Класс: термин
Вектор символов только для чтения, определяющий термин GO
definition является свойством класса терминов, доступным только для чтения. definition - символьный вектор, определяющий термин GO.
Возможные значения - это любое определение, используемое для термина в базе данных Gene Ontology. Используйте definition свойство для определения определений объектов терминов или для доступа или фильтрации объектов терминов по определению.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Просмотрите определение термина object в 287-й позиции в объекте geneont, GeneontObj.
GeneontObj.terms(287).name ans = "The smaller of the two subunits of an organellar ribosome." [GOC:mcc]
Совет
Если известен идентификатор GO (например, 314) объекта-термина вместо его индекса или номера позиции (например, 287), можно использовать следующий синтаксис для отображения определения объекта-термина:
GeneontObj(314).terms.definition
Для получения справки по преобразованию индекса или номера позиции объекта-члена в идентификатор GO см. term.id собственность.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отображение массива структуры, содержащего 27 786 объектов-членов, связанных с объектом geneont.
GeneontObj.terms
27786x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsolete
Найдите термин объекты, определения которых включают словосочетание «олигосахариды церамида», сначала создав клеточный массив векторов символов, которые перечисляют definition для каждого члена в объекте geneont.
definitions = get(GeneontObj.terms,'definition');
Используйте regexpi функция поиска этих векторов символов для 'ceramide oligosaccharides'.
matches = regexpi(definitions,'ceramide oligosaccharides','once');
Создание логической маски, идентифицирующей все термины с помощью definition свойство, включающее словосочетание «олигосахариды церамида».
mask = ~cellfun(@isempty,matches);
Применить логическую маску ко всем терминам в GeneontObj генеонтная цель - вернуть структуру, содержащую идентификаторы терминов GO с определением, включающим словосочетание «олигосахариды церамида».
get(GO.terms(mask),'id')
ans =
[1573]
[1574]Применить логическую маску ко всем терминам в GeneontObj генеонтная цель - вернуть структуру, содержащую полные определения терминов, с определением, включающим словосочетание «олигосахариды церамида».
char(get(GO.terms(mask),'definition'))