Пакет: bioma.data
Суперклассы:
Содержите значения данных из эксперимента микромассивов
Класс ExptData спроектирован, чтобы содержать значения данных, такие как значения экспрессии гена, из эксперимента микромассивов. Это хранит значения данных в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый имеющий те же имена строки (покажите имена), и имена столбцов (демонстрационные имена). Это предоставляет удобный способ связанным с хранилищем данным об эксперименте в одной структуре данных (объект). Это также позволяет вам справиться и подмножество данные.
Класс ExptData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают и изменяют значения данных из эксперимента микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать данные.
создает объект ExptData, из одной или нескольких матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix. EDobj
= bioma.data.ExptData(Data1
, Data2
,
...)
задает имя элемента для каждого объекта DataMatrix. EDobj
= bioma.data.ExptData(...,
{DMobj1
, Name1
},
{DMobj2
, Name2
},
...)Name#
вектор символов или строка, задающая уникальное имя. Именами по умолчанию является Elmt1
, Elmt2
, и т.д.
создает объект ExptData, от массива ячеек матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix. EDobj
= bioma.data.ExptData({Data1
, Data2
,
...})
создает объект с помощью опций в виде имени свойства / пары значения свойства.EDobj
= bioma.data.ExptData(...,
'PropertyName
', PropertyValue
)
задает имена элементов для матричных входных параметров. EDobj
= bioma.data.ExptData(...,
'ElementNames', ElementNamesValue
)ElementNamesValue
вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. Именами по умолчанию является Elmt1
, Elmt2
, и т.д.
задает имена функции (имена строки) для объекта ExptData..EDobj
= bioma.data.ExptData(...,
'FeatureNames', FeatureNamesValue
)
задает демонстрационные имена (имена столбцов) для объекта ExptData.EDobj
= bioma.data.ExptData(...,
'SampleNames', SampleNamesValue
)
|
Матрица значений экспериментальных данных, заданных любым следующим:
Все входные параметры должны иметь те же размерности. Все объекты DataMatrix должны также иметь те же имена строки и имена столбцов. Если вы предоставляете логические или числовые матрицы, Строки должны соответствовать функциям, и столбцы должны соответствовать выборкам. |
|
Имя переменной объекта DataMatrix в рабочем пространстве MATLAB. |
|
Вектор символов или строка, задающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix |
|
Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, который задает уникальные имена элементов для матричных входных параметров. Число элементов в Значение по умолчанию: { |
|
Покажите имена (имена строки) для объекта ExptData, заданного одним из следующего:
Если вы используете массив ячеек из символьных векторов, символьный массив, вектор строки, числовой или логический вектор, то число элементов должно быть равным в номере к количеству строк в |
|
Демонстрационные имена (имена столбцов) для объекта ExptData, заданного одним из следующего:
Если вы используете массив ячеек из символьных векторов, символьный массив, вектор строки, числовой или логический вектор, то число элементов должно быть равным в номере к количеству столбцов в |
|
Тип класса DataMatrix возражает в эксперименте Массив ячеек из символьных векторов, задающий тип класса каждого объекта DataMatrix в объекте ExptData. Возможные значения являются классами MATLAB®, такими как Атрибуты:
| ||
|
Имя объекта ExptData. Вектор символов, задающий имя объекта ExptData. Значением по умолчанию является | ||
|
Число элементов в эксперименте Положительное целое число, задающее число элементов (объекты DataMatrix) в данных об эксперименте. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация только для чтения. Атрибуты:
| ||
|
Количество функций в эксперименте Положительное целое число, задающее количество функций в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация только для чтения. Атрибуты:
| ||
|
Количество выборок в эксперименте Положительное целое число, задающее количество выборок в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация только для чтения. Атрибуты:
|
объединение | Объедините два объекта ExptData |
dmNames | Получите или установите Name свойства DataMatrix возражают в объекте ExptData |
elementData | Получите или установите элемент данных (объект DataMatrix) в объекте ExptData |
elementNames | Получите или имена элемента набора объектов DataMatrix в объекте ExptData |
featureNames | Получите или определите имена функции в объекте ExptData |
isempty | Определите, пуст ли объект ExptData |
sampleNames | Получите или определите демонстрационные имена в объекте ExptData |
размер | Возвратите размер объекта ExptData |
Объект ExpressionSet содержит объект ExptData. Объект ExptData содержит один или несколько объектов DataMatrix.
Чтобы узнать об атрибутах классов, см. Атрибуты класса.
Значение. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов.
Объекты ExptData поддерживают 1D круглую скобку () индексирующий, чтобы извлечь, присвоить, и удалить данные.
Объекты ExptData не поддерживают:
Точка. индексация
Изогнутая фигурная скобка {} индексация
[1] Hovatta, я., Теннант, R S., Helton, R., и др. (2005). Glyoxalase 1 и редуктаза глутатиона 1 регулируют беспокойство в мышах. Природа 438, 662–666.
bioma.data.ExptData
| bioma.data.MetaData
| bioma.data.MIAME
| bioma.ExpressionSet
| getgeodata