ограничить

Расщепленная нуклеотидная последовательность в сайте рестрикции

Синтаксис

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) [Fragments, CuttingSites] = restrict(...) [Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) ... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue)

Аргументы

`SeqNT`	Одно из следующих: Символьный вектор или строка, задающая нуклеотидную последовательность. Допустимые коды букв см. в таблице Отображение кодов нуклеотидных букв на целые числа. Вектор ряда целых чисел, определяющих нуклеотидную последовательность. Допустимые целые числа см. в таблице Отображение нуклеотидных целых чисел в буквенные коды. Структура MATLAB ®, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank`.
`Enzyme`	Символьный вектор или строка, указывающая имя рестрикционного фермента из базы данных рестрикционных ферментов REBASE ®. Совет Некоторые ферменты определяют правила резки как для цепи, так и для ее цепи комплемента. `restrict` применяет правило обрезки только для цепи 5 '- > 3'. Для обхода применения правила разрезания фермента для обеих нитей см. Примеры.
`NTPattern`	Паттерн распознавания коротких нуклеотидных последовательностей для поиска в `SeqNT`, большая последовательность. `NTPattern` может быть одним из следующих: Символьный вектор или строка Регулярное выражение
`Position`	Одно из следующих действий: Целое число, указывающее позицию в `SeqNT` для вырезания, относительно `NTPattern`. Двухэлементный вектор, задающий две позиции в `SeqNT` для вырезания, относительно `NTPattern`. Примечание Положение `0` соответствует разрезу перед первым основанием `NTPattern`.
`PartialDigestValue`	Значение от `0` кому `1` (по умолчанию), указывая вероятность того, что сайт расщепления будет вырезан.

Описание

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) сокращения SeqNTнуклеотидная последовательность на фрагменты в сайтах рестрикции Enzymeрестрикционный фермент. restrict функция сохраняет возвращаемые значения в Fragments, клеточный массив последовательностей.

Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) сокращения SeqNTнуклеотидная последовательность на фрагменты в сайтах рестрикции, указанных NTPattern, узор распознавания нуклеотидов и Position.

[Fragments, CuttingSites] = restrict(...) возвращает числовой вектор с индексами, представляющими секущие участки. restrict функция добавляет 0 к началу CuttingSites вектор так, чтобы количество элементов в CuttingSites равно количеству элементов в Fragments. Вы можете использовать CuttingSites + 1 указывают на первое основание каждого фрагмента, соответствующего исходной последовательности.

[Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) возвращает числовой вектор с длиной каждого фрагмента.

... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue) моделирует частичный дайджест, где каждый сайт рестрикции в последовательности имеет PartialDigestValue или вероятность сокращения.

REBASE, база данных рестрикционных ферментов, представляет собой совокупность информации о рестрикционных ферментах и родственных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE или для поиска REBASE по имени фермента рестрикции см.:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

Пример 71. Расщепление нуклеотидной последовательности путем определения фермента

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Использовать рестрикционный фермент HspAI (которая определяет последовательность распознавания GCGC и положение расщепления 1) для расщепления нуклеотидной последовательности.
```
fragmentsEnzyme = restrict(Seq,'HspAI')
```
MATLAB возвращает:
```
fragmentsEnzyme = 

    'AGAGGGGTACG'
    'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
    'CGCTTTATTAA'
```

Пример 72. Разделение нуклеотидной последовательности путем указания шаблона и положения

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Использовать шаблон последовательности GCGC с точкой расщепления в положении 3 для расщепления нуклеотидной последовательности.
```
fragmentsPattern = restrict(Seq,'GCGC',3)
```
MATLAB возвращает:
```
fragmentsPattern = 

    'AGAGGGGTACGCG'
    'CTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCG'
    'CTTTATTAA'
```

Пример 73. Разделение нуклеотидной последовательности путем определения регулярного выражения для шаблона

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте регулярное выражение для задания шаблона последовательности.
```
fragmentsRegExp = restrict(Seq,'GCG[^C]',3)
```
MATLAB возвращает:
```
fragmentsRegExp = 

    'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCG'
    'GGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA'
```

Пример 74. Возврат участков вырезания и длин фрагментов

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```

Зафиксируйте участки резания и длины фрагментов, а также фрагменты.

[fragments, cut_sites, lengths] = restrict(Seq,'HspAI')

MATLAB возвращает:

fragments = 
    'AGAGGGGTACG'
    'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
    'CGCTTTATTAA'

cut_sites =
     0
    11
    37

lengths =
    11
    26
    11

Пример 75. Расщепление двухцепочечной нуклеотидной последовательности

Некоторые ферменты определяют правила резки как для цепи, так и для ее цепи комплемента. restrict применяет правило обрезки только для цепи 5 '- > 3'. Это правило можно применить вручную для строки дополнения .

Введите нуклеотидную последовательность.
```
seq = 'CCCGCNNNNNNN';
```
Используйте seqcomplement функция для определения цепи дополнения, которая находится в направлении 3 '- > 5'.
```
seqc = seqcomplement(seq)
```
MATLAB возвращает:
```
seqc =

GGGCGNNNNNNN
```
Разрезать первую прядь с помощью рестрикционного фермента FauI (который задает шаблон последовательности распознавания CCCGC и положение расщепления 9).
```
cuts_strand1 = restrict(seq, 'FauI')
```
MATLAB возвращает:
```
cuts_strand1 = 

    'CCCGCNNNN'
    'NNN'
```
Вырезать прядь дополнения в соответствии с правилом, указанным FauI (который задает шаблон последовательности распознавания GGGCG с точкой расщепления в положении 11).
```
cuts_strand2 = restrict(seqc, 'GGGCG', 11)
```
MATLAB возвращает:
```
cuts_strand2 = 

    'GGGCGNNNNNN'
    'N'
```

Ссылки

Робертс, Р.Дж., Винчзе, Т., Посфай, Дж., и Мацелис, Д. (2007). REBASE - ферменты и гены для рестрикции и модификации ДНК. Nucle. Acids Res. 35, D269-D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

См. также

Представлен до R2006a

Документация