survival
Вычислите выживание Cox пропорциональная модель опасностей
Синтаксис
Описание
s = survival(coxMdl)coxMdl опасностей. Функция выживания во время t предполагаемая вероятность выживания до времени t. Термин baseline относится к функции выживания в решительной базовой линии предикторов. Это значение хранится в coxMdl.Baseline, и значением по умолчанию является среднее значение набора данных, используемого для обучения.
s = survival(coxMdl,X,Stratification)Stratification стратификации. Необходимо поссориться в Stratification для каждой строки в X.
Примечание
Когда вы обучаете coxMdl использование переменных стратификации и переменных предикторов передачи X, survival также требует, чтобы вы передали переменные стратификации.
Примеры
Вычислите выживание
Выполните Cox пропорциональная регрессия опасностей на lightbulb набор данных, который содержит симулированное время жизни лампочек. Первый столбец данных о лампочке содержит время жизни (в часах) двух различных типов ламп. Второй столбец содержит бинарную переменную, указывающую, флуоресцентна ли лампа или накалена; 0 указывает, что лампа флуоресцентна, и 1 указывает, что это - лампа накаливания. Третий столбец содержит информацию о цензурировании, где 0 указывает, что лампа наблюдалась, пока отказ, и 1 не указывает, что наблюдение было подвергнуто цензуре.
Соответствуйте Cox пропорциональная модель опасностей в течение времени жизни лампочек, объясняя цензурирование. Переменный предиктор является типом лампы.
load lightbulb coxMdl = fitcox(lightbulb(:,2),lightbulb(:,1), ... 'Censoring',lightbulb(:,3));
Вычислите базовую функцию выживания в зависимости от времени t, значение вероятности, что лампочка перестала работать после времени t. По умолчанию базовая линия вычисляется для среднего значения предиктора, который в этом случае является mean(lightbulb(:,2))= 0.5 . Возвратите времена Tout в котором вычисляется функция выживания.
[s,Tout] = survival(coxMdl);
Постройте выживание как ступенчатый график времени. (Времена Tout находятся также в coxMdl.Hazard(:,1).)
hold on; stairs(Tout,s,'b-') xlabel 'Time \it t' ylabel 'Probability of failure after time \it t'
Наложите график с функциями выживания для флуоресцентных ламп и ламп накаливания.
s_fluorescent = survival(coxMdl,0); s_incandescent = survival(coxMdl,1); stairs(Tout,s_fluorescent,'r-') stairs(Tout,s_incandescent,'k-') legend('Baseline','Fluorescent','Incandescent') hold off
Чтобы создать графики без первого создания данных о выживании, используйте plotSurvival.
Выживание для стратифицированной модели
Загрузите coxModel данные. (Эти симулированные данные сгенерированы в примере Cox Пропорциональный Объект модели Опасностей.) Модель под названием coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2, и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20, и 1/100).
load coxModelВычислите функцию выживания для X = 1 на трех уровнях стратификации.
c1 = categorical(1); X = [c1;c1;c1]; stratification = [1;2;3]; s = survival(coxMdl,X,stratification);
Постройте три функции выживания. Во-первых, найдите времена для трех уровней стратификации.
t1 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 1); t1 = coxMdl.Hazard(t1,1); t2 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 2); t2 = coxMdl.Hazard(t2,1); t3 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 3); t3 = coxMdl.Hazard(t3,1);
Постройте выживание для этих трех уровней. Просмотрите график в течение многих времен 1 - 30.
plot(t1,s{1},t2,s{2},t3,s{3})
xlim([1,30])
legend('Stratification Level 1','Stratification Level 2','Stratification Level 3','Location','northeast')
xlabel('Time t')
ylabel('Probability of Survival Past t')
В качестве альтернативы оцените выживание в течение многих времен 1 - 30 путем определения Time аргумент.
t = linspace(1,30,300); st = survival(coxMdl,X,stratification,'Time',t); figure plot(t,st{1},t,st{2},t,st{3}) legend('Stratification Level 1','Stratification Level 2','Stratification Level 3','Location','northeast') xlabel('Time t') ylabel('Probability of Survival Past t')
