Exponenta Banner

geoseriesread

Считайте Ряд Gene Expression Omnibus (GEO) (GSE) данные о формате

Синтаксис

GEOData = geoseriesread(File)
GEOData = geoseriesread(File,'TimeOut',TimeOutValue)

Входные параметры

File

Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является Рядом Gene Expression Omnibus (GEO) (GSE) файл формата. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке MATLAB.

  • Символьный массив или вектор-столбец строк, который содержит текст ГЕО Ряда (GSE) файл формата.

Совет

Можно использовать getgeodata функция с 'ToFile' свойство получить ГЕО Ряд (GSE) данные о формате из базы данных GEO и создать ГЕО Ряд (GSE) файл формата.

TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

GEOData

Структура MATLAB, содержащая следующие поля:

  • Header — Текст заголовка от ГЕО Ряда (GSE) файл формата, обычно содержащий описание данных или информации об эксперименте.

  • Data — Объект DataMatrix, содержащий данные из ГЕО Ряда (GSE) файл формата. Столбцы и строки объекта DataMatrix соответствуют демонстрационным идентификаторам и Касательно идентификаторов, соответственно, от ГЕО Ряда (GSE) файл формата.

Описание

GEOData = geoseriesread(File) читает Ряд Gene Expression Omnibus (GEO) (GSE) файл формата, и затем создает структуру MATLAB, GEOData, со следующими полями.

Поля Описание
HeaderТекст заголовка от ГЕО Ряда (GSE) файл формата, обычно содержащий описание данных или информации об эксперименте.
DataОбъект DataMatrix, содержащий данные из ГЕО Ряда (GSE) файл формата. Столбцы и строки объекта DataMatrix соответствуют демонстрационным идентификаторам и Касательно идентификаторов, соответственно, от ГЕО Ряда (GSE) файл формата.

GEOData = geoseriesread(File,'TimeOut',TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.

Примеры

  1. Получите Ряд (GSE) данные из ГЕО веб-сайта и сохраните его в файл.

    geodata = getgeodata('GSE11287','ToFile','GSE11287.txt');

  2. В последующем сеансе работы с MATLAB можно получить доступ к Ряду (GSE) данные из локального файла, вместо того, чтобы получить его из ГЕО веб-сайта.

    geodata = geoseriesread('GSE11287.txt')

geodata = 

    Header: [1x1 struct]
      Data: [45101x6 bioma.data.DataMatrix]

  3. Доступ к демонстрационным идентификаторам с помощью colnames свойство объекта DataMatrix. 

    sampleIDs = geodata.Data.colnames

sampleIDs = 

  'GSM284935'  'GSM284936'  'GSM284937'  'GSM284938'  'GSM284939'  'GSM284940'

Смотрите также

| | | | | | |

Темы

Представленный в R2008b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка