Можно использовать объект ExptData сохранить значения выражения из эксперимента микромассивов. Объектно-ориентированная память ExprData значения данных в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый имеющий те же имена строки (показывают имена), и имена столбцов (демонстрационные имена). Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExptData имеет имя элемента.
Следующее иллюстрирует маленький объект DataMatrix, содержащий значения выражения от трех выборок (столбцы) и семи функций (строки):
A B C 100001_at 2.26 20.14 31.66 100002_at 158.86 236.25 206.27 100003_at 68.11 105.45 82.92 100004_at 74.32 96.68 84.87 100005_at 75.05 53.17 57.94 100006_at 80.36 42.89 77.21 100007_at 216.64 191.32 219.48
Объект ExptData позволяет вам сохранить, справиться, и подмножество значения данных из эксперимента микромассивов. Объект ExptData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают и изменяют значения данных из эксперимента микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать данные. Для списка свойств и методов, смотрите класс ExptData.
mouseExprsData.txt
файл, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta и др., 2005.
Импортируйте bioma.data
пакет так, чтобы DataMatrix
и ExptData
функции конструктора доступны.
import bioma.data.*
Используйте DataMatrix
функция конструктора, чтобы создать объект DataMatrix из данных об экспрессии гена в mouseExprsData.txt
файл. Этот файл содержит таблицу значений выражения и метаданных (выборка и имена функции) из эксперимента микромассивов сделанное использование массива Affymetrix® MGU74Av2 GeneChip®. Существует 26 демонстрационных имен (A
через Z
), и 500 имен функции (зондируют определенные имена).
dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');
Используйте ExptData
функция конструктора, чтобы создать объект ExptData из объекта DataMatrix.
EDObj = ExptData(dmObj);
Отобразите информацию об объекте ExptData, EDObj
.
EDObj Experiment Data: 500 features, 26 samples 1 elements Element names: Elmt1
Примечание
Для полной информации при построении объектов ExptData смотрите класс ExptData.
К свойствам доступа объекта ExptData используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Например, чтобы определить число элементов (объекты DataMatrix) в объекте ExptData:
EDObj.NElements ans = 1
Чтобы установить свойства объекта ExptData, используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname = propertyvalue
Например, чтобы установить Name
свойство объекта ExptData:
EDObj.Name = 'MyExptDataObject'
Примечание
Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта ExptData, смотрите класс ExptData.
Чтобы использовать методы объекта ExptData, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Например, чтобы получить демонстрационные имена из объекта ExptData:
EDObj.sampleNames Columns 1 through 9 'A' 'B' 'C' 'D' 'E' 'F' 'G' 'H' 'I' ...
Возвратить размер объекта ExptData:
size(EDObj) ans = 500 26
Примечание
Для полного списка методов объекта ExptData смотрите класс ExptData.
[1] Hovatta, я., Теннант, R S., Helton, R., и др. (2005). Glyoxalase 1 и редуктаза глутатиона 1 регулируют беспокойство в мышах. Природа 438, 662–666.