Выполните Cox пропорциональная регрессия опасностей на lightbulb набор данных, который содержит симулированное время жизни лампочек. Первый столбец данных о лампочке содержит время жизни (в часах) двух различных типов ламп. Второй столбец содержит бинарную переменную, указывающую, флуоресцентна ли лампа или накалена; 0 указывает, что лампа флуоресцентна, и 1 указывает, что это - лампа накаливания. Третий столбец содержит информацию о цензурировании, где 0 указывает, что лампа наблюдалась, пока отказ, и 1 не указывает, что наблюдение было подвергнуто цензуре.

Соответствуйте Cox пропорциональная модель опасностей в течение времени жизни лампочек, объясняя цензурирование. Переменный предиктор является типом лампы.

load lightbulb
coxMdl = fitcox(lightbulb(:,2),lightbulb(:,1), ...
    'Censoring',lightbulb(:,3));

Вычислите базовую функцию выживания в зависимости от времени t, значение вероятности, что лампочка перестала работать после времени t. По умолчанию базовая линия вычисляется для среднего значения предиктора, который в этом случае является mean(lightbulb(:,2))= 0.5 . Возвратите времена Tout в котором вычисляется функция выживания.

[s,Tout] = survival(coxMdl);

Постройте выживание как ступенчатый график времени. (Времена Tout находятся также в coxMdl.Hazard(:,1).)

hold on;
stairs(Tout,s,'b-')
xlabel 'Time \it t'
ylabel 'Probability of failure after time \it t'

Наложите график с функциями выживания для флуоресцентных ламп и ламп накаливания.

s_fluorescent = survival(coxMdl,0);
s_incandescent = survival(coxMdl,1);
stairs(Tout,s_fluorescent,'r-')
stairs(Tout,s_incandescent,'k-')
legend('Baseline','Fluorescent','Incandescent')
hold off

Чтобы создать графики без первого создания данных о выживании, используйте plotSurvival.

Загрузите coxModel данные. (Эти симулированные данные сгенерированы в примере Cox Пропорциональный Объект модели Опасностей.) Модель под названием coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2, и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20, и 1/100).

load coxModel

Вычислите функцию выживания для X = 1 на трех уровнях стратификации.

c1 = categorical(1);
X = [c1;c1;c1];
stratification = [1;2;3];
s = survival(coxMdl,X,stratification);

Постройте три функции выживания. Во-первых, найдите времена для трех уровней стратификации.

t1 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 1);
t1 = coxMdl.Hazard(t1,1);
t2 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 2);
t2 = coxMdl.Hazard(t2,1);
t3 = find(coxMdl.Hazard(:,3) == 3);
t3 = coxMdl.Hazard(t3,1);

Постройте выживание для этих трех уровней. Просмотрите график в течение многих времен 1 - 30.

plot(t1,s{1},t2,s{2},t3,s{3})
xlim([1,30])
legend('Stratification Level 1','Stratification Level 2','Stratification Level 3','Location','northeast')
xlabel('Time t')
ylabel('Probability of Survival Past t')

В качестве альтернативы оцените выживание в течение многих времен 1 - 30 путем определения Time аргумент.

t = linspace(1,30,300);
st = survival(coxMdl,X,stratification,'Time',t);
figure
plot(t,st{1},t,st{2},t,st{3})
legend('Stratification Level 1','Stratification Level 2','Stratification Level 3','Location','northeast')
xlabel('Time t')
ylabel('Probability of Survival Past t')