB можно получить доступ к Ряду (GSE) данные из локального файла, вместо того, чтобы получить его из ГЕО веб-сайта.
geodata = geoseriesread('GSE11287.txt') geodata = Header: [1x1 struct] Data: [45101x6 bioma.data.DataMatrix]
Доступ к демонстрационным идентификаторам с помощью colnames
свойство объекта DataMatrix.
sampleIDs = geodata.Data.colnames sampleIDs = 'GSM284935' 'GSM284936' 'GSM284937' 'GSM284938' 'GSM284939' 'GSM284940'
affyread
| agferead
| galread
| geosoftread
| getgeodata
| gprread
| ilmnbsread
| sptread