mzxmlread

Считайте данные из mzXML файла

свернуть все на странице

Синтаксис

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile)
mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value)

Описание

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile) возвращает структуру MATLAB®, mzXMLStruct, из mzXML файла, myFile.

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value) читает mzXML файл, myFile, и затем возвращает структуру MATLAB, mzXMLStruct, использование дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Примеры

свернуть все

В этом примере, файл results_1.mzxml не обеспечивается. Можно найти выборку mzXML файлами в:

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB.

out = mzxmlread('results_1.mzxml')
out = 

     scan: [2000x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Просмотрите первый скан в mzXML файле путем создания отдельных переменных, содержащих отношение массы к заряду (mz_ratio) и интенсивность (Y) значения соответственно. Затем постройте эти значения.

mz_ratio = out.scan(1).peaks.mz(1:2:end); 
Y = out.scan(1).peaks.mz(2:2:end); 
stem(mz_ratio,Y,'marker','none')

В этом примере, файл results_2.mzxml не обеспечивается. Можно найти выборку mzXML файлами в:

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB, извлекая скан в индексе 1000.

out1 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',1000)
out1 = 

     scan: [1x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB, извлекая несколько сканов в индексах 1000, 1500, и 2000.

out2 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000 1500 2000])
out2 = 

     scan: [3x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считайте mzXML файл в структуру MATLAB, извлекая область значений сканов от индексов 1 000 - 2 000.

out3 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000:2000])
out3 = 

    scan: [1001x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Входные параметры

свернуть все

Введите файл в виде вектора символов или строки, содержащей mzXML имя файла. Файл должен соответствовать mzXML 2.1 или более ранним техническим требованиям. Можно считать спецификацию mzXML 2.1 здесь:

http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1/Doc/mzXML_2.1_tutorial.pdf

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'TimeRange',[5.0 10.0],'Verbose',true

Уровни спектров в виде положительного целого числа или вектора из целых чисел, указывающих, который сканы извлечь сканы из myFile. По умолчанию, mzxmlread чтения все уровни спектров.

Для итоговой информации об уровнях спектров в mzXML файле используйте mzxmlinfo функция.

Если вы используете 'Levels' аргумент пары "имя-значение", затем вы не можете использовать 'ScanIndices'.

Пример: 'Levels',5

Область значений времени в виде двухэлементного числового массива, такого как [Start End] указание, которое сканирует, чтобы извлечь из myFile. Start и End скалярные значения должны быть между startTime и endTime атрибуты msRun элемент в myFile. Start скалярное значение должно быть меньше End. По умолчанию, mzxmlread чтения все сканы.

Для итоговой информации об областях значений времени в mzXML файле используйте mzxmlinfo функция.

Если вы используете 'TimeRange' аргумент пары "имя-значение", затем вы не можете использовать 'ScanIndices'.

Пример: 'TimeRange',[5.1 10.2]

Отсканируйте индексы в виде положительного целого числа или вектора из положительных целых чисел, указывающих который сканы извлечь из myFile. Используйте целое число, чтобы задать один скан или вектор из целых чисел, чтобы задать несколько сканов. По умолчанию, mzxmlread чтения все сканы.

Для итоговой информации об областях значений времени в mzXML файле используйте mzxmlinfo функция.

Если вы используете 'ScanIndices' аргумент пары "имя-значение", затем вы не можете использовать 'Levels' или 'TimeRange'.

Пример: 'ScanIndices',7000

Многословный режим в виде true(1 ), или false(0 ). Когда 'Verbose' установлен в true, mzxmlread отображает прогресс при чтении myFile.

Пример: 'Verbose',false

Выходные аргументы

свернуть все

Структура из mzXML файла, возвращенного как структура MATLAB. mzXMLStruct имеет следующие поля:

Поле Описание
scanМассив структур, содержащий данные, имеющие отношение к каждому отдельному скану, такому как уровень масс-спектрометрии, общий текущий ион, полярность, предшествующая масса (когда это применяется), и данные о спектре.
indexСтруктура, содержащая индексы к позициям элементов скана в XML-документе.
mzXML

Структура, содержащая все следующее:

  • Информация в корневом элементе mzXML схемы, такой как инструмент детализирует, детали эксперимента и методы предварительной обработки

  • URL, указывающие на схемы для каждого скана

  • Индексация подхода

  • Цифровая подпись, вычисленная для текущего экземпляра документа

Советы

Анализ данных LC/MS требует расширенных объемов памяти от операционной системы.

  • Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:

  • Если вы получаете ошибки, связанные с пространством "кучи" Java®, увеличиваете ваше пространство "кучи" Java:

Смотрите также

| | | |

Представленный в R2006b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте