rebasecuts

Найдите ферменты ограничения, которые сокращают последовательность нуклеотида

Синтаксис

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) rebasecuts(SeqNT, Group) rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) rebasecuts(SeqNT, S)

Входные параметры

`SeqNT`	Последовательность нуклеотида.
`Group`	Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки представление имен допустимых ферментов ограничения.
`Q``R`	Основные положения, которые ограничивают поиск всеми сайтами между основным `Q` и основной `R`.
`S`	Основное положение, которое ограничивает поиск всеми сайтами после основного `S`.

Выходные аргументы

`Enzymes`	Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена ферментов ограничения от REBASE^®, Базы данных Фермента Ограничения.
`Sites`	Вектор из сайтов сокращения идентифицирован с основным номером положения перед каждым сокращением.

Описание

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) находит все ферменты ограничения, которые сокращают SeqNT, последовательность нуклеотида.

rebasecuts(SeqNT, Group) ограничивает поиск Group, список ферментов.

rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают после основного положения, заданного Q и прежде чем основное положение задано R.

rebasecuts(SeqNT, S) ограничивает поиск теми ферментами, которые сокращают сразу после основного положения, заданного S.

REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE, см.:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

Создайте последовательность нуклеотида.
```
seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Найдите все возможные ферменты и сайты разламывания в последовательности.
```
 [enzymes, sites] = rebasecuts(seq)
```

Найдите где ферменты ограничения CfoI и Tru9I сократите последовательность.

[enzymes, sites] = rebasecuts(seq, {'CfoI','Tru9I'})

enzymes = 

    'CfoI'
    'CfoI'
    'Tru9I'

sites =

    13
    39
    45

Найдите все возможные ферменты, которые сокращают после основы 7.
```
enzymes  = rebasecuts(seq, 7)

enzymes = 

    'Csp6I'
    'CviQI'
    'RsaNI'
```

Найдите все возможные ферменты, которые сокращают между базисами 11 и 37.

enzymes  = rebasecuts(seq, [11 37])

enzymes = 

    'AccII'
    'AspLEI'
    'BmiI'
    'Bsh1236I'
    'BspFNI'
    'BspLI'
    'BstFNI'
    'BstHHI'
    'BstUI'
    'CfoI'
    'FnuDII'
    'GlaI'
    'HhaI'
    'Hin6I'
    'HinP1I'
    'Hpy188I'
    'HspAI'
    'MvnI'
    'NlaIV'
    'PspN4I'
    'SetI'

Ссылки

[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения ДНК и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

Представлено до R2006a

Документация