Разделите последовательность нуклеотида на сайте ограничения
Fragments
= restrict(SeqNT
, Enzyme
)
Fragments
= restrict(SeqNT
, NTPattern
, Position
)
[Fragments
, CuttingSites
]
= restrict(...)
[Fragments
, CuttingSites
, Lengths
]
= restrict(...)
... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue
)
SeqNT | Одно из следующего:
|
Enzyme | Вектор символов или строка, задающая имя фермента ограничения от REBASE®, Базы данных Фермента Ограничения. Совет Некоторые ферменты задают сокращающие правила и для скрутки и для ее дополнительной скрутки. |
NTPattern | Короткий шаблон распознавания последовательности нуклеотида, чтобы искать в
|
Position | Любое из следующего:
Примечание Положение |
PartialDigestValue | Значение от |
сокращения Fragments
= restrict(SeqNT
, Enzyme
)SeqNT
, последовательность нуклеотида, во фрагменты на сайтах ограничения Enzyme
, фермент ограничения. restrict
функционируйте хранит возвращаемые значения в Fragments
, массив ячеек последовательностей.
сокращения Fragments
= restrict(SeqNT
, NTPattern
, Position
)SeqNT
, последовательность нуклеотида, во фрагменты на сайтах ограничения задана NTPattern
, шаблон распознавания нуклеотида и Position
.
[
возвращает числовой вектор с индексами, представляющими сокращающие сайты. Fragments
, CuttingSites
]
= restrict(...)restrict
функция добавляет 0
к началу CuttingSites
вектор так, чтобы число элементов в CuttingSites
равняется числу элементов в Fragments
. Можно использовать
указать на первую базу каждого фрагмента, соответствующего к исходной последовательности.CuttingSites
+ 1
[
возвращает числовой вектор с длинами каждого фрагмента.Fragments
, CuttingSites
, Lengths
]
= restrict(...)
... = restrict(..., 'PartialDigest',
симулирует частичный обзор, где каждый сайт ограничения в последовательности имеет PartialDigestValue
)PartialDigestValue
или вероятность того, чтобы быть сокращенным.
REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE или искать REBASE имя фермента ограничения, см.:
Введите последовательность нуклеотида.
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
Используйте фермент ограничения HspAI
(который задает последовательность распознавания GCGC
и положение разламывания 1
) раскалывать последовательность нуклеотида.
fragmentsEnzyme = restrict(Seq,'HspAI')
MATLAB возвращается:
fragmentsEnzyme = 'AGAGGGGTACG' 'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG' 'CGCTTTATTAA'
Введите последовательность нуклеотида.
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
Используйте шаблон последовательности GCGC
с точкой разламывания в положении 3
раскалывать последовательность нуклеотида.
fragmentsPattern = restrict(Seq,'GCGC',3)
MATLAB возвращается:
fragmentsPattern = 'AGAGGGGTACGCG' 'CTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCG' 'CTTTATTAA'
Введите последовательность нуклеотида.
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
Используйте регулярное выражение, чтобы задать шаблон последовательности.
fragmentsRegExp = restrict(Seq,'GCG[^C]',3)
MATLAB возвращается:
fragmentsRegExp = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCG' 'GGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA'
Введите последовательность нуклеотида.
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
Получите сокращающие сайты и длины фрагмента, а также фрагменты.
[fragments, cut_sites, lengths] = restrict(Seq,'HspAI')
MATLAB возвращается:
fragments = 'AGAGGGGTACG' 'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG' 'CGCTTTATTAA' cut_sites = 0 11 37 lengths = 11 26 11
Некоторые ферменты задают сокращающие правила и для скрутки и для ее дополнительной скрутки. restrict
применяет сокращающее правило только для 5' —> 3' скрутки. Можно применить это правило вручную для дополнительной скрутки.
Введите последовательность нуклеотида.
seq = 'CCCGCNNNNNNN';
Используйте seqcomplement
функция, чтобы определить дополнительную скрутку, которая находится в 3' —> 5' направлений.
seqc = seqcomplement(seq)
MATLAB возвращается:
seqc = GGGCGNNNNNNN
Сократите первую скрутку с помощью фермента ограничения FauI
(который задает шаблон последовательности распознавания CCCGC
и положение разламывания 9
).
cuts_strand1 = restrict(seq, 'FauI')
MATLAB возвращается:
cuts_strand1 = 'CCCGCNNNN' 'NNN'
Сократите дополнительную скрутку согласно правилу, заданному FauI
(который задает шаблон последовательности распознавания GGGCG
с точкой разламывания в положении 11
).
cuts_strand2 = restrict(seqc, 'GGGCG', 11)
MATLAB возвращается:
cuts_strand2 = 'GGGCGNNNNNN' 'N'
[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения ДНК и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.
[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com
.
cleave
| cleavelookup
| rebasecuts
| regexp
| seq2regexp
| seqcomplement