Метагенный алгоритм аттрактора для разработки функции использование взаимного информационно-основанного изучения
возвращает взвешенные суммы функций M
= metafeatures(X
)M
в X
использование метагенного алгоритма аттрактора описано в [1].
M является r-by-n матрица. r является количеством метафункций, идентифицированных во время каждого повторения алгоритма. Количество по умолчанию повторений равняется 1. По умолчанию только уникальные метафункции возвращены в M. Если несколько результатов повторений в той же метафункции, то всего одна копия возвращена в M
. n является количеством выборок (пациенты или моменты времени).
X
p-by-n числовая матрица. p является количеством переменных, функций или генов. Другими словами, строки X
соответствуйте переменным, таким как измерения экспрессии гена для различных генов. Столбцы соответствуют различным выборкам, таким как пациенты или моменты времени.
[
использует p-by-1 массив ячеек из символьных векторов или вектор строки M
,W
,GSorted
]
= metafeatures(X
,G
)G
содержание имен переменных и возвращает p-by-r массив ячеек имен переменных GSorted
отсортированный по уменьшающемуся весу.
i th столбец GSorted
перечисляет функцию (переменные) имена в порядке их вкладов в i th метафункция.
[
возвращает индексы M
,W
,GSorted
,GSortedInd
]
= metafeatures(___)GSortedInd
таким образом, что GSorted
= G
(GSortedInd
).
[___] = metafeatures(___,
дополнительные опции использования заданы одним или несколькими Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
[___] = metafeatures(
использует p-by-n таблица T
)T
. Названия генов являются именами строки таблицы. M = W'*T{:,:}
.
[___] = metafeatures(
дополнительные опции использования заданы одним или несколькими T
,Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
Примечание
Возможно что количество метафункций (r), возвращенный в M
могут быть меньше, чем количество реплицирует (повторения). Даже при том, что вы, возможно, определили номер, реплицирует в положительное целое число, больше, чем 1, если каждое повторение возвращает ту же метафункцию, то r равняется 1 и M
1 n. Это вызвано тем, что, по умолчанию, функция возвращает только уникальные метафункции. Если вы предпочитаете получать все метафункции, установите 'ReturnUnique'
к false
. Метафункция рассматривается уникальной, если корреляция Пирсона между нею и всеми ранее найденными метафункциями меньше 'UniqueTolerance'
значение (значением по умолчанию является 0.98
).
[1] Ченг, W-Y., Оу Ян, T-H., и Anastassiou, D. (2013). Биомолекулярные события при раке показаны метагенами аттрактора. PLoS Вычислительная Биология 9 (2): e1002920.
[2] Размажьте, C., Steuer, R., Selbig, J. и Kloska, S. (2004). Оценка взаимной информации с помощью функций B-сплайна – улучшенная мера по подобию для анализа данных об экспрессии гена. Биоинформатика BMC 5, 118.
[3] Hefti, M.M., Ху, R., Knoblauch, N.W., Коллинз, L.C., Haibe-Kains, B., Tamimi, R.M., и Приветствие, A.H. (2013). Приемник эстрогена отрицательный приемник / приемник прогестерона положительный рак молочной железы не является восстанавливаемым подтипом. Исследование Рака молочной железы. 15:R68.