pdbread

Считайте данные из файла Банка данных белка (PDB)

Синтаксис

PDBStruct = pdbread(File) PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) PDBStruct = pdbread(File,'TimeOut', TimeOutValue)

Входные параметры

`File`	Любое из следующего: Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является Банком данных белка (PDB) - отформатированный файл (текстовый ASCII-файл). Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB^® или в Текущей папке MATLAB. Символьный массив или вектор-столбец строк, который содержит текст PDB-отформатированного файла. Совет Можно использовать `getpdb` функция с `'ToFile'` свойство получить данные о структуре белка от базы данных PDB и создать PDB-отформатированный файл.
`ModelNumValue`	Положительное целое число, задающее модель в PDB-отформатированном файле.
`TimeOutValue`	Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

PDBStruct Структура MATLAB, содержащая поле для каждой записи PDB.

Описание

База данных Protein Data Bank (PDB) является архивом экспериментально решительных 3-D биологических макромолекулярных данных о структуре. Для получения дополнительной информации о формате PDB, см.:

https://www.wwpdb.org/documentation/file-format

PDBStruct = pdbread(File) считывает данные из файла PDB-форматированного-текста File и хранит данные в структуре MATLAB, PDBStruct, который содержит поле для каждой записи PDB. Следующая таблица обобщает возможные записи PDB и соответствующие поля в структуре MATLAB PDBStruct:

Запись базы данных PDB	Поле в структуре MATLAB
`HEADER`	`Header`
`OBSLTE`	`Obsolete`
`TITLE`	`Title`
`CAVEAT`	`Caveat`
`COMPND`	`Compound`
`SOURCE`	`Source`
`KEYWDS`	`Keywords`
`EXPDTA`	`ExperimentData`
`AUTHOR`	`Authors`
`REVDAT`	`RevisionDate`
`SPRSDE`	`Superseded`
`JRNL`	`Journal`
`REMARK 1`	`Remark1`
`REMARK N` Примечание N равняется 2 - 999.	`Remarkn` Примечание n равняется 2 - 999.
`DBREF`	`DBReferences`
`SEQADV`	`SequenceConflicts`
`SEQRES`	`Sequence`
`FTNOTE`	`Footnote`
`MODRES`	`ModifiedResidues`
`HET`	`Heterogen`
`HETNAM`	`HeterogenName`
`HETSYN`	`HeterogenSynonym`
`FORMUL`	`Formula`
`HELIX`	`Helix`
`SHEET`	`Sheet`
`TURN`	`Turn`
`SSBOND`	`SSBond`
`LINK`	`Link`
`HYDBND`	`HydrogenBond`
`SLTBRG`	`SaltBridge`
`CISPEP`	`CISPeptides`
`SITE`	`Site`
`CRYST1`	`Cryst1`
`ORIGXn`	`OriginX`
`SCALEn`	`Scale`
`MTRIXn`	`Matrix`
`TVECT`	`TranslationVector`
`MODEL`	`Model`
`ATOM`	`Atom`
`SIGATM`	`AtomSD`
`ANISOU`	`AnisotropicTemp`
`SIGUIJ`	`AnisotropicTempSD`
`TER`	`Terminal`
`HETATM`	`HeterogenAtom`
`CONECT`	`Connectivity`

PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) чтения только модель заданы ModelNumValue из файла PDB-форматированного-текста File и хранит данные в структуре MATLAB PDBStruct. Если ModelNumValue не соответствует существующему номеру режима в File, затем pdbread считывает координатные информации всех моделей.

PDBStruct = pdbread(File,'TimeOut', TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из базы данных PDB.

Поле последовательности

Sequence поле является также структурой, содержащей информацию о последовательности в следующих подполях:

NumOfResidues
ChainID
ResidueNames — Содержит трехбуквенные коды для остатков последовательности.
Sequence — Содержит однобуквенные коды для остатков последовательности.

Примечание

Если последовательность изменила остатки, то ResidueNames подполе не может соответствовать стандартным трехбуквенным кодам аминокислоты. В этом случае, Sequence подполе будет содержать модифицированный код остатка в положении, соответствующем модифицированному остатку. Модифицированный код остатка предоставлен в ModifiedResidues поле .

Поле модели

Model поле является также структурой или массивом структур, содержащих координатную информацию. Если структура MATLAB содержит одну модель, Model поле является структурой, содержащей координатную информацию для той модели. Если структура MATLAB содержит многоуровневые модели, Model поле является массивом структур, содержащих координатную информацию для каждой модели. Model поле содержит следующие подполя:

Atom
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
Terminal
HeterogenAtom

Поле Atom

Atom поле является также массивом структур, содержащих следующие подполя:

AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
occupancy
tempFactor
segID
element
charge
AtomNameStruct — Содержит три подполя: chemSymbol, remoteInd, и branch.

Примеры

Используйте getpdb функция, чтобы получить информацию о структуре из Банка данных белка (PDB) для nicotinic белка приемника с идентификатором 1abt, и затем сохраните данные к PDB-отформатированному файлу nicotinic_receptor.pdb в текущей папке MATLAB.
```
getpdb('1abt', 'ToFile', 'nicotinic_receptor.pdb');
```
Считайте данные из nicotinic_receptor.pdb файл в структуру MATLAB pdbstruct.
```
pdbstruct = pdbread('nicotinic_receptor.pdb');
```
Только для чтения вторая модель от nicotinic_receptor.pdb файл в структуру MATLAB pdbstruct_Model2.
```
pdbstruct_Model2 = pdbread('nicotinic_receptor.pdb', 'ModelNum', 2);
```

Просмотрите атомарную координатную информацию в полях модели обеих структур MATLAB pdbstruct и pdbstruct_Model2.

pdbstruct.Model

ans = 

1x4 struct array with fields:
    MDLSerNo
    Atom
    Terminal

pdbstruct_Model2.Model

ans = 

    MDLSerNo: 2
        Atom: [1x1205 struct]
    Terminal: [1x2 struct]

Считайте данные из URL в структуру MATLAB, gfl_pdbstruct.
```
gfl_pdbstruct = pdbread('http://www.rcsb.org/pdb/files/1gfl.pdb');
```

Представлено до R2006a

Документация