seqsplitpe

Разделите объединенные последовательности парного конца в отдельные файлы

свернуть все на странице

Синтаксис

seqsplitpe(fastqFile)
seqsplitpe(___,Name,Value)
[outFiles,N] = seqsplitpe(___)

Описание

пример

seqsplitpe(fastqFile) разделения объединили последовательности парного конца от fastqFile в два отдельных файла. Каждая последовательность разделена в середине. Первая половина последовательности сохранена в первом выходном файле и другой половине во втором выходном файле. По умолчанию каждое имя выходного файла состоит из входного имени файла, добавленного с суффиксным '_1' или '_2' перед расширением файла.

пример

seqsplitpe(___,Name,Value) дополнительные опции использования заданы одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

пример

[outFiles,N] = seqsplitpe(___) возвращает имена выходных файлов в массиве ячеек outFilesN представляет вектор, содержащий количества последовательностей, сохраненных в каждом выходном файле.

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Разделите каждую из последовательностей парного конца в половине и сохраните каждую половину в отдельных выходных файлах.

[outFiles, N] = seqsplitpe('SXX123456_merged.fastq');

Проверяйте количество последовательностей в каждом выходном файле.

N
N = 2×1

    50
    50

Входные параметры

свернуть все

Имена файлов FASTQ с последовательностью и информацией о качестве в виде вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов.

Пример: 'SRR005164_1_50.fastq'

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'OutputSuffix','PairedEnd_split' задает, чтобы использовать пользовательский суффикс на имена выходного файла.

Относительный или абсолютный путь к директории выходного файла в виде вектора символов или строки. Значением по умолчанию является текущий каталог.

Пример: 'OutputDir','F:\results'

Пользовательский суффикс, чтобы использовать в выходном файле называет в виде вектора символов или строки. Это вставляется после входного имени файла и перед суффиксным '_1' или '_2'. Значением по умолчанию является ''.

Пример: 'OutputSuffix','_MisMatches2'

Булевская переменная, указывающая, выполнить ли расчет параллельно в виде true или false.

Для параллельных вычислений у вас должен быть Parallel Computing Toolbox™. Если параллельный пул не существует, каждый автоматически создан, когда опция автосоздания включена в ваших параллельных настройках. В противном случае расчет запускается в последовательном режиме.

Примечание

Существует стоимость, сопоставленная с совместно использованием больших входных файлов через рабочих в распределенной среде. В некоторых случаях выполнение параллельно не может быть выгодным в терминах эффективности.

Пример: 'UseParallel',true

Выходные аргументы

свернуть все

Имена выходного файла, возвращенные как массив ячеек из символьных векторов. По умолчанию имя каждого выходного файла состоит из входного имени файла, добавленного с суффиксным '_1' или '_2' перед расширением файла.

Количество последовательностей, сохраненных в каждом выходном файле, возвращенном как n-by-1 вектор, где n является количеством выходных файлов. Если существует несколько выходных файлов, порядок в N соответствует порядку выходных файлов.

Расширенные возможности

Смотрите также

| |

Введенный в R2017b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте