Exponenta Banner

KineticLaw object

Кинетическая информация о законе для реакции

Описание

Кинетический объект закона содержит информацию об абстрактном кинетическом законе, применился к реакции и обеспечивает шаблон для скорости реакции. В модели программное обеспечение SimBiology® использует информацию, которую вы предоставляете в полностью заданном кинетическом объекте закона определить ReactionRate свойство в объекте реакции.

Когда вы сначала создаете кинетический объект закона, необходимо задать имя абстрактного кинетического закона, чтобы использовать. Программное обеспечение SimBiology заполняет KineticLawName свойство и Expression свойство в кинетическом законе возражает с именем абстрактного кинетического закона, который вы задали и математическое выражение соответственно. Программное обеспечение также заполняет ParameterVariables свойство и SpeciesVariables свойство кинетического закона возражает со значениями, найденными в соответствующих свойствах абстрактного кинетического объекта закона.

Чтобы получить скорость реакции, необходимо полностью задать кинетический объект закона:

  1. В ParameterVariableNames свойство, задайте параметры из модели, которой вы хотите заменить в выражении (Expression свойство.

  2. В SpeciesVariableNames свойство, задайте разновидности из модели, которой вы хотите заменить в выражении.

    Программное обеспечение SimBiology занимает место в выражении, именах переменных параметра и переменных разновидностей в порядке, заданном в ParameterVariables и SpeciesVariables свойства соответственно.

    Программное обеспечение затем показывает подставленное выражение скоростью реакции в ReactionRate свойство объекта реакции. Если кинетический объект закона не полностью задан, ReactionRate свойство остается ' ' пустой.

Для ссылок на кинетические страницы с описанием свойства объекта закона см. Сводные данные Свойства.

Свойства задают характеристики объекта. Используйте get и set команды к свойствам объекта списка и изменению их значения в командной строке. Можно в интерактивном режиме изменить свойства объектов в приложении SimBiology Model Builder.

Для объяснения того, как соответствующие свойства относятся друг к другу, смотрите Командную строку.

Следующие разделы используют кинетический пример закона, чтобы показать, как можно полностью задать кинетический объект закона получить скорость реакции в приложении SimBiology Model Builder и в командной строке.

Henri-Михаэлис-Ментен кинетический закон описывается можно следующим образом:

Vm*S/(Km+S)

В программном обеспечении SimBiology Henri-Michaelis-Menten встроенный абстрактный кинетический закон, где Vm и Km заданы в ParameterVariables свойство абстрактного кинетического объекта закона и S задан в SpeciesVariables свойство абстрактного кинетического объекта закона.

Приложение SimBiology Model Builder

Чтобы полностью задать кинетический закон в приложении, задайте имена переменных разновидностей и переменных параметра, которые участвуют в скорости реакции. Для примера смотрите, Добавляют и Конфигурируют Реакции.

Командная строка

Чтобы полностью задать кинетический объект закона в командной строке, задайте имена параметров в ParameterVariableNames свойство кинетического объекта закона, и задает имена разновидностей в SpeciesVariableNames свойство кинетического объекта закона. Например, чтобы применить Henri-Michaelis-Menten абстрактный кинетический закон к реакции 

  A -> B
  where Vm = Va, Km = Ka
  and S = A
Задайте Va и Ka в ParameterVariableNames свойство заменить переменными, которые находятся в ParameterVariables свойство (Vm и Km). Задайте A в SpeciesVariableName свойство, которое будет использоваться, чтобы заменить переменной разновидностей в SpeciesVariables свойство (S). Задайте порядок параметров модели, которые будут использоваться для замены в том же порядке, что переменные параметра перечислены в ParameterVariables свойство. Точно так же задайте порядок разновидностей, если больше чем одна переменная разновидностей представлена. 
% Find the order of the parameter variables 
% in the kinetic law expression. 

get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')

ans = 

    'Vm'    'Km'

% Find the species variable in the
% kinetic law expression

get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans = 

    'S'

% Specify the parameters and species variables 
% to be used in the substitution. 
% Remember to specify order, for example Vm = Va 
% Vm is listed first in 'ParameterVariables', 
% therefore list Va first in 'ParameterVariableNames'.

set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});
Уравнение скорости присвоено в объекте реакции можно следующим образом:

Va*A/(Ka + A)

Для подробной процедуры смотрите Примеры.

Следующая таблица обобщает отношения между свойствами в абстрактном кинетическом объекте закона и кинетическом объекте закона в контексте вышеупомянутого примера.

Свойство Цель свойстваАбстрактный кинетический объект законаКинетический объект закона
Name (абстрактный кинетический объект закона)
KineticLawName (кинетический объект закона)		Имя абстрактного кинетического закона применилось к реакции. Например:
Henri-Michaelis
-Menten
Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.Только для чтения
ExpressionМатематическое выражение раньше определяло уравнение скорости реакции.

Например:

Vm*S/(Km+S)

Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции.
ParameterVariablesПеременные в Expression это - параметры. Например:
Vm and Km
Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции.
SpeciesVariablesПеременные в Expression это - разновидности. Например: 
S
Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции.
ParameterVariableNamesПеременные в ReactionRate это - параметры. Например: 
Va and Ka
Не применяетсяЗадайте эти переменные, соответствующие ParameterVariables.
SpeciesVariablesNamesПеременные в ReactionRate это - разновидности. Например: 
A
Не применяетсяЗадайте эти переменные, соответствующие SpeciesVariables.

Сводные данные конструктора

addkineticlaw (реакция)Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции

Сводные данные метода

addparameter (модель, kineticlaw)Создайте объект параметра и добавьте к или кинетическому объекту закона модели
copyobjСкопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы
deleteОбъект Delete SimBiology
displayОтобразите сводные данные объекта SimBiology
getПолучите свойства объектов SimBiology
getparameters (kineticlaw)Получите определенные параметры в кинетическом объекте закона
getspecies (kineticlaw)Получите определенные разновидности в кинетическом объекте закона
renameПереименуйте выражения обновления и объект
переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон)Переупорядочьте списки компонента
setУстановите свойства объектов SimBiology
setparameter (kineticlaw)Задайте определенные параметры в кинетическом объекте закона
setspecies (kineticlaw)Задайте разновидности в кинетическом объекте закона

Сводные данные свойства

ВыражениеВыражение, чтобы определить уравнение скорости реакции или выражение заметного объекта
KineticLawNameИмя кинетического закона применилось к реакции
NameЗадайте имя объекта
NotesТекст HTML, описывающий объект SimBiology
ParameterVariableNamesМассив ячеек параметров скорости реакции
ParameterVariablesПараметры в кинетическом определении закона
ParametersМассив объектов параметра
ParentУкажите на родительский объект
SpeciesVariableNamesМассив ячеек разновидностей в уравнении скорости реакции
SpeciesVariables Разновидности в абстрактном кинетическом законе
TagЗадайте метку для объекта SimBiology
TypeОтобразите тип объекта SimBiology
UserDataЗадайте данные, чтобы сопоставить с объектом

Примеры

В этом примере показано, как задать скорость реакции для реакции.

  1. Создайте объект модели и добавьте объект реакции в модель.

    modelObj = sbiomodel ('my_model');
reactionObj = addreaction (modelObj, 'A -> B');

  2. Задайте кинетический закон для объекта реакции.

    kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');

  3. Запросите параметры и переменные разновидностей, заданные в кинетическом законе.

    get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')

ans = 

    'Vm'    'Km'

get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans = 

    'S'

  4. Задайте Va и Ka как ParameterVariableNames, которые соответствуют ParameterVariables Vm и Km. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Va и Ka, и затем добавьте их в kineticlawObj. Разновидности возражают с Name A создается когда reactionObj создается и не должен быть переопределен.

    parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Va');
parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Ka');

  5. Установите имена переменных для кинетического объекта закона.

    set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});

  6. Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate реакции свойство.

    get (reactionObj, 'ReactionRate')

    MATLAB® возвращается:

    ans =

Va*A/(Ka+A)
Представленный в R2006b

Документация SimBiology

Поддержка