rebasecuts

Найти рестрикционные ферменты, которые разрезают нуклеотидную последовательность

Синтаксис

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) rebasecuts(SeqNT, Group) rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) rebasecuts(SeqNT, S)

Входные аргументы

`SeqNT`	Нуклеотидная последовательность.
`Group`	Клеточный массив символьных векторов или строковых векторов, представляющих имена действительных рестрикционных ферментов.
`Q`, `R`	Базовые позиции, ограничивающие поиск всеми сайтами между базовыми `Q` и база `R`.
`S`	Базовая позиция, ограничивающая поиск всеми сайтами после базовой `S`.

Выходные аргументы

`Enzymes`	Клеточный массив символьных векторов, содержащих имена рестрикционных ферментов из REBASE ®, базы данных рестрикционных ферментов.
`Sites`	Вектор участков резания, идентифицируемых номером базовой позиции перед каждым отрезком.

Описание

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) находит все рестрикционные ферменты, которые разрезают SeqNTнуклеотидная последовательность.

rebasecuts(SeqNT, Group) ограничивает поиск до Group, список ферментов.

rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) ограничивает поиск теми ферментами, которые разрезаются после основного положения, указанного Q и до базовой позиции, указанной R.

rebasecuts(SeqNT, S) ограничивает поиск теми ферментами, которые разрезаются сразу после основного положения, указанного S.

REBASE, база данных рестрикционных ферментов, представляет собой совокупность информации о рестрикционных ферментах и родственных белках. Дополнительные сведения о REBASE см. в разделе:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

Создать нуклеотидную последовательность.
```
seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Найти все возможные ферменты и сайты расщепления в последовательности.
```
 [enzymes, sites] = rebasecuts(seq)
```

Найти, где рестрикционные ферменты CfoI и Tru9I вырезать последовательность.

[enzymes, sites] = rebasecuts(seq, {'CfoI','Tru9I'})

enzymes = 

    'CfoI'
    'CfoI'
    'Tru9I'

sites =

    13
    39
    45

Найдите все возможные ферменты, которые разрезают после основания 7.
```
enzymes  = rebasecuts(seq, 7)

enzymes = 

    'Csp6I'
    'CviQI'
    'RsaNI'
```

Найдите все возможные ферменты, которые разрезаются между основаниями 11 и 37.

enzymes  = rebasecuts(seq, [11 37])

enzymes = 

    'AccII'
    'AspLEI'
    'BmiI'
    'Bsh1236I'
    'BspFNI'
    'BspLI'
    'BstFNI'
    'BstHHI'
    'BstUI'
    'CfoI'
    'FnuDII'
    'GlaI'
    'HhaI'
    'Hin6I'
    'HinP1I'
    'Hpy188I'
    'HspAI'
    'MvnI'
    'NlaIV'
    'PspN4I'
    'SetI'

Ссылки

Робертс, Р.Дж., Винчзе, Т., Посфай, Дж., и Мацелис, Д. (2007). REBASE - ферменты и гены для рестрикции и модификации ДНК. Nucle. Acids Res. 35, D269-D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

См. также

cleave | cleavelookup | regexp | restrict | seq2regexp

Представлен до R2006a

Документация