Exponenta Banner
exponenta event banner

seqviewer

Визуализация и интерактивное исследование биологических последовательностей

свернуть все на странице

Синтаксис

seqviewer
канализационный (Seq)
seqviewer (последовательность, имя, значение)
seqviewer («закрыть»)

Описание

пример

seqviewer открывает приложение «Просмотр последовательностей».

seqviewer(Seq) загружает последовательность Seq в приложении, где можно просматривать и интерактивно исследовать последовательность.

seqviewer(Seq,Name,Value) открывает приложение с дополнительными параметрами, указанными одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

seqviewer('close') закрывает приложение «Просмотр последовательностей».

Входные аргументы

свернуть все

Аминокислотная или нуклеотидная последовательность, указанная как:

  • Символьный вектор или строка, содержащая однобуквенные коды или имя файла с расширением .gbk, .gpt, .fasta, .fa или .ebi.

  • Вектор строк целых чисел

  • Структура MATLAB ®, содержащая Sequence поле, которое содержит аминокислотную или нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная fastaread, fastqread, getgenpept, genpeptread, getpdb, pdbread, emblread, getembl, genbankread, или getgenbank

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются аминокислотными последовательностями.

Тип выровненных последовательностей, указанный как 'AA' для аминокислотных последовательностей или 'NT' для нуклеотидных последовательностей.

Пример: 'Alphabet','AA'

Примеры

свернуть все

Получение последовательности из базы данных GenBank ®.

S = getgenbank('M10051');

Загрузите последовательность в приложение Sequence Viewer.

seqviewer(S)

Можно также щелкнуть Просмотр последовательностей на вкладке Приложения, чтобы открыть приложение и просмотреть биологическую последовательность. S.

Закройте приложение.

seqviewer('close')

См. также

| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |

Темы

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка