Запишите в файл с помощью формата Банка данных белка (PDB)
pdbwrite(File, PDBStruct)
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)
File | Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения PDB-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, файл сохранен в MATLAB® Current Folder. Совет После того, как вы сохраните структуру MATLAB в локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать |
PDBStruct | Структура MATLAB, содержащая 3-D структуру белка, координирует данные, созданные первоначально при помощи getpdb или pdbread функции.Примечание Можно отредактировать эту структуру, чтобы изменить ее 3-D данные о структуре белка. Координатная информация хранится в |
PDBArray | Символьный массив, в котором каждая строка соответствует линии в записи PDB. |
pdbwrite( пишет содержимое структуры MATLAB File, PDBStruct)PDBStruct к PDB-отформатированному файлу (текстовый ASCII-файл), путь которого и имя файла заданы File. В выходном файле, File, порядковые номера атома сохраняются. Атомарные координатные записи упорядочены согласно их порядковым номерам атома.
Совет
После того, как вы сохраните структуру MATLAB в локальный PDB-отформатированный файл, можно использовать molviewer функционируйте, чтобы отобразить и управлять 3-D изображением структуры.
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)PDBStruct, к PDBArray, символьный массив, в котором каждая строка соответствует линии в записи PDB.
Примечание
Можно отредактировать PDBStruct изменить его 3-D данные о структуре белка. Координатная информация хранится в Model поле PDBStruct.
Используйте getpdb функция, чтобы получить информацию о структуре из Банка данных белка (PDB) для зеленого флуоресцентного белка с идентификатором 1GFL , и храните данные в структуре MATLAB gflstruct.
gflstruct = getpdb('1GFL');Найдите x- координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X ans = -14.0930
Отредактируйте x- координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X = -18;
Примечание
Не добавляйте или удаляйте любой Atom поля, потому что pdbwrite функция не позволяет числу элементов в структуре изменяться.
Запишите модифицированной структуре MATLAB gflstruct к новому PDB-отформатированному файлу modified_gfl.pdb в Work папка на вашем C диск.
pdbwrite('c:\work\modified_gfl.pdb', gflstruct);Используйте pdbread функционируйте, чтобы считать модифицированный файл PDB в структуру MATLAB, затем подтвердить что x- координата первого атома изменилась.
modified_gflstruct = pdbread('c:\work\modified_gfl.pdb')
modified_gflstruct.Model.Atom(1).X
ans =
-18