Получение информации о последовательности из базы данных GenBank
Data = getgenbank(AccessionNumber)
getgenbank(AccessionNumber)
Data = getgenbank(..., 'PartialSeq', PartialSeqValue, ...)
Data = getgenbank(..., 'ToFile', ToFileValue, ...)
Data = getgenbank(..., 'FileFormat', FileFormatValue, ...)
Data = getgenbank(..., 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)
Data = getgenbank(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...)
AccessionNumber | Символьный вектор или строка, указывающая уникальный буквенно-цифровой идентификатор для записи последовательности. |
PartialSeqValue | Двухэлементный массив целых чисел, содержащий начальную и конечную позиции подпоследовательности [ указывает подпоследовательность для извлечения. StartBP является целым числом от 1 до EndBP. EndBP является целым числом между StartBP и длину последовательности. |
ToFileValue | Символьный вектор или строка, указывающая либо имя файла, либо путь и имя файла для сохранения данных GenBank ®. Если указано только имя файла, файл сохраняется в текущей папке MATLAB ®. |
FileFormatValue | Символьный вектор или строка, задающая формат информации о последовательности. Возможны следующие варианты:
Когда |
SequenceOnlyValue | Управляет возвращением только последовательности в виде символьного массива. Варианты: |
TimeOutValue | Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь. |
getgenbank извлекает нуклеотидную информацию из базы данных GenBank. Эта база данных ведется Национальным центром биотехнологической информации (НЦБИ). Для получения дополнительной информации о базе данных GenBank см.
Data = getgenbank(AccessionNumber)Dataструктура MATLAB, содержащая информацию для последовательности.
Совет
Если при получении информации в формате GenBank возникает ошибка, попробуйте выполнить запрос повторно. Ошибки могут возникать из-за проблем подключения к Интернету, которые не связаны с записью GenBank.
getgenbank( отображает информацию в окне команд MATLAB без возврата данных переменной. Отображаемая информация представляет собой только гиперссылки на URL-адреса, используемые для поиска и извлечения данных.AccessionNumber)
getgenbank(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)getgenbank с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
возвращает указанную подпоследовательность в Data = getgenbank(..., 'PartialSeq', PartialSeqValue, ...)Sequence поле структуры MATLAB. PartialSeqValue - двухэлементный массив целых чисел, содержащий начальную и конечную позиции подпоследовательности; [. StartBP, EndBP]StartBP является целым числом от 1 до EndBP. EndBP является целым числом между StartBP и длину последовательности.
Data = getgenbank(..., 'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue - символьный вектор или строка, указывающая либо имя файла, либо путь и имя файла для сохранения данных GenBank. Если указано только имя файла, файл сохраняется в текущей папке MATLAB. Функция не добавляет данные к существующему файлу. Вместо этого содержимое существующего файла перезаписывается без предупреждения.
Совет
Вы можете прочитать файл в формате GenBank обратно в MATLAB с помощью genbankread функция.
Data = getgenbank(..., 'FileFormat', FileFormatValue, ...)'GenBank' или 'FASTA'. Когда 'FASTA', то Data содержит только два поля, Header и Sequence. 'GenBank' является значением по умолчанию, когда SequenceOnlyValue является false. 'FASTA' является значением по умолчанию, когда SequenceOnlyValue является true.
Data = getgenbank(..., 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)Data, символьный массив. Варианты: true или false (по умолчанию).
Примечание
Если вы используете 'SequenceOnly' и 'ToFile' свойства вместе, вывод всегда является файлом в формате FASTA.
Data = getgenbank(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...)
Чтобы извлечь последовательность из хромосомы 19, которая кодирует рецептор инсулина человека, и сохранить ее в структуре, S, в окне команд MATLAB введите:
S = getgenbank('M10051')
S =
LocusName: 'HUMINSR'
LocusSequenceLength: '4723'
LocusNumberofStrands: ''
LocusTopology: 'linear'
LocusMoleculeType: 'mRNA'
LocusGenBankDivision: 'PRI'
LocusModificationDate: '06-JAN-1995'
Definition: 'Human insulin receptor mRNA, complete cds.'
Accession: 'M10051'
Version: 'M10051.1'
GI: '186439'
Project: []
DBLink: []
Keywords: 'insulin receptor; tyrosine kinase.'
Segment: []
Source: 'Homo sapiens (human)'
SourceOrganism: [4x65 char]
Reference: {[1x1 struct]}
Comment: [14x67 char]
Features: [51x74 char]
CDS: [1x1 struct]
Sequence: [1x4723 char]
SearchURL: [1x67 char]
RetrieveURL: [1x101 char] Глядя на Features В поле возвращенной структуры можно определить, что кодирующей последовательностью являются позиции 139- 4287. Чтобы извлечь только кодирующую последовательность из хромосомы 19, которая кодирует рецептор инсулина человека, и сохранить его в структуре, CDS, в окне команд MATLAB введите:
CDS = getgenbank('M10051','PARTIALSEQ',[139,4287]);genbankread | getembl | getgenpept | getpdb | seqviewer