Exponenta Banner

DimensionalAnalysis

Выполните размерный анализ модели

Описание

DimensionalAnalysis свойство задает, выполнить ли размерный анализ модели перед симуляцией. Это - свойство CompileOptions объект. CompileOptions содержит опции времени компиляции модели и свойство объекта configset объект. Когда DimensionalAnalysis установлен в true, проверки программного обеспечения SimBiology®, ли физические количества модулей, вовлеченных в реакции и правила, соответствуйте, и применимы.

Например, считайте реакцию a + b —> c. Используя кинетику действующих масс, скорость реакции задана как a*b*k, где k константа скорости реакции. Если вы указываете что начальные суммы a и b 0.01M и 0.005M соответственно, затем модули k 1/(M*second). Если вы задаете k с другим эквивалентным модульным определением, например, 1/[(moles/liter)*second], DimensionalAnalysis проверки, соответствуют ли физические количества. Если физические количества не соответствуют, вы видите ошибку, и модель не симулирована.

Модульное преобразование требует размерного анализа. Если DimensionalAnalysis выключено, и вы поворачиваете UnitConversion на, затем DimensionalAnalysis включен автоматически. Если UnitConversion включен и вы выключаете DimensionalAnalysis, затем UnitConversion выключен автоматически.

Если у вас есть вызовы функции MATLAB® в вашей модели, размерный анализ игнорирует любые выражения, содержащие вызовы функции, и генерирует предупреждение.

Допустимые физические количества для скоростей реакции являются суммой/временем, массой/временем или концентрацией/временем.

Характеристики

ПрименяетсяОбъект: CompileOptions (в configset объект
Тип данныхboolean
Значения данных

true или false. Значением по умолчанию является true.

ДоступЧтение-запись

Примечание

SimBiology позволяет возведение в степень любого безразмерного количества к любой безразмерной степени. Например, можно записать следующее выражение если оба x и a являются безразмерными: (x + 3)^(a + 0.5)

Примечание

SimBiology использует модули включая пустые модули в сотрудничестве с DimensionalAnalysis и UnitConversion функции.

  • Когда DimensionalAnalysis и UnitConversion оба false, модули не используются. Однако SimBiology все еще выполняет минимальный уровень размерного анализа, чтобы решить, является ли скорость реакции в размерностях суммы/времени или концентрации/времени.

  • Когда DimensionalAnalysis true и UnitConversion false, модули (если не пустой) должны иметь сопоставимые размерности так, чтобы SimBiology мог выполнить размерный анализ. Однако единицы не преобразованы.

  • Когда UnitConversion установлен в true (который требует DimensionalAnalysis быть true), SimBiology выполняет размерный анализ и преобразует все в сопоставимые модули. Следовательно, необходимо задать сопоставимые модули, и никакие модули не могут быть пустыми. Если у вас есть безразмерный параметр, необходимо все еще установить его модуль на dimensionless.

Совет

Если у вас есть пользовательская функция и UnitConversion включен, следуйте рекомендации ниже.

  • Не определите размерность параметры, которые передаются функции, если они не являются уже безразмерными.

    Предположим, что у вас есть пользовательская функция, определяемая как y = f(t) где t время в час и y концентрация разновидности при родинке/литр. Когда вы будете использовать эту функцию в своей модели, чтобы задать повторное правило присвоения, например, задайте его как: s1 = f(time/t0)*s0, где time время симуляции, t0 параметр, заданный как 1,0 часа, s0 параметр, заданный как 1,0 родинки/литр и s1 концентрация разновидности при родинке/литр. Обратите внимание на то, что time и s1 не должны быть в тех же модулях как t0 и s0, но они должны быть размерностно сопоставимыми. Например, time и s1 модули могут быть установлены в минуту и picomole/liter, соответственно.

Примеры

В этом примере показано, как получить и установить DimensionalAnalysis от true по умолчанию к false в конфигурации модели по умолчанию в объекте модели.

  1. Импортируйте модель.

    modelObj = sbmlimport('oscillator')

    SimBiology Model - Oscillator 

   Model Components:
     Models:            0
     Parameters:        0
     Reactions:         42
     Rules:             0
     Species:           23

  2. Получите configset объект объекта модели.

    configsetObj = getconfigset(modelObj)

 Configuration Settings - default (active)
     SolverType:           ode15s
     StopTime:             10.000000

   SolverOptions:
     AbsoluteTolerance:    1.000000e-006
     RelativeTolerance:    1.000000e-003

   RuntimeOptions:
     StatesToLog:          all

   CompileOptions:
     UnitConversion:       true
     DimensionalAnalysis:  true

  3. Получите CompileOptions объект.

    optionsObj = get(configsetObj,'CompileOptions')

Compile Settings:

     UnitConversion:       true
     DimensionalAnalysis:  true

  4. Присвойте значение false к DimensionalAnalysis.

     set(optionsObj,'DimensionalAnalysis', false)

Смотрите также

get, getconfigset, sbiosimulate, set

Документация SimBiology

Поддержка