sbmlimport

Импортируйте SBML-отформатированный файл

Синтаксис

modelObj = sbmlimport(File)

Описание

modelObj = sbmlimport(File) импорт File, Язык разметки системной биологии (SBML) - отформатированный файл, в MATLAB и создает объект модели modelObj.

File вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла, поддержанное вашей операционной системой. File расширениями является .sbml или .xml.File может также быть URL, если у вас есть язык программирования Java^®.

sbmlimport поддержки Версия 1 Уровня 3 SBML и ранее.

Для функциональных характеристик и ограничений, см. Поддержку SBML.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая любое из следующего:

Имя файла или путь и имя файла поддержаны вашей операционной системой
URL

Примеры

Модель Import SBML:

sbmlobj = sbmlimport('oscillator.xml');

Вопросы совместимости

развернуть все

`sbmlimport` добавляет первоначальное правило присвоения при импорте некоторых моделей SBML

Поведение изменяется в R2017b

sbmlimport добавляет первоначальное правило присвоения при импорте моделей SBML со следующими условиями.
- Если модели SBML инициализировали разновидность s к X с помощью initialAmount и имеет установку hasOnlySubstanceUnits = false атрибута:
  - SimBiology устанавливает начальную сумму s к X.
  - Если модель уже не имеет начального присвоения или повторенного правила присвоения для s, SimBiology добавляет, что начальное присвоение управляет s = X / V, где V является объемом отсека (способность). Это правило гарантирует, что начальная сумма s является модулем концентрации.
  - Если модель уже имеет начальное присвоение или повторенное правило присвоения для s, то SimBiology не использует значение X. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает ассигновать начальную сумму.
- Если модели SBML инициализировали разновидность s к X с помощью initialConcentration и имеет установку hasOnlySubstanceUnits = true атрибута:
  - SimBiology устанавливает начальную сумму s к X.
  - Если модель уже не имеет начального присвоения или повторенного правила присвоения для s, SimBiology добавляет, что начальное присвоение управляет s = X * V, где V является объемом отсека (способность). Это правило гарантирует, что начальная сумма s является модулем суммы.
  - Если модель уже имеет начальное присвоение или повторенное правило присвоения для s, то SimBiology не использует значение X. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает ассигновать начальную сумму.
Если разновидность s в модели SBML имеет установку hasOnlySubstanceUnits атрибута = верный без любых заданных модулей, SimBiology выдает предупреждение и устанавливает модуль суммы разновидностей на модуль по умолчанию (родинка) гарантировать, что это интерпретировано как сумма, не концентрация. Импортированная модель SimBiology имеет DimensionalAnalysis набор свойств ко лжи, чтобы предотвратить размерные аналитические ошибки.

Поддержка схем URL кроме HTTP и HTTPS будет удалена

Не рекомендуемый запуск в R2021a

Поддержка передачи в URL, который не является HTTP и HTTPS будет удален в будущем релизе. Загрузите файл локально сначала и затем используйте имя файла в качестве входа к sbmlimport вместо этого.

Ссылки

Finney, A., Hucka, M., (2003). Уровень 2 Языка разметки системной биологии (SBML): Структуры и средства для определений модели.

Темы

Представлено до R2006a

Документация

sbmlimport

Синтаксис

Описание

Входные параметры

Примеры

Вопросы совместимости

`sbmlimport` добавляет первоначальное правило присвоения при импорте некоторых моделей SBML

Поддержка схем URL кроме HTTP и HTTPS будет удалена

Ссылки

Смотрите также

Темы

Документация SimBiology

Поддержка

Документация

sbmlimport

Синтаксис

Описание

Входные параметры

Примеры

Вопросы совместимости

sbmlimport добавляет первоначальное правило присвоения при импорте некоторых моделей SBML

Поддержка схем URL кроме HTTP и HTTPS будет удалена

Ссылки

Смотрите также

Темы

Документация SimBiology

Поддержка

`sbmlimport` добавляет первоначальное правило присвоения при импорте некоторых моделей SBML