Исследуйте последовательность белка Используя приложение Sequence Viewer

Обзор Sequence Viewer

Приложение Sequence Viewer интегрирует многие функции последовательности в тулбоксе Bioinformatics Toolbox™. Вместо того, чтобы ввести команды в Командном окне MATLAB®, можно выбрать и ввести опции с помощью приложения.

Просмотр статистики последовательности аминокислот

Следующая процедура иллюстрирует, как просмотреть последовательность аминокислот для ORF, расположенного в последовательности нуклеотида. Можно импортировать собственную последовательность аминокислот, или можно получить последовательность белка от базы данных GenBank®. Этот пример использует инвентарный номер GenBank NP_000511, который является альфа-подблоком для человеческого фермента, сопоставленного с болезнью Тея-Сакса.

  1. Выберите File > Download Sequence from > NCBI.

    Диалоговое окно Download Sequence from NCBI открывается.

  2. В диалоговом окне введите инвентарный номер для записи базы данных NCBI, например, NP_000511. Кликните по переключателю Protein, и затем нажмите OK.

    Sequence Viewer получает доступ к базе данных NCBI в сети и загружает информацию о последовательности аминокислот для инвентарного номера, который вы ввели.

  3. Выберите Display > Amino Acid Color Scheme, и затем выберите Charge, Function, Hydrophobicity, Structure или Taylor. Например, выберите Function.

    Цвета отображения превращаются в информацию о заряде подсветки об остатках аминокислоты. Следующая таблица показывает цветные легенды для цветовых схем аминокислоты.

Цветовая схема аминокислотыЦветная легенда
Заряд
  • Кислый — Красный

  • Основной — голубой

  • Нейтральный — черный

Функция
  • Кислый — Красный

  • Основной — голубой

  • Hydropobic, неполярный — Черный

  • Полярный, разряженный — Зеленый

Гидрофобность
  • Мягкая контактная линза — голубой

  • Гидрофобный — черный

Структура
  • Двойственный — темно-зеленый

  • Внешний — голубой

  • Внутренний — оранжевый

ТейлорКаждая аминокислота присвоена ее собственный цвет, на основе цветов, предложенных В.Р. Тейлором.

Закрытие Sequence Viewer

Закройте Sequence Viewer из командной строки MATLAB с помощью следующего синтаксиса:

seqviewer('close')

Ссылки

[1] Тейлор, W.R. (1997). Остаточные цвета: предложение по aminochromography. Разработка белка 10, 7, 743–746.

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте